David Sankoff

David Sankoff
David Sankoff på "Models and Algorithms for Genome Evolution" 2013, Bromont, Quebec.
Född	( 1942-12-31 ) 31 december 1942 Montreal , Quebec , Kanada
Nationalitet	kanadensisk
Alma mater	McGill University (BSc, MSc, PhD)
Känd för	Analys av variabel regler Kodbyte Sekvensjustering Nukleinsyra sekundär struktur Computational genomics
Utmärkelser	Fellow i Royal Society of Canada (1995) Canada Research Chair (2002-2016) ISCB Fellow (2009) ISCB Senior Scientist Award (2003) Weldon Memorial Prize (2004)
Vetenskaplig karriär
Fält	Genomik Bioinformatik Lingvistik Sociolingvistik
institutioner	Universitetet i Ottawa Université de Montréal Centre de Recherches Mathématiques Canadian Institute for Advanced Research Bureau of Statistics of Papua and New Guinea
Avhandling	Historisk lingvistik som en stokastisk process (1969)
Doktorandrådgivare	Donald Andrew Dawson
Hemsida	albuquerque .bioinformatik .uottawa .ca

David Sankoff (född 31 december 1942) är en kanadensisk matematiker, bioinformatiker, datavetare och lingvist. Han innehar Canada Research Chair in Mathematical Genomics vid Mathematics and Statistics Department vid University of Ottawa , och är korsutnämnd till Biology Department och School of Information Technology and Engineering. Han var grundande redaktör för den vetenskapliga tidskriften Language Variation and Change (Cambridge) och sitter i redaktionerna för ett antal tidskrifter inom bioinformatik, beräkningsbiologi och lingvistik. Sankoff är mest känd för sina banbrytande bidrag inom beräkningslingvistik och beräkningsgenomik . Han anses vara en av grundarna av bioinformatik . I synnerhet hade han en nyckelroll i att introducera dynamisk programmering för sekvensanpassning och andra problem inom beräkningsbiologi . Med Pavel Pevzners ord, "[ Michael Waterman ] och David Sankoff är ansvariga för att omvandla bioinformatik från en "frimärkssamling" av dåligt definierade problem till en rigorös disciplin med viktiga biologiska tillämpningar."

Utbildning

Sankoff publicerade sin första uppsats 1963 medan han var en student i matematik vid McGill University . Från och med sin doktorandforskning utvecklade han matematiska formuleringar till ett antal centrala begrepp inom socio- och historisk lingvistik, inklusive glottokronologi , variabel regelanalys (med Henrietta Cedergren), den språkliga marknadsplatsen och kodväxling .

Karriär och forskning

Efter att ha avslutat sin Ph.D. i matematik började Sankoff sin akademiska karriär vid University of Montreal 1969. 1971 blev Sankoff intresserad av molekylär sekvensjämförelse och utarbetade den första kvadratiska tidsvarianten av Needleman-Wunsch-algoritmen för parvis sekvensanpassning . År 1973 utvecklade Sankoff och Robert Cedergren en gemensam uppskattningsmetod för fylogeni och multipelsekvensanpassning av 5S ribosomalt RNA, vilket lägger de algoritmiska grunderna för jämförande genomik . 1975 studerade Sankoff och Václav Chvátal beteendet hos det längsta vanliga följdproblemet på slumpmässiga indata; de proportionalitetskonstanter som uppstår i denna studie har kommit att kallas Chvátal-Sankoff-konstanterna . 1980 skapade Robert Cedergen och David Sankoff den första forskargruppen inom bioinformatik vid University of Montreal . Sankoffs arbete inom bioinformatik tar upp RNAs sekundära struktur , genomomarrangemang , sekvensanpassning , genomevolution och fylogenetik .

Pris och ära

• Invigningsmottagare av International Society for Computational Biologys Senior Scientist Award 2003.
• Vald till Fellow i Royal Society of Canada (1995)
• Valdes till ISCB Fellow av International Society for Computational Biology 2009
• Marcel-Vincent-priset (1977)
• Ontario Distinguished Researcher Award (2002)
• Weldon Memorial Prize (2004)
• University of Ottawa Excellence in Research Award (2013)
• Hedersdoktor vid Tel Aviv University (2014)