Dinoroseobacter shibae
| Dinoroseobacter shibae | |
|---|---|
| Vetenskaplig klassificering | |
| Domän: | |
| Provins: | |
| Klass: | |
| Beställa: | |
| Familj: | |
| Släkte: | |
| Arter: |
D. shibae
|
| Binomialt namn | |
|
Dinoroseobacter shibae Biebl et al. 2005
|
|
Dinoroseobacter shibae är en fakultativ anaerob anoxygen fotoheterotrof som tillhör familjen Rhodobacteraceae . Först isolerade från tvättade odlade dinoflagellater , har de rapporterats ha mutualistiska såväl som patogena symbioser med dinoflagellater .
Cellmorfologi och fysiologi
D. shibae- celler är gramnegativa kocker , eller ibland äggformade stavar som mäter 0,3 – 0,7 μm i bredd och 0,3 – 1,0 μm i längd. De är rörliga och har ett enda polärt flagellum .
När de odlas i mörker har kolonier en distinkt rosa eller ljusröd pigmentering , medan de under stark belysning är beige. De innehåller bakterioklorofyll a och karotenoidpigmentet sferoidenon och har absorptionsspektrumtoppar vid 804 och 868 nm. Karotenoiden leder till ett utökat absorptionsspektrum inklusive 400 – 600 nm . D. shibae- celler använder ljus som en kompletterande energikälla och använder det inte för att fixera oorganiskt kol . Kolonier som odlats på komplexa agarmedier ser djupröda ut .
D. shibae är en fakultativ anaerob som kräver 1-7 % salthalt och växer mellan 15 och 38 °C med en optimal temperatur på 33 °C. Dess optimala pH- område är 6,5 – 9,0. Medan de flesta av organismerna i Roseobacter-kläden är obligata aerober , kan D. shibae växa anaerobt med hjälp av elektronacceptorer nitrat och dimetylsulfoxid . Den har en komplett denitrifieringsväg för energiproduktion. En mängd olika organiska substrat inklusive acetat , succinat , fumarat , malat , laktat , citrat , glutamat , pyruvat , glukos , fruktos och glycerol kan stödja heterotrofisk tillväxt . Liksom andra i Roseobacter-kladen stöder inte etanol , metanol och butyrat tillväxt.
D. shibae kan syntetisera vitaminerna och av vilka dess dinoflagellatvärd är auxotrof .
Miljö och ekologi
Medlemmar av Roseobacter clade är allmänt förknippade med marint växtplankton som dinoflagellater och kiselalger i vattenpelaren samt grunda sediment. De spelar viktiga roller i kolets kretslopp genom att assimilera löst organiskt material som produceras av växtplankton och även i svavelcykeln genom att avlägsna DMS från algosmolyten dimetylsulfoniopropionat ( DMSP). Deras nära samband med eukaryot växtplankton stöds av fylogenomiska bevis som tyder på att Roseobacter-linjen avvek från andra Alphaproteobacteria i samma ögonblick som den mesozoiska strålningen av växtplankton .
Egenskaper involverade i symbioser av D. shibae inkluderar flagellär syntes och typ IV sekretionssystem under kontroll av N-acyl homoserin lakton intercellulära signalmolekyler ( quorum sensing ).
D. shibae bildar symbioser med Prorocentrum minimum , ett giftigt rödvattenbildande dinoflagellat , samt andra dinoflagellater förknippade med giftiga algblomningar . I en ömsesidig association tillhandahåller minimum P. kolkällor och vissa vitaminer som är nödvändiga för tillväxt, och medan D. shibae tillhandahåller vitaminerna och . I samodling förändras denna mutualism till patogenicitet eftersom bakterierna inducerar död i algcellerna, men algicida föreningar som produceras av D. shibae har ännu inte identifierats. P. minimum har en global marin utbredning, vilket tyder på att dess symbiont också gör det.
Genom
D. shibaes genom är 4417 kbp långt, vilket är i linje med andra Roseobacter clade-genom. Inkluderat i denna räkning är dess stora cirkulära genom och fem cirkulära plasmider . GC -halten i D. shibae är 66 %.
Baserat på jämförande sekvensanalys av de cirkulära plasmiderna , förvärvades de sannolikt genom konjugering och två systerplasmider innehåller vir- operonet som kodar för det typ IV- sekretionssystem som krävs för bildandet av sexpili . Andra egenskaper som kodas på plasmiderna inkluderar nedbrytning av aromatiska föreningar och kolmonoxidoxidation .
Till skillnad från ABC-transportörer antyder D. shibae- genomet en preferens för tredelade ATP-oberoende periplasmatiska transportörer ( TRAP ) för upptag av näringsämnen som C4-dikarboxylater, pyruvat , glutamat , sialinsyra , ektoin och 2,3-diketogulonat. D. shibaes genom kodar för 27 kompletta TRAP- system.
Upptäckt och isolering
D. shibae isolerades första gången 2003 med två stammar, båda isolerade från tvättade enstaka celler av odlade marina dinoflagellater ( Prorocentrum lima och Alexandrium ostenfeldii) .
Etymologi
på släktet Dinoroseobacter kommer från grekiskan dinos som betyder virvlande rotation och den första delen av Dinophyceae ( dinoflagellater ) från vilken den isolerades, och Roseobacter ett bakteriesläkte med liknande egenskaper. Shibae fick sitt namn efter professor Tsuneo Shiba som upptäckte de marina aeroba anoxygena fototrofa bakterierna .