EcoCyc
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | omfattande databas över Escherichia coli biologi. |
| Organismer | Escherichia coli |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | SRI International |
| Laboratorium | SRI International |
| Författare | Peter Karp et al |
| Primärt citat | Keseler & al. (2011) |
| Tillgång | |
| Hemsida | |
Inom bioinformatik är EcoCyc en biologisk databas för bakterien Escherichia coli K-12. EcoCyc-projektet utför litteraturbaserad kuration av E. coli- genomet och av E. coli- transkriptionsreglering, transportörer och metabola vägar. EcoCyc innehåller skriftliga sammanfattningar av E. coli -gener, destillerade från över 36 000 vetenskapliga artiklar. EcoCyc är också en beskrivning av genomet och cellulära nätverk av E. coli som stödjer forskare att utföra beräkningsanalyser.
Dataobjekt i EcoCyc-databasen beskriver varje E. coli- gen och genprodukt. Databasobjekt beskriver också molekylära interaktioner, inklusive metaboliska vägar , transporthändelser och reglering av genuttryck. EcoCyc tillhandahåller flera visualiseringsverktyg i genomskala för att hjälpa till med analysen av omics-data, till exempel genom att måla genuttryck eller metabolomikdata på det fullständiga regulatoriska nätverket av E. coli . [ citat behövs ]
EcoCyc kan nås via EcoCycs webbplats, som en uppsättning nedladdningsbara filer, och tillsammans med Pathway Tools-programvaran som kan installeras lokalt på Macintosh, PC/Windows och PC/Linux-datorer. Den nedladdningsbara programvaran ger funktioner som går långt utöver webbversionen av EcoCyc. [ citat behövs ]