Mark B. Gerstein

Mark Gerstein
Född	Mark Bender Gerstein 23 februari
Medborgarskap	USA
Alma mater	Harvard University (BS) University of Cambridge (PhD)
Utmärkelser	AAAS-stipendiat WM Keck Foundation Distinguished Young Scholar Herchel Smith -stipendium ISCB-stipendiat
Vetenskaplig karriär
Fält	Bioinformatik
institutioner	Harvard Universitet Universitetet i Cambridge Stanford University Yale universitet
Avhandling	Proteinigenkänning: ytor och konformationsförändringar (1993)
Doktorandrådgivare	Cyrus Chothia Ruth Lynden-Bell
Andra akademiska rådgivare	Michael Levitt (postdoc)
Doktorander	Werner Krebs
Hemsida	www .gersteinlab .org www .cs .yale .edu /people /gerstein .html

Mark Bender Gerstein är en amerikansk forskare som arbetar inom bioinformatik och datavetenskap . Från och med 2009 är han meddirektör för Yale Computational Biology and Bioinformatics-programmet.

Mark Gerstein är Albert L. Williams professor i biomedicinsk informatik , professor i molekylär biofysik och biokemi , professor i statistik och datavetenskap och professor i datavetenskap vid Yale University . 2018 utsågs Gerstein till meddirektör för Yale Center for Biomedical Data Science.

Utbildning

Efter att ha tagit examen från Harvard College summa cum laude med en Bachelor of Arts i fysik 1989, gjorde Gerstein en doktorsexamen under handledning av Ruth Lynden-Bell vid University of Cambridge och Cyrus Chothia vid Laboratory of Molecular Biology om konformationsförändringar i proteiner, tog examen 1993. Han fortsatte sedan med postdoktoral forskning i bioinformatik vid Stanford University från 1993 till 1996 under ledning av Nobelpristagaren Michael Levitt .

Forskning

Gerstein forskar inom området bioinformatik . Detta innebär att man tillämpar en rad beräkningsmetoder för problem inom molekylärbiologi , inklusive datautvinning och maskininlärning, molekylär simulering och databasdesign. Hans forskargrupp har ett antal fokuser inklusive att kommentera det mänskliga genomet, personlig genomik , cancergenomik , bygga verktyg till stöd för genomteknologier (som nästa generations sekvensering), analysera molekylära nätverk och simulera makromolekylära rörelser. Anmärkningsvärda databaser och verktyg som gruppen har utvecklat inkluderar databasen över makromolekylära rörelser, som kategoriserar makromolekylära konformationsförändringar ; tYNA, som hjälper till att analysera molekylära nätverk; PubNet, som analyserar publiceringsnätverk; PeakSeq, som identifierar regioner i genomet bundna av särskilda transkriptionsfaktorer; och CNVnator, som kategoriserar blockvarianter i genomet. Gerstein har också skrivit mycket om hur allmänna frågor inom datavetenskap påverkar genomik – i synnerhet i relation till integritet och strukturering av vetenskaplig kommunikation.

Gersteins arbete har publicerats i peer reviewed vetenskapliga tidskrifter och icke-vetenskapliga publikationer i mer populära forum. Hans arbete har blivit mycket citerat, med ett H större än 100. Han sitter i ett antal redaktioner och rådgivande styrelser, inklusive de av PLoS Computational Biology , Genome Research , Genome Biology och Molecular Systems Biology . Han har citerats i New York Times, bland annat på förstasidan, och i andra stora tidningar.

Pris och ära

Förutom en WM Keck Foundation Distinguished Young Scholars-pris har Gerstein mottagit utmärkelser från US Navy , IBM , Pharmaceutical Research and Manufacturers of America och Donaghue Foundation . Han är en Fellow i AAAS . Andra utmärkelser inkluderar ett Herchel-Smith- stipendium som stöder hans doktorandarbete vid Emmanuel College, Cambridge och ett Damon Runyon Cancer Research Foundation Postdoctoral Fellowship. Han är en bidragsgivare till ett antal vetenskapliga konsortier inklusive ENCODE , modENCODE , 1000 Genomes Project , Brainspan och DOE Kbase . Han utsågs till Fellow i International Society for Computational Biology 2015.

externa länkar

• Mark Gerstein Laboratory vid Yale
• Mark Gerstein på Yale Computer Science
• Mark Gerstein vid Yale School of Medicine
• Mark Gersteins publikationer indexerade av Google Scholar
• Mark Gersteins publikationer på ResearchGate
• Mark Gerstein på DBLP Bibliography Server