Mark Borodovsky

Mark Borodovsky
Utbildning	Moskvas institut för fysik och teknik
Känd för	GeneMark
Utmärkelser	ISCB Fellow (2020)
Vetenskaplig karriär
Fält	Bioinformatik
institutioner	Georgia Institute of Technology Emory University Moskvas institut för fysik och teknik

Mark Borodovsky ( ryska : Марк Бородовский ) är en Regents' Professor vid Join Wallace H. Coulter Department of Biomedical Engineering vid Georgia Institute of Technology och Emory University och chef för Center for Bioinformatics and Computational Genomics vid Georgia Tech. Han har också varit ordförande för institutionen för bioinformatik vid Moskvainstitutet för fysik och teknologi i Moskva, Ryssland från 2012 till 2022.

Borodovsky är en grundare av Georgia Tech Graduate Program in Bioinformatics (M.Sc. och Ph.D.), medlem av utbildningskommittén i International Society of Computational Biology, samt arrangör av elva internationella konferenser i bioinformatik som hölls i Georgia Teknik från 1997.

Forskning

Borodovsky startade forskning i bioinformatik vid Institutet för molekylär genetik USSR Academy of Sciences 1985. 1986 introducerade han användningen av inhomogena Markov-kedjemodeller för effektiv modellering av proteinkodande regioner; detta tillvägagångssätt blev en standardfunktion i genfyndande algoritmer. 1990 etablerade han ett bioinformatiklaboratorium vid Georgia Institute of Technology i Atlanta. Borodovsky har gjort många bidrag inom området för utveckling av genhittande algoritmer, särskilt GeneMark-programmet (1993) som gjorde ett genomslag på området och användes för annotering av de första fullständigt sekvenserade genomen av Haemophilus influenzae och Methanococcus jannaschii. Förstahandserfarenhet i ett antal genomprojekt motiverade vidareutveckling av avancerade algoritmer tillämpliga på virala, prokaryota, eukaryota genom och metagenom. Dessa algoritmer används för närvarande i många forskningslaboratorier i USA och utomlands samt vid de stora sekvenserings- och anteckningscentren, såsom Broad Institute, DOE Joint Genome Institute och NIH National Center for Biotechnology Information.

Utbildning

Borodovsky fick sin magisterexamen i fysik och operationsforskning och doktorsexamen i tillämpad matematik från Moskvainstitutet för fysik och teknik .

Högsta betyg

Borodovsky valdes till Fellow i International Society for Computational Biology 2020.

externa länkar

• Genförutsägelse i nya svampgenom med hjälp av en ab initio-algoritm med oövervakad träning, Genome Research
• Genidentifiering i nya eukaryota genom genom självträningsalgoritm , Nucleic Acids Research
• GeneMark: webbprogramvara för att hitta gen i prokaryoter, eukaryoter och virus Nukleinsyraforskning
• GeneMarkS: en självträningsmetod för att förutsäga genstarter i mikrobiella genom. Implikationer för att hitta sekvensmotiv i regulatoriska regioner, Nucleic Acids Research
• Heuristiskt tillvägagångssätt för att härleda modeller för att hitta gen, Nucleic Acids Research
• GeneMark.hmm: nya lösningar för att hitta gen, Nucleic Acids Research
• GenMark: Parallell genigenkänning för både DNA-strängar, datorer och kemi