Sortase B
| Sortase B- | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identifierare | |||||||||
| EG nr. | 3.4.22.71 | ||||||||
| Databaser | |||||||||
| IntEnz | IntEnz-vy | ||||||||
| BRENDA | BRENDA inträde | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme-vy | ||||||||
| KEGG | KEGG inträde | ||||||||
| MetaCyc | Metabolisk väg | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| PDB- strukturer | RCSB PDB PDBe PDB summa | ||||||||
| |||||||||
Sortaser är membranförankrade enzym som sorterar dessa ytproteiner på bakteriecellytan och förankrar dem till peptidoglykanen . Det finns olika typer av sortaser och var och en katalyserar förankringen av olika proteiner till cellväggarna.
Det är mycket viktigt för bakterier att få järn vid infektion, järn är kanske det viktigaste mikronäringsämnet som krävs för att bakterier ska föröka sig och orsaka sjukdomar. Sortase B, är en polypeptid med 246 aminosyror med förmodat N-terminalt membranankare och ett aktivt cystein i TLXTC-signaturmotivet för sortaser.
Det verkar som om dessa enzymer är dedikerade till att hjälpa bakterierna att förvärva järn genom att förankra järnupptagningsproteiner till cellmembranet. Sortase B känner igen och klyver NPQTN-motivet. Det länkar IsDC till moget sammansatt peptidoglykan. Enzymet katalyserar en cellväggssorteringsreaktion där ett ytprotein med en sorteringssignal innehållande ett NXTN-motiv klyvs.
Detta enzym tillhör peptidasfamiljen C60.
Strukturera
SrtB övergripande struktur är bevarad i olika gram-positiva bakterier . Den övergripande strukturen av SrtB i S. aureus , som visas i figuren, består av en unik åtta-strängad β-fat kärnstruktur och en två helix subdomän vid den N-terminala änden.
SrtB liknar strukturen till SrtA med en rmsd på 1,25Å men SrtB har en mer perifer helix. Den har en N-terminal helixbunt och en α-helix mellan β6 och β7. Den N-terminala förlängningen som finns i SrtB i förhållande till SrtA är mycket signifikant. Det är känt att placera de två ändarna på samma sida av proteinet. Detta tros resultera i en annan orientering av proteinet på cellens yta, vilket potentiellt påverkar substrattillgången.
Katalys
Sortas B-enzymet katalyserar en cellväggssorteringsreaktion med ett ytprotein där ett signal NXTN-motiv klyvs. Som resultat är C-änden av proteinet kovalent bunden till en pentaglycin-korsbrygga genom en amidbindning, och binder således C-änden av protein A till cellväggen.
Den klyver proteinprekursormolekylen vid NPQTN-motivet. Peptidbindningen mellan T och N i NPQTN-sorteringsmotivet klyvs för att bilda en tetraedrisk acylmellanprodukt. Aminogrupperna i pentaglycin-korsbryggorna kopplade till lipid II-peptidoglykanprekursormolekylerna tros fungera som en nukleofil som löser upp acylintermediärer och skapar en amidbindning mellan ytproteinet och lipid II med efterföljande inkorporering av denna intermediär i cellväggshöljet .
IsDC förblir begravd i cellväggen som inte är belägen som IsDA och IsDB förankrad av Sortase A. Hela detta system arbetar tillsammans för att avlägsna järn från hemoglobin .
Biologisk roll
Ytproteiner från grampositiva bakterier spelar en viktig roll i patogenesen av mänskliga infektioner som Clostridium difficile- infektion . Dessa yt-/vidhäftningsproteiner förmedlar den initiala vidhäftningen av bakterier till värdvävnader. Dessa proteiner är kovalent kopplade till peptidoglykanen i bakteriecellväggen. När fler och fler patogener blir resistenta mot antibiotika , kan hämning av sortaser erbjuda en ny strategi mot grampositiva bakterieinfektioner.
SrtB i synnerhet har fått mycket uppmärksamhet och är erkänt som ett lovande mål och radering av dess gen i grampositiva bakterier kommer att leda till allvarliga virulensdefekter. Kristallstrukturer av dessa SrtB-enzymer från olika arter har lösts med ligander/inhibitorer bundna till deras aktiva ställe. Med kunskap om den aktiva platsen kan utvecklingen av bättre terapier mot dessa bakteriearter göras.
externa länkar
- Sortase+B vid US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
