David T. Jones (vetenskapsman)

David Jones
David Jones 2006
Född	David Tudor Jones november 1966 (56 år)
Nationalitet	brittisk
Alma mater	University College London (PhD) King's College London (MSc) Imperial College London (BSc)
Känd för	Protein Fold Recognition Protein Structure Prediction
Utmärkelser	Royal Society University Research Fellowship (1995–1999)
Vetenskaplig karriär
Fält	Bioinformatik Proteinstruktur Beräkningsbiologi
institutioner	University College London Birkbeck, University of London
Avhandling	Strukturella tillvägagångssätt för proteinsekvensanalys ( 1993)
Doktorand rådgivare	William R. Taylor Janet Thornton
Hemsida	http://www.cs.ucl.ac.uk/staff/d.jones/

David Tudor Jones FRS (född 1966) är professor i bioinformatik och chef för bioinformatikgruppen vid University College London . Han är också chef för Bloomsbury Center for Bioinformatics, som är ett gemensamt forskningscenter mellan UCL och Birkbeck, University of London och som också tillhandahåller bioinformatikutbildning och stödtjänster till biomedicinska forskare. År 2013 är han medlem i redaktionerna för PLoS ONE , BioData Mining , Advanced Bioinformatics , Chemical Biology & Drug Design , och Protein: Structure, Function and Bioinformatics .

Utbildning

Jones utbildades vid Imperial College London där han tilldelades en Bachelor of Science- examen i fysik . Han flyttade till King's College London för att avsluta en Master of Science- examen i biokemi följt av University College London där han tilldelades en doktorsexamen 1993 för forskning under ledning av William R. Taylor och Janet Thornton .

Forskning och karriär

Jones huvudsakliga forskningsintressen är förutsägelse av proteinstruktur och analys av proteinveckning , transmembranproteinanalys , maskininlärningstillämpningar inom bioinformatik och genomanalys inklusive tillämpning av intelligenta mjukvaruagenter. Han har konsulterat för några olika företag, inklusive GlaxoSmithKline , men hans huvudsakliga branscherfarenhet var som en av grundarna av Inpharmatica Limited, som grundades 1998 som en företagsavknoppning från University College London. Företaget använde en kombination av bioinformatik och kemoinformatik för att titta på sambanden mellan struktur och funktion hos proteiner, och bindningen av kemiska grupper till dessa proteiner, vilket ledde till upptäckten av nya läkemedel.

TRÄDARE

THREADER tillhandahåller en metod som är populärt känd som proteinvecksigenkänning ( threading ), en metod för proteinmodellering, som används för att modellera de proteiner som har samma veckning som proteiner med kända strukturer. Inmatningen är en aminosyrasekvens med okänd proteinstruktur, sedan kommer THREADER att mata ut en mest trolig proteinstruktur för denna sekvens. Graden av kompatibilitet mellan sekvensen och den föreslagna strukturen utvärderas med hjälp av en uppsättning empiriska potentialer härledda från proteiner med kända strukturer. Detta arbete föregicks av David Baker och hans kollegor, som har tagit THREADER-idén vidare i form av Rosettametoden som har en enorm inverkan på området.

MEMSAT

MEMSAT är ett tillvägagångssätt för att förutsäga positionerna för transmembrana helixsegment baserat på igenkännandet av de topologiska modellerna av proteiner. Metoden använder en uppsättning statistiska tabeller härledda från välkarakteriserade membranproteindata, och vi har en dynamisk programmeringsalgoritm för att känna igen membrantopologimodellerna genom att maximera förväntningarna. Eftersom MEMSAT ursprungligen byggdes tillbaka 1994, utlöste det en hel del förbättringar i förutsägelsen av sekundär struktur. Den senaste versionen är MEMSAT3, släppt 2007. Den använder ett neuralt nätverk för att bestämma var resterna finns på den cytoplasmatiska sidan av membranet eller i de transmembrana spiralerna.

CATH databas

Jones var involverad i det tidiga utvecklingsskedet av CATH-databasen , med Christine Orengo och Janet Thornton som är en hierarkisk domänklassificering av proteinstrukturer i Protein Data Bank , där de fyra huvudnivåerna i hierarkin är: Klass, Arkitektur, Topologi, och Homolog superfamilj. CATH-databasen använder en kombination av automatiska och manuella tekniker.

GenTHREADER

GenTHREADER är ett snabbare och kraftfullare verktyg för proteinvecksigenkänning, som kan appliceras på antingen hela/enskilda proteinsekvenser. Metoden använder en traditionell sekvensanpassningsalgoritm för att generera anpassningar, och sedan kommer anpassningen att utvärderas med trådningstekniker. Som det sista steget kommer varje modell att utvärderas av ett neuralt nätverk för att producera ett mått på konfidensnivån i den föreslagna förutsägelsen. Framväxten av GenTHREADER har möjliggjort en rad förbättringsarbeten. Hittills, finns det flera förbättrade metoder tillgängliga nu: mGenTHREADER, pDomTHREADER och pGenTHREADER.

PSIPRED

Detta är en server som samlar flera strukturförutsägelsesmetoder. Den inkluderar den nyligen implementerade metoden även känd som PSIPRED (Predict Secondary Protein Structure), en teknik för förutsägelse av sekundär proteinstruktur, och de andra teknikerna Predict Transmembrane Topology (MEMSAT3) och Fold Recognition (GenTHREADER). Användare skickar in en proteinsekvens, utför alla förutsägelser av intresse och får resultaten via e-post.

Akademisk tjänst

Sedan 1996 har Jones varit involverad i många forskningskommittéer, inklusive: Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) , Engineering and Physical Sciences Research Council (EPSRC), Medical Research Council (MRC) och Research Councils UK . Hans forskning har finansierats av BBSRC, The Wellcome Trust , Elsevier , EPSRC, MRC, The Royal Society , Europeiska kommissionen , AstraZeneca , GlaxoSmithKline och Sun Microsystems .

Utmärkelser och utmärkelser

Jones hade ett prestigefyllt Royal Society University Research Fellowship från 1995 till 1999. 2022 valdes Jones till Fellow i International Society for Computational Biology .