Standarder för rapportering av enzymdata
Standards for Reporting Enzymology Data (STRENDA) är ett initiativ som en del av Minimum Information Standards som specifikt fokuserar på utvecklingen av riktlinjer för rapportering (som beskriver metadata) enzymologiska experiment. Initiativet stöds av Beilstein Institute for the Advancement of Chemical Sciences . STRENDA etablerar både publiceringsstandarder för enzymaktivitetsdata och STRENDA DB, ett elektroniskt validerings- och lagringssystem för enzymaktivitetsdata. Grunden för STRENDA, som lanserades 2004, är resultatet av en detaljerad analys av kvaliteten på enzymologiska data i skriftliga och elektroniska publikationer.
Organisation
STRENDA-projektet drivs av 15 forskare från hela världen som bildar STRENDA-kommissionen och stödjer arbetet med expertis inom biokemi , enzymnomenklatur , bioinformatik , systembiologi , modellering, mekanistisk enzymologi och teoretisk biologi .
Riktlinjer för rapportering
STRENDA-riktlinjerna föreslår den minsta information som behövs för att heltäckande rapportera kinetiska och jämviktsdata från undersökningar av enzymaktiviteter inklusive motsvarande experimentella förhållanden. Denna minimiinformation föreslås tas upp i en vetenskaplig publikation när enzymologiska forskningsdata rapporteras för att säkerställa att datamängder är heltäckande beskrivna. Detta gör att forskare inte bara kan granska, tolka och bekräfta data utan också att återanvända data för modellering och simulering av biokatalytiska vägar. Dessutom stödjer riktlinjerna forskare att göra sina experimentella data reproducerbara och transparenta.
Från och med mars 2020 inkluderade fler än 55 internationella biokemitidskrifter STRENDA-riktlinjerna i sina författares instruktioner som rekommendationer vid rapportering av enzymologiska data. STRENDA-projektet är registrerat hos FAIRsharing.org och riktlinjerna är en del av FAIRDOM Community-standarder för systembiologi.
Ansökningar
STRENDA DB
STRENDA DB är en webbaserad lagrings- och sökplattform som har införlivat riktlinjerna och automatiskt kontrollerar de inlämnade uppgifterna om överensstämmelse med STRENDA-riktlinjerna för att säkerställa att manuskriptdatauppsättningarna är fullständiga och giltiga. En giltig datamängd tilldelas ett STRENDA-registernummer (SRN) och ett faktablad (PDF) skapas som innehåller alla inlämnade data. Varje datauppsättning registreras hos Datacite och tilldelas en DOI för att referera och spåra data. Efter publiceringen av manuskriptet i en peer-reviewed tidskrift görs data i STRENDA DB öppet tillgängliga. STRENDA DB är ett arkiv som rekommenderas av re3data och OpenDOAR . Den skördas av OpenAIRE. Databastjänsten rekommenderas i författarnas instruktioner för mer än 10 biokemitidskrifter, inklusive Nature , The Journal of Biological Chemistry , eLife och PLoS . Det har hänvisats till som ett standardverktyg för validering och lagring av enzymkinetikdata i mångfaldiga publikationer. En nyligen genomförd studie som undersökte elva publikationer, inklusive Supporting Information, från två ledande tidskrifter avslöjade att minst en utelämnande hittades i var och en av dessa artiklar. Författarna drog slutsatsen att användning av STRENDA DB i den aktuella versionen skulle säkerställa att cirka 80 % av relevant information skulle göras tillgänglig.
Datahantering
STRENDA DB anses vara ett verktyg för forskningsdatahantering av forskarvärlden (t.ex. EU-projektet CARBAFIN).
Externa referenser
- Spela in i FAIRSharing.org för STRENDA DB, https://fairsharing.org/FAIRsharing.ekj9zx