rpoN
| Identifierare för | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RNA-polymeras sigma-54 faktor | |||||||
| Organism | ? | ||||||
| Symbol | RpoN | ||||||
| UniProt | P24255 | ||||||
| |||||||
Genen rpoN ( RNA - polymeras , kvävebegränsning N ) kodar för sigmafaktorn sigma-54 (σ54, sigma N eller RpoN), ett protein i Escherichia coli och andra bakteriearter. RpoN motverkar RpoS sigma-faktorer.
Biologisk roll
Ursprungligen identifierad som en regulator av gener involverade i kvävemetabolism och assimilering under kvävebegränsande förhållanden, har E. coli σ54 sedan visat sig spela viktiga regulatoriska roller i en mängd andra cellulära processer. På liknande sätt reglerar σ54-homologer i andra arter ett brett spektrum av processer, inklusive flagellär syntes och virulens.
Sekvensspecificitet och verkningsmekanism
| Sigma-54-faktor, Activator-interagerande | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| domänidentifierare | |||||||||||
| Symbol | Sigma54_AID | ||||||||||
| Pfam | PF00309 | ||||||||||
| InterPro | IPR000394 | ||||||||||
| PROSITE | PS50044 | ||||||||||
| |||||||||||
σ54-promotorelement består av konserverade nukleotider belägna vid -12 och -24 med avseende på transkriptionsstartstället. Detta står i kontrast till medlemmar av σ70-familjen, som känner igen konserverade promotorelement belägna vid ungefär -10 och -35 med avseende på transkriptionsstartstället. Till skillnad från medlemmarna i σ70-familjen har σ54-proteiner visats binda promotor-DNA oberoende av kärn-RNAP in vitro . En annan utmärkande egenskap hos σ54-proteiner är deras absoluta krav på aktivatorproteiner, kända som bakteriella förstärkarbindande proteiner (bEBPs), för att initiera transkription. Sålunda är både aktiva och inaktiva former av RNAP:σ54 bundna till promotorer.
De RpoN-reglerade promotorelementen har konsensussekvensen enligt följande: TTGGCACGGTTTTTGCT.