Minimistandard för information

Minimistandarder för information är uppsättningar av riktlinjer och format för rapportering av data som härrör från specifika metoder med hög genomströmning. Deras syfte är att säkerställa att data som genereras av dessa metoder lätt kan verifieras, analyseras och tolkas av det bredare forskarsamhället . I slutändan underlättar de överföringen av data från tidskriftsartiklar (ostrukturerad data) till databaser (strukturerad data) i en form som gör att data kan brytas över flera datamängder. Minimala informationsstandarder är tillgängliga för ett stort antal experimenttyper inklusive mikroarray ( MIAME ), RNAseq ( MINSEQE ), metabolomics (MSI) och proteomics ( MIAPE ).

Minimistandarder för information har vanligtvis två delar. För det första finns det en uppsättning rapporteringskrav – vanligtvis presenterade som en tabell eller en checklista. För det andra finns det ett dataformat. Information om ett experiment måste konverteras till lämpligt dataformat för att det ska skickas till den relevanta databasen. I fallet MIAME tillhandahålls dataformatet i kalkylbladsformat (MAGE-TAB). Några av de samhällen som upprätthåller minimistandarder för information tillhandahåller också verktyg för att hjälpa experimentella forskare att kommentera sina data.

MI-standarder

De individuella minimistandarderna för information tas fram av gemenskaper av tvärvetenskapliga specialister som fokuserar på problematiken med den specifika metod som används inom experimentell biologi. Standarderna ger sedan specifikationer vilken information om experimenten ( metadata ) som är avgörande och viktig att rapportera tillsammans med resulterande data för att göra den heltäckande. Behovet av denna standardisering drivs till stor del av utvecklingen av experimentella metoder med hög genomströmning som ger enorma mängder data. Utvecklingen av minimiinformationsstandarder för olika metoder harmoniseras sedan 2008 av projektet "Minimum information om en biomedicinsk eller biologisk undersökning" (MIBBI).

MIAPPE, Minimiinformation om ett växtfenotypningsexperiment

MIAPPE är ett öppet, samhällsdrivet projekt för att harmonisera data från växtfenotypningsexperiment. MIAPPE omfattar både en konceptuell checklista med metadata som krävs för att på ett adekvat sätt beskriva ett växtfenotypningsexperiment.

MIQE, Minimiinformation för publicering av kvantitativa realtids-PCR-experiment

Publicerade 2009 dessa riktlinjer för grunden för krav från många tidskrifter vid inlämnande av QPCR-data, tyvärr följs de inte tillräckligt mycket.

MIAME, genuttrycksmikroarray

Ytterligare information: Minimiinformation om ett Proteomics-experiment

Minimiinformation om ett mikroarrayexperiment (MIAME) beskriver den minsta information om ett mikroarrayexperiment som behövs för att möjliggöra tolkningen av resultaten av experimentet entydigt och potentiellt för att reproducera experimentet och syftar till att underlätta spridningen av data från mikroarrayexperiment. Den publicerades av FGED Society 2001 och var den första publicerade minimiinformationsstandarden för experiment med hög genomströmning inom biovetenskap.

MIAME innehåller ett antal tillägg för att täcka specifika biologiska domäner, inklusive MIAME-env, MIAME-nut och MIAME-tox, som täcker miljögenomik, näringsgenomik respektive toxogenomik.

MINI: Minsta information om en neurovetenskaplig undersökning

MINI: Elektrofysiologi

Elektrofysiologi är en teknik som används för att studera de elektriska egenskaperna hos biologiska celler och vävnader. Elektrofysiologi involverar vanligtvis mätningar av spänningsförändringar eller elektriskt strömflöde på en mängd olika skalor från enstaka jonkanalproteiner till hela vävnader. Det här dokumentet är en enda modul, som en del av familjen Minimiinformation om en neurovetenskaplig utredning (MINI) av rapporteringsriktlinjer, framtagna genom samråd med samhället och ständigt tillgängliga för offentliga kommentarer. En MINI-modul representerar den minsta information som bör rapporteras om en datauppsättning för att underlätta beräkningsåtkomst och analys för att tillåta en läsare att tolka och kritiskt utvärdera de processer som utförs och slutsatserna som dragits, och för att stödja deras experimentella bekräftelse. I praktiken består en MINI-modul av en checklista med information som bör tillhandahållas (till exempel om de protokoll som används) när en datamängd beskrivs för publicering. Den fullständiga specifikationen för MINI-modulen finns här.

MIARE, RNAi-experiment

Minimiinformation om ett RNAi-experiment (MIARE) är en datarapporteringsriktlinje som beskriver den minsta information som bör rapporteras om ett RNAi-experiment för att möjliggöra entydig tolkning och reproduktion av resultaten.

MIACA, cellbaserad analys

Framsteg inom genomik och funktionell genomik har möjliggjort storskaliga analyser av gen- och proteinfunktion med hjälp av cellbiologiska analyser med hög genomströmning. Därigenom kan celler i kultur störas in vitro och de inducerade effekterna registreras och analyseras. Störningar kan utlösas på flera sätt, till exempel med molekyler (siRNA, uttryckskonstruktioner, små kemiska föreningar, ligander för receptorer, etc.), genom miljöpåfrestningar (såsom temperaturförskjutning, serumsvält, syrebrist, etc.), eller kombinationer därav. De cellulära svaren på sådana störningar analyseras för att identifiera molekylära händelser i de biologiska processer som behandlas och förstå biologiska principer. Vi föreslår minsta information om en cellulär analys (MIACA) för rapportering av en cellulär analys, och CA-OM, den modulära cellulära analysobjektmodellen, för att underlätta utbyte av data och åtföljande information, och för att jämföra och integrera data som kommer från olika, om än kompletterande tillvägagångssätt, och för att belysa högre ordningsprinciper. Dokument som beskriver MIACA finns tillgängliga och ger ytterligare information samt checklistan över termer som bör rapporteras.

MIAPE, proteomiska experiment

Ytterligare information: Minimiinformation om ett Proteomics-experiment

Minimiinformationen om ett proteomexperiment beskriver information som bör ges tillsammans med ett proteomiskt experiment. Det överordnade dokumentet beskriver de processer och principer som ligger till grund för utvecklingen av en serie domänspecifika dokument som nu täcker alla aspekter av ett MS-baserat proteomik-arbetsflöde.

MIMIx, molekylära interaktioner

Detta dokument har utvecklats och underhållits av HUPO-PSI:s arbetsspår för molekylär interaktion (www.psidev.info) och beskriver minimiinformationen om ett experiment med molekylär interaktion.

MIAPAR, proteinaffinitetsreagenser

Minimiinformationen om ett proteinaffinitetsreagens har utvecklats och underhållits av Molecular Interaction Worktrack för HUPO-PSI (www.psidev.info) i samband med HUPO Antibody Initiative och ett europeiskt konsortium av bindemedelstillverkare och försöker uppmuntra användare att förbättra deras beskrivning av bindningsreagenser, såsom antikroppar, som används i processen för proteinidentifiering.

MIABE, bioaktiva enheter

Minimiinformationen om en bioaktiv enhet har tagits fram av representanter från både stora läkemedel och den akademiska världen som vill förbättra beskrivningen av vanligtvis små molekyler som binder till och potentiellt modulerar aktiviteten hos specifika mål i en levande organism. Detta dokument omfattar läkemedelsliknande molekyler såväl som herbicider, bekämpningsmedel och livsmedelstillsatser. Det underhålls främst genom EMBL-EBI Industry-programmet (www.ebi.ac.uk/industry).

MIGS/MIMS, genom/metagenomsekvenser

Denna specifikation utvecklas av Genomic Standards Consortium

Minsta information om ett flödescytometriexperiment

Minimiinformationen om ett flödescytometriexperiment (MIFlowCyt) är en standard relaterad till flödescytometri som fastställer kriterier för att registrera information om experimentell översikt, prover, instrumentering och dataanalys. Det främjar konsekvent anteckning av kliniska, biologiska och tekniska problem kring ett flödescytometriexperiment .

MIAPA, fylogenetisk analys

Kriterier för minimiinformation om en fylogenetisk analys beskrevs 2006.

MIRAGE, Glycomics

Ytterligare information: Minsta information som krävs om ett glykomiskt experiment (MIRAGE)

MIRAGE-projektet stöds och koordineras av Beilstein-Institut för att fastställa riktlinjer för datahantering och bearbetning inom glykomikforskning [ 1]

MIRIAM, Minimiinformation som krävs i anteckningen om modeller

Den minimala informationen som krävs i annoteringen av modeller ( MIRIAM ) är en uppsättning regler för sammanställning och anteckning av kvantitativa modeller av biologiska system.

MIASE, minsta information om ett simuleringsexperiment

Minimiinformationen om ett simuleringsexperiment ( MIASE ) är ett försök att standardisera beskrivningen av simuleringsexperiment inom området systembiologi.

STRENDA, Standards for Reporting Enzymology Data

Standards for Reporting Enzymology Data ( STRENDA ) är ett initiativ som specifikt fokuserar på utvecklingen av riktlinjer för rapportering (som beskriver metadata) enzymologiska experiment med syfte att förbättra kvaliteten på enzymologiska data som publiceras i den vetenskapliga litteraturen.

externa länkar

• MIBBI (Minimum Information for Biological and Biomedical Investigations) En "one-stop shop" för att utforska utbudet av befintliga projekt, främja samarbetsutveckling och i slutändan främja gradvis integration.
• BioSharing-katalog