KIAA0895
| KIAA0895 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifiers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , 9530077C05Rik, 1110003N12Rik, Kiaa0895, mKIAA0895 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Externa ID :n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KIAA0895 är ett protein som i Homo sapiens kodas av KIAA0895 -genen . Genen kodar för ett protein allmänt känt som KIAA0895-proteinet. Dess alias inkluderar hypotetiskt protein LOC23366, OTTHUMP00000206979, OTTHUMP00000206980, 9530077C05Rik och 1110003N12Rik. Den ligger på 7p14.2.
Forskning om KIAA-proteinerna har visat att de liknar kända gener med funktioner relaterade till cellsignalering/kommunikation , cellstruktur/motilitet och nukleinsyrahantering.
Gen
Ställe
KIAA0895-genen är belägen vid 7p14.2. Det genomiska DNA:t är 65 976 baspar långt, medan det längsta mRNA som det producerar är 4463 baser långt.
Det kan transkriberas till 15 transkriptvarianter , som i sin tur kan producera 13 olika isoformer av proteinet.
Gene Neighborhood
KIAA0895 är omgiven av följande gener på kromosom 7:
Storlek på gen
Genen som kodas för KIAA0895-proteinet är 65 975 nukleotider lång, från nukleotiderna 36324150 till 36390125, med sju exoner .
mRNA
Det finns tio olika isoformer för KIAA0895.
- NP_001093895.1
- EAW94064.1
- NP_056129.2
- NP_001186636.1
- NP_001186635.1
- XP_005249746.1
- EAW94065.1
- XP_024302470.1
- NP_001186637.1
- NP_001287885.1
Protein
Den längsta proteinisoformen som produceras av KIAA0895-genen kallas LOC23366 isoform 1 och är 520 aminosyror lång. Den förutsagda molekylvikten är 61 kDa. Dessutom är den teoretiska isoelektriska punkten 10.
Aminosyrasammansättning
KIAA0895 är ett lysin och arginin semi-berikat protein. KIAA0895 är semi-berikad med positivt laddade lysin- och arginingrupper, samt positivt och negativt laddade lysin-, arginin-, glutaminsyra- och asparaginsyragrupper . Emellertid är KIAA0895 semi-utarmad i icke-polära alanin- , glycin- och prolingrupper .
Laddningsfördelningsanalysen visar att det inte finns några negativa eller blandade laddningskluster. Det finns dock ett positivt laddningskluster från aminosyrorna 12 till 36.
| Domän med okänd funktion 1704 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifierare | |||||||||
| Symbol | DUF1704 | ||||||||
| Pfam | PF08014 | ||||||||
| InterPro | IPR012548 | ||||||||
| |||||||||
Regioner
LOC23366 innehåller en proteindomän med okänd funktion som kallas DUF1704. Den innehåller också en region med låg komplexitet från position 120 till position 150 i proteinet och ett argininrikt område från position 12 till position 51.
Initiativtagare
Med hjälp av ElDorado av Genomatrix hittades en promotorregionsekvens. Den mest sannolika promotorn för KIAA0895 börjar på 36389926 och går till 36391149, med en längd på 1224.
Modifiering efter översättning
KIAA0895 förutspås genomgå fosforylering vid flera seriner , treoniner och tyrosiner genom hela sin struktur. Fosforylering vid dessa platser är en form av genreglering . Fosforylering resulterar i en konformationsförändring i strukturen hos många enzymer och receptorer. Detta gör att de aktiveras eller inaktiveras.
Skaftöglor
Med hjälp av en databas som heter Mfold visar en stam-loop-formation för 5' UTR-regionen att det finns en brist på konservering, vilket innebär att det finns en viss företräde för att dessa stammar och loopar inte används för translationsreglering. ΔG-värdet var -12,90 kcal/mol med tre slingor. Genom att använda samma databas visar en stam-loop-formation för 3' UTR-regionen att det finns konservering, vilket betyder att det finns en viss företräde att de används för translationsreglering. ΔG-värdet var -636,80 kcal/mol.
Tertiär struktur
KIAA0895 har en tertiär struktur med alfaspiraler och betaark .
Interagerande proteiner
Det finns tre proteiner som sannolikt interagerar med KIAA0895. Dessa proteiner är ELAVL1 , vata och glym. Dessa interaktioner har experimentella bevis från de angivna källorna.
Uttryck
KIAA0895 är vanligast i testiklarna , men det har också ett starkt uttryck i njurar , binjurar och hjärna .
Per hälsotillstånd
Med hjälp av en EST-profil från NCBI har KIAA0895 ett starkt uttryck i livmoderhalstumörer och blåscancer.
Interagerande proteiner
Med hjälp av tre olika databaser hittades tre olika interagerande proteiner. Dessa inkluderar ELAVL1, VATA och GLYM. Det fanns experimentella bevis för alla tre av dessa interagerande proteiner.
Homologer och ortologer
KIAA0895 har över 228 ortologer . Ortologer har hittats i däggdjur och eukaryoter . Det finns homologer i 9 arter. Den fullständiga listan över organismer i vilka homologer har hittats ges nedan.
Paraloger
KIAA0895 har 7 paraloger i Homo sapiens :
- Namnlös proteinprodukt
- Okarakteriserat protein KIAA0895-liknande
- hCG28832, isoform CRA_a
- Hypotetiskt protein
- Namnlös proteinprodukt
- hCG38687, isoform CRA_a, partiell
- hCG38687, isoform CRA_b