TimeLogic
| Typ | Privatägt företag |
|---|---|
| Industri | Bioinformatik hårdvara och mjukvara |
| Grundad | 1981 |
| Huvudkontor | Carlsbad, Kalifornien, USA |
Område som betjänas |
Över hela världen |
| Produkter | DeCypher, Tera-BLAST, DeCypherSW, DeCypherHMM, GeneDetective, PipeWorks |
| Förälder | Active Motif, Inc. |
| Hemsida | TimeLogic |
TimeLogic är bioinformatikavdelningen för Active Motif, Inc. Företaget har sitt huvudkontor i Carlsbad , Kalifornien . TimeLogic utvecklar FPGA -accelererade verktyg för biologisk sekvensjämförelse inom området högpresterande bioinformatik och biodatorer.
Historia
TimeLogic grundades 1981 av James W. (Jim) Lindelien och utvecklade ett av de första kommersiella hårdvaruaccelererade verktygen för bioinformatik, en FPGA-accelererad version av Smith-Waterman- algoritmen. TimeLogics DeCypher-system har utökats för att ge accelererade implementeringar av de allestädes närvarande bioinformatikalgoritmerna BLAST , Smith-Waterman och HMMER med hjälp av FPGA-teknik ( field programmeable gate array) .
2003 förvärvades TimeLogic av Active Motif, ett biotekniskt reagensföretag som startades av Invitrogens medgrundare Joseph Fernandez.
2008 bildade TimeLogic ett partnerskap med Biomatters för att integrera Geneious Pro med de accelererade algoritmerna på DeCypher-system.
2011 bildade TimeLogic ett partnerskap med Bielefeld Universitys Center for Biotechnology (CeBiTec) för att gemensamt utveckla accelererade beräkningsverktyg.
Utvalda vetenskapliga bidrag
genomik med hög genomströmning, och DeCypher-system har publicerats brett som en möjliggörande teknologi för genomisk upptäckt i över 180 vetenskapliga forskningsartiklar, inklusive de utvalda milstolparna nedan:
1997 använde annoteringen av den första kompletta sekvensen av E. coli K12-genomet DeCypher Smith-Waterman för att bestämma funktionen hos nya översatta sekvenser.
2002 kommenterades risgenomet, den första helt sekvenserade grödan, med hjälp av DeCypher FrameSearch "för att upptäcka och vägleda korrigeringen av ramförskjutningar orsakade av indels ."
2004 genomfördes ett genomiskt tillvägagångssätt med hög genomströmning för studiet av horisontell genöverföring i växtparasitiska nematoder med hjälp av DeCypher Tera-BLAST, Timelogics implementering av BLAST - algoritmen.
Under 2007 utfördes HMM- profilering av metagenomiska sekvenser genererade av Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition ( GOS) med hjälp av DeCypherHMM för att upptäcka 1700 nya proteinfamiljer och matchningar till 6000 sekvenser som tidigare kategoriserats i vetenskaplig litteratur som ORFans . Dr. Craig Venter krediterade TimeLogic i sin biografi och noterade att DeCypher-systemet presterade "en storleksordning eller två mer än vad som hade uppnåtts tidigare. Den slutliga beräkningen tog två veckor men skulle ha kört i mer än ett sekel på en standarddator ."
utvecklades en fysisk karta över sojabönpatogenen Fusarium virguliforme med hjälp av exoniska fragment identifierade med DeCypher GeneDetective.
Under 2011 genomfördes en global bedömning av den genomiska variationen hos nötkreatur med hjälp av DeCypher Tera-BLAST "för att exakt detektera kromosomala positioner av SNP- ställena."
Produkter
- DeCypher Server är en högpresterande server med DeCypher Similarity Search Engine FPGA-baserad accelerator som kan programmeras om i farten för att köra alla TimeLogics accelererade sökalgoritmer.
- Tera-BLAST är en accelererad BLAST- algoritmimplementering, som inkluderar Tera-BLASTN, Tera-BLASTP, Tera-BLASTX, Tera-TBLASTN och Tera-TBLASTX. Tera-BLAST inkluderar även Tera-Probe, en egenutvecklad algoritm för probdesign.
- DeCypher Smith-Waterman är en accelererad Smith-Waterman- algoritmimplementering, som även inkluderar FrameSearch.
- DeCypherHMM är en accelererad HMMER- algoritmimplementering, som även inkluderar HFST, en frameshift-tolerant HMM-sökning.
- GeneDetective är en accelererad implementering som liknar Ewan Birneys GeneWise för upptäckt av gener, intron, exoner och splitsningsställen i eukaryota genom.
- PipeWorks är ett dra-och-släpp grafiskt gränssnitt för design av accelererade bioinformatikpipelines.