BRENDA

BRENDA (The Comprehensive Enzyme Information System)
Innehåll
Beskrivning	molekylär och biokemisk information om enzymer som har klassificerats av IUBMB
Kontakt
Forskningscenter	Technische Universität Braunschweig, BRICS - Braunschweig Integrated Center of Systems Biology
Primärt citat	PMID 33211880
Utgivningsdatum	2021
Tillgång
Hemsida	http://www.brenda-enzymes.org
Ladda ner URL	form
Webbtjänstens URL	tvål

BRENDA ( The Comprehensive Enzyme Information System ) är ett informationssystem som representerar ett av de mest omfattande enzymförråden . Det är en elektronisk resurs som omfattar molekylär och biokemisk information om enzymer som har klassificerats av IUBMB . Varje klassificerat enzym karakteriseras med avseende på dess katalyserade biokemiska reaktion . Kinetiska egenskaper hos motsvarande reaktanter (det vill säga substrat och produkter ) beskrivs i detalj. BRENDA innehåller enzymspecifika data manuellt extraherade från primär vetenskaplig litteratur och ytterligare data som härrör från metoder för automatisk informationsinhämtning som textutvinning . Den tillhandahåller ett webbaserat användargränssnitt som möjliggör en bekväm och sofistikerad åtkomst till data.

Historia

BRENDA grundades 1987 vid det tidigare tyska forskningscentret för bioteknologi (numera Helmholtz-centret för infektionsforskning ) i Braunschweig och publicerades ursprungligen som en serie böcker. Dess namn var ursprungligen en akronym för BRaunschweig ENzyme DAtabase . Från 1996 till 2007 var BRENDA placerad vid universitetet i Köln . Där utvecklades BRENDA till ett allmänt tillgängligt enzyminformationssystem. 2007 återvände BRENDA till Braunschweig . För närvarande underhålls och vidareutvecklas BRENDA vid BRICS (Braunschweig Integrated Center of Systems Biology) vid TU Braunschweig .

2018 utsågs BRENDA till ELIXIR Core Data Resource med grundläggande betydelse för biologisk och biomedicinsk forskning och långsiktigt bevarande av biologiska data.

Uppdateringar

En större uppdatering av data i BRENDA görs två gånger per år. Förutom uppgraderingen av dess innehåll, är förbättringar av användargränssnittet också inkorporerade i BRENDA-databasen.

Innehåll och funktioner

Databas:

Databasen innehåller mer än 40 datafält med enzymspecifik information om mer än 8300 EG-nummer som är klassificerade enligt IUBMB . De olika datafälten omfattar information om enzymets nomenklatur, reaktion och specificitet, enzymstruktur , isolering och beredning, enzymstabilitet, kinetiska parametrar som Km-värde och omsättningstal , förekomst och lokalisering, mutanter och konstruerade enzymer, tillämpning av enzymer och ligand- relaterade data. För närvarande innehåller BRENDA manuellt kommenterade data från över 165 000 olika vetenskapliga artiklar . Varje enzympost är tydligt kopplad till minst en litteraturreferens, till dess ursprungsorganism och , där tillgängligt, till enzymets proteinsekvens.

En intern utveckling av BRENDA-teamet är BRENDA tissue ontology (BTO), ett omfattande, strukturerat uppslagsverk med kontrollerat ordförråd för termer och namn för vävnader, organ, anatomiska strukturer, växtdelar, cellkulturer, celltyper och cellinjer i organismer från alla taxonomiska grupper.

En viktig del av BRENDA representerar de nästan 260 000 enzymligander, som finns tillgängliga på sina namn, synonymer eller via den kemiska strukturen. Termen "ligand" används i detta sammanhang för alla föreningar med låg molekylvikt som interagerar med enzymer. Dessa inkluderar inte bara metaboliter av primär metabolism, co-substrat eller kofaktorer utan även enzyminhibitorer eller metalljoner. Ursprunget till dessa molekyler sträcker sig från naturligt förekommande antibiotika till syntetiska föreningar som har syntetiserats för utveckling av läkemedel eller bekämpningsmedel. tillhandahålls korsreferenser till externa informationsresurser som sekvens- och 3D- strukturdatabaser, såväl som biomedicinska ontologier .

Tillägg:

Sedan 2006 har uppgifterna i BRENDA kompletterats med information extraherad från den vetenskapliga litteraturen genom en samtidig förekomstbaserad textutvinningsmetod . För detta ändamål introducerades fyra textmining-repositories FRENDA (Full Reference Enzyme DAta), AMENDA (Automatic Mining of Enzyme DAta), DRENDA (Disease-Related Enzyme information DAtabase) och KENDA (Kinetic Enzyme DAta). Dessa textutvinningsresultat härleddes från titlarna och sammanfattningarna av alla artiklar i litteraturdatabasen PubMed .

Datatillgång:

Det finns flera verktyg för att få tillgång till data i BRENDA. Några av dem är listade här.

Flera olika frågeformulär (t.ex. snabb och avancerad sökning)
EC tree webbläsare
Taxonomy tree webbläsare
Ontologier för olika biologiska domäner (t.ex. BRENDA vävnadsontologi , Genontologi )
Tesaurus för ligandnamn _
Sökmotor för kemiska understrukturer för ligandstrukturer
BRENDA vägkartor _

Nedladdningsalternativ:

SOAP - API
SBML -nedladdning
BRENDA nedladdning (textfil eller JSON -Format])

Tillgänglighet

Användningen av BRENDA är kostnadsfri. BRENDA är föremål för villkoren i Creative Commons-licensen (CC BY 4.0).

Andra databaser

BRENDA tillhandahåller länkar till flera andra databaser med olika fokus på enzymet , t.ex. metabolisk funktion eller enzymstruktur . Andra länkar leder till ontologisk information om motsvarande gen för enzymet i fråga. Länkar till litteraturen upprättas med PubMed . BRENDA länkar till ytterligare några databaser och arkiv som:

BRENDA vävnadsontologi
ExPASy
NCBI -databaser (protein, nukleotid, struktur, genom, OMIM , domäner
IUBMB enzymnomenklatur
KEGG
PDB- databas (3D-information)
PROSITE
SCOP
CATH
InterPro
ChEBI
Uniprot

Vidare läsning

Chang A, Schomburg I, Placzek S, Jeske L, Ulbrich M, Xiao M, Sensen CW, Schomburg D (2015). "BRENDA 2015: spännande utvecklingar under sitt 25:e år av existens" . Nucleic Acids Res . 43 (Databasproblem): D439–D446. doi : 10.1093/nar/gku1068 . PMC 4383907 . PMID 25378310 .
Schomburg I, Schomburg D (2016). "BRENDA: Från en databas till ett kompetenscentrum". Systembiologie.de . 10 :18–21.
Chang A, Scheer M, Grote A, Schomburg I, Schomburg D (2009). "BRENDA, AMENDA och FRENDA enzyminformationssystemet: nytt innehåll och verktyg under 2009" . Nucleic Acids Res . 37 (Databasproblem): D588–92. doi : 10.1093/nar/gkn820 . PMC 2686525 . PMID 18984617 .
Schomburg D, Schomburg I, Chang A (2006). Springer Handbook of Enzymes (2:a upplagan). Heidelberg: Springer.
Pharkya P, Nikolaev EV, Maranas CD (2003). "Recension av BRENDA-databasen". Metab Eng . 5 (2): 71–73. doi : 10.1016/S1096-7176(03)00008-9 . PMID 12850129 .
Schomburg I, Chang A, Schomburg D (2002). "BRENDA, enzymdata och metabolisk information" . Nucleic Acids Res . 30 (1): 47–49. doi : 10.1093/nar/30.1.47 . PMC 99121 . PMID 11752250 .
Schomburg I, Hofmann O, Bänsch C, Chang A, Schomburg D (2000). "Enzymdata och metabolisk information: BRENDA, en resurs för forskning inom biologi, biokemi och medicin". Gene Funct Dis . 3 (4): 109–118. doi : 10.1002/1438-826X(200010)1:3/4<109::AID-GNFD109>3.0.CO;2-O .

externa länkar