Interferon-inducerbart GTPase 5

IRGC-
identifierare
	, CINEMA, IFGGE, IRGC1, Iigp5, R30953_1, immunitetsrelaterade GTPase-biograf
Externa ID :n
Genplacering ( Human ) Chr. Band Start Slutet
Genplacering ( Mus ) Chr. Band Start Slutet
RNA uttrycksmönster Bgee Mänsklig Mus (ortolog) BioGPS n/a
Ortologer Arter Mänsklig Mus Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (protein) Plats (UCSC) PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Interferon-inducerbar GTPase 5 även känd som immunitetsrelaterad GTPase cinema 1 (IRGC1) är ett enzym som hos människor kodas av IRGC- genen . Det förutspås bete sig som andra proteiner i familjerna p47-GTPas-liknande och IRG . Det kommer mest till uttryck i testikeln.

Gen

NCBI IRGC-genplacering på kromosom, inkluderar närliggande gener.

IRGC finns på kromosom 19 i position 19q13.31 och innehåller två exoner . Det är på den främre strängen och är uppströms om fosfolipas A2-hämmare och Ly6/PLAUR-domäninnehållande proteinliknande (LOC105372412) och nedströms om Nonsense Mediated mRNA Decay Factor (SMG9).

Homologi och evolution

Paralog

Det finns en paralog för IRGC som heter IRGM . IRGM, eller immunitetsrelaterat GTPas M, är associerat med intracellulärt försvar. Båda är en del av den p47-GTPase-liknande familjen och P-loop NTPase-domänen superfamiljen. Paralogen har 12 % identitet till IRGC.

Ortologer

Prov av eukaryoter med ortologa sekvenser för IRGC, inkluderar sekvensidentitet, beräknat datum för divergens och färgkodad för djurklass.

IRGC observerades vara konserverad hos alla ryggradsdjur . De GTP / Magnesium- och polypeptidbindande regionerna och en transmembranregion är ganska konserverade mellan arter .

Evolution

För tre gener - IRGC, beta-hemoglobin och cytokrom c, jämfördes flera avlägsna ortologer av samma typ med mänskliga sekvenser för deras procentuella identitet. Detta plottades och jämfördes med tiden i miljoner år. IRGC ses ha divergerat snabbare än de andra generna.

IRGC förutspås ha utvecklats snabbare än cytokrom c och β-hemoglobin när man jämför den procentuella identiteten för samma art för varje gen under 500 miljoner år. Det är troligt att IRGC och IRGM skiljde sig åt för 350 till 375 miljoner år sedan.

Transkription

Promotor

Det fanns en promotorregion , GXP_311825, som hittades för IRGC på kromosom 19. Den är 1521 baspar lång och börjar vid baspar 43714694. Den är konserverad på alla 7 testade ortologa sekvenser och har mest association med testiklarna, vid 8.090 tpm. Av de sex potentiella transkriptionerna hade GXT_26231691 flest CAGE-taggar . Testis märktes på 839 av 873 CAGE-taggar.

mRNA

Det vanligaste transkriptet för IRGC är 1596 baspar långt och har accessionsnumret NM_019612 . Andra transkriptioner inkluderar isoform X1, XM_005259058, isoform X2, XM_011527118 och isoform X3, XM_006723283.

Protein

Biokemi

Interferon-inducerbart GTPas 5 är 463 aminosyror långt, har en molekylvikt på 50,3 kDa och en förutspådd isoelektrisk punkt på 5,22. Det är osannolikt att det har en signalpeptid . En transmembranregion förutsägs i hög grad mellan resterna 364 och 384, med den första sektionen av sekvensen utanför membranet och den andra sektionen inom membranet .

Sekundär struktur

Den sekundära strukturen av proteinet förväntas ha fler alfa-helixar än beta-ark , nära ortologer observerades ha mycket liknande sekundära strukturer.

Tertiär struktur

NCBI röntgenkristallografistruktur för ITQD_A, kedja A för interferoninducerbar GTPas som finns i möss. Det förutspås ha liknande struktur som interferon-inducerbart GTPase 5.

Den tertiära strukturen kan förutsägas med relaterade röntgenkristallografistrukturer . Det fanns en träff för proteinet, ligp1 [ Mus musculus ], som hade ett E-värde på 2E-76 och en 34% identitet över 82% av proteinsekvensen.

Post-translationella ändringar

Proteinet förväntas vara GTP- och magnesiumbindande eftersom det innehåller flera relaterade bindningsställen. Den har också förutspått homodimergränssnittsregioner för polypeptidbindning mellan resterna 153 och 163. Det finns två troliga fosfininteraktionsställen vid Ser247 och Ser304. Fosforylering förväntas vara vanlig på seriner och några treoniner genom hela sekvensen, även om fler sannolikt är efter rest 330. Ett fåtal glyosylerings- och glykeringsställen förutsägs, även om vissa av förutsägelserna överlappar potentiella fosforyleringsställen.

Subcellulär plats

Proteinet kan vara icke- cytoplasmatiskt även om ytterligare lokalisering är okänd vid denna tidpunkt.

Klinisk signifikans

Uttryck

Interferon-inducerbart GTPas 5 uttrycks mest i testiklarna. Användningen av två antikroppar (HPA046769 och HPA060064) visade högre uttryck i långsträckta spermatider än runda spermatider. Leydig-celler , spermatogonia och preleptotenspermatocyter rapporterades ha lågt uttryck. Det observerades lågt till medelhögt uttryck med både antikroppar i tolvfingertarmen , tunntarmen , blindtarmen och njuren . Det kan finnas visst uttryck i myocyter och sköldkörteln , bisköldkörteln och binjurarna.

Patologi

Uttryck har observerats minska under cancertillstånd . Det finns okänt klinisk samband med transkriptvariationer både i 3' och 5' UTR och inom den kodande regionen.