GeneMatcher
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | Onlinetjänst och databas för matchande kliniker baserat på gener av intresse |
|
Datatyper infångade |
Gener, genomiska loci , genetiska störningar, fysiska symtom |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | Baylor-Hopkins Center for Mendelian Genomics (BHCMG) |
| Primärt citat | PMID 26220891 |
| Utgivningsdatum | september 2013 |
| Tillgång | |
| Hemsida | |
GeneMatcher är en onlinetjänst och databas som syftar till att matcha läkare som studerar patienter med en sällsynt sjukdomspresentation baserad på gener av intresse . När två eller flera läkare skickar in samma gen till databasen, matchar tjänsten dem tillsammans för att de ska kunna jämföra fall. Det tillåter också matchning av gener från djurmodeller till mänskliga fall. Tjänsten syftar till att etablera nya samband mellan gener och genetiska sjukdomar av okänd orsak.
Webbplatsen lanserades i september 2013 av ett team från ett statligt finansierat samarbetsprojekt mellan Johns Hopkins Hospital och Baylor College of Medicine i USA.
I december 2019 innehöll sajten 11 855 gener från 7 724 insändare från 88 länder, och 6 609 matchningar hade gjorts. Tjänsten har hjälpt genetiker att göra flera upptäckter, inklusive att fastställa de genetiska orsakerna till en form av autismspektrumstörning , syndrom av mikrocefali med hörselnedsättning, en mitokondriell sjukdom , SPONASTRIME-dysplasi och Au–Kline-syndrom .
Historia
Webbplatsen lanserades i september 2013 av Nara Sobreira, François Schiettecatte, Ada Hamosh och andra. Teamet är en del av ett samarbete mellan Johns Hopkins Hospital i Baltimore , Maryland och Baylor College of Medicine i Houston , Texas , USA, kallat Baylor-Hopkins Center for Mendelian Genomics (BHCMG), ett av tre sådana Center for Mendelian Genomics ( CMGs) etablerade och finansierade av American National Institutes of Health (NIH) och National Human Genome Research Institute (NHGRI) 2011.
Funktioner
Tjänsten gör det möjligt för forskare att skicka in kandidatgener till en databas och matcha baserat på en gemensam gen av intresse. Forskare, vårdgivare eller patienter kan skapa ett konto med sin e-post, namn och adress. När de gör detta kan de posta en gen efter gensymbol , Entrez ID eller Ensembl gen-ID. De kan också specificera gener genom OMIM- nummer eller genomisk plats . Om en identisk gen redan har postats av en annan användare görs matchningen omedelbart och båda användarna får ett e-postmeddelande med den andra användarens kontaktuppgifter. Annars finns genen kvar i databasen tills en annan användare skickar in samma gen. Databasen med gener är inte utforskbar, och inga användarkontaktuppgifter är tillgängliga förrän en matchning har gjorts. Användare kan när som helst dra tillbaka sin inlämnade gen eller radera sitt konto.
Alternativt kan användare också söka i databasen efter genetisk störning eller fysiskt symptom. Tjänsten uppmuntrar också de som arbetar med djurmodeller att skicka in sina genkandidater och ger möjlighet att specificera inlämningen per modellorganism .
Användande
I december 2019 innehöll sajten 11 855 gener från 7 724 insändare från 88 länder, och 6 609 matchningar hade gjorts. Från och med juli 2015 var ungefär 14% av generna relaterade till djurmodeller, och BHCMG själv hade skickat in minst 180 av generna och genererat 69 matchningar, varav 16 också var en fenotypmatchning. Tre av dessa fenotyp-gen-matchningar, som involverade SPATA5 , HNRNPK och TELO2 , var tillräckliga för publicering av nya konturer av sjukdomar i medicinska tidskrifter.
Samarbete med andra databaser
GeneMatcher är en del av ett samarbete mellan flera genmatchningstjänster kallade MatchmakerExchange, som lanserades i oktober 2013. Den andra tjänstedelen av projektet inkluderar PhenomeCentral och DECIPHER .
Det amerikanska genetiskt testföretaget GeneDx har laddat upp gener från sin databas med troliga patogena varianter, vilket leder till dussintals matchningar.
Påverkan
GeneMatcher har hjälpt genetiker att göra flera nya upptäckter, några exempel på dessa inkluderar följande:
- Under 2015 matchade tjänsten tre metoder med fall av ett okänt multisystemsyndrom troligtvis orsakat av en mutation i HNRNPK . Orsaken bekräftades och syndromet fick namnet Au–Kline syndrom, efter Ping-Yee Billie Au och Antonie D. Kline, två av de inblandade forskarna. Syndromet visades senare 2019 vara identiskt med Okamotos syndrom , som beskrevs 1997.
- 2015 tillät tjänsten forskare att koppla SPATA5 till ett autosomalt recessivt syndrom av mikrocefali, kramper och hörselnedsättning. De använde GeneMatcher för att hitta 4 av 14 patienter med syndromet och mutationer.
- Under 2015 hjälpte GeneMatcher forskare att koppla TELO2 till ett autosomalt recessivt syndrom av mikrocefali, ataxi, hörselnedsättning, medfödda hjärtfel och andra egenskaper. Tjänsten gjorde det möjligt för dem att hitta den fjärde av fyra familjer med barn med tillståndet och mutationer. Syndromet fick namnet You–Hoover-Fong syndrom, efter forskarna Jing You och Julie Hoover-Fong.
- Under 2016 använde forskare i Nederländerna GeneMatcher för att identifiera 2 av 4 patienter med ett dödligt autosomalt recessivt immunbristtillstånd som kallas LICS-syndrom, orsakat av mutationer i NSMCE3 .
- Under 2017 upptäcktes det att mutationer i KYNU eller HAAO leder till ett autosomalt recessivt syndrom av skelettavvikelser, medfödda hjärtfel, hypoplastiska njurar , hörselnedsättning och andra egenskaper. Forskarna använde GeneMatcher för att identifiera den fjärde av fyra familjer med barn med tillståndet.
- Under 2017 identifierade brittiska forskare mutationer i ADCY3 som orsaken till en autosomal recessiv ciliarsjukdom som orsakar fetma, anosmi och lindrig intellektuell funktionsnedsättning. GeneMatcher tillät dem att hitta den fjärde av fyra patienter med tillståndet.
- Under 2018 kunde forskare associera en mitokondriell komplex I -brist med en mutation i NDUFA6 med hjälp av GeneMatcher. Tjänsten gjorde det möjligt för dem att lokalisera 3 av 4 patienter med tillståndet och mutationen.
- 2019 tillät GeneMatcher forskare att koppla DEGS1 till en autosomal recessiv hypomyeliniserande leukodystrofi . De hade hittat en homozygot mutation i genen hos en kvinnlig patient, och tjänsten hjälpte dem att hitta 18 andra patienter med autosomala recessiva mutationer i samma gen med liknande symtom.
- Under 2019 kunde forskare med hjälp av GeneMatcher fastställa att en mutation i BRSK1 leder till ett autosomalt dominant syndrom av intellektuell funktionsnedsättning och autismspektrumstörning . Tjänsten gjorde det möjligt för dem att hitta 5 av 9 patienter med tillståndet och mutationen. De nio patienterna kom från kohorter på totalt 3 429 individer, vilket ansågs vara en hög prevalens för en sällsynt sjukdom och ledde till förvåning att genen inte hade kopplats till utvecklingsförsening tidigare.