Nikotinat-nukleotid-dimetylbensimidazol-fosforibosyltransferas
| nikotinat-nukleotid-dimetylbensimidazol-fosforibosyltransferas- | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identifierare | |||||||||
| EG nr. | 2.4.2.21 | ||||||||
| CAS-nr. | 37277-76-2 | ||||||||
| Databaser | |||||||||
| IntEnz | IntEnz-vy | ||||||||
| BRENDA | BRENDA inträde | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme-vy | ||||||||
| KEGG | KEGG inträde | ||||||||
| MetaCyc | Metabolisk väg | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| PDB- strukturer | RCSB PDB PDBe PDB summa | ||||||||
| Genontologi | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
| Fosforibosyltransferas | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 kristallstruktur av cobt från thermus thermophilus hb8
| |||||||||
| Identifierare | |||||||||
| Symbol | DBI_PRT | ||||||||
| Pfam | PF02277 | ||||||||
| InterPro | IPR003200 | ||||||||
| SCOP2 | 1d0s / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd02439 | ||||||||
| |||||||||
Inom enzymologi är ett nikotinat-nukleotid-dimetylbensimidazol-fosforibosyltransferas ( EC 2.4.2.21 ) ett enzym som katalyserar den kemiska reaktionen
- beta-nikotinat D-ribonukleotid + 5,6-dimetylbensimidazol nikotinat + alfa-ribazol 5'-fosfat
Således är de två substraten för detta enzym beta-nikotinat D-ribonukleotid och 5,6-dimetylbensimidazol , medan dess två produkter är nikotinat och alfa-ribazol 5'-fosfat.
Detta enzym tillhör familjen glykosyltransferaser , speciellt pentosyltransferaserna. Det systematiska namnet på denna enzymklass är nikotinat-nukleotid:5,6-dimetylbensimidazolfosfo-D-ribosyltransferas . Andra namn i vanlig användning inkluderar CobT , nikotinatmononukleotid-dimetylbensimidazolfosforibosyltransferas , nikotinatribonukleotid:bensimidazol (adenin) fosforibosyltransferas, nikotinatnukleotid :dimetylbensimidferazole-fosfosfosfosfosyl- och nikotinat-nukleotid:dimetylbensimidas-Dazolid-fosfosylfosfosyl-N, nikotinat-nukleotid:dimetylbensimid-ferazolid-fosfosylfosfosyl och N: 5,6-dimetylbensimidazolfosforibosyltransferas . Detta enzym är en del av den biosyntetiska vägen till kobalamin (vitamin B 12 ) i bakterier .
Fungera
Detta enzym spelar en central roll i syntesen av alfa-ribazol-5'-fosfat, en mellanprodukt för den lägre liganden av kobalamin . Det är ett av enzymerna i den anaeroba vägen för kobalaminbiosyntes och ett av de fyra proteinerna (CobU , CobT, CobC och CobS) som är involverade i syntesen av den nedre liganden och sammansättningen av nukleotidslingan .
Biosyntes av kobalamin
Vitamin B 12 ( kobalamin ) används som en kofaktor i ett antal enzymkatalyserade reaktioner i bakterier , arkéer och eukaryoter . Den biosyntetiska vägen till adenosylkobalamin från dess prekursor med fem kolatomer, 5-aminolevulinsyra, kan delas in i tre sektioner: (1) biosyntesen av uroporfyrinogen III från 5-aminolevulinsyra; (2) omvandlingen av uroporfyrinogen III till den ringsammandragna, deacylerade intermediära prekorrin 6 eller kobolt-prekorrin 6; och (3) omvandlingen av denna mellanprodukt för att bilda adenosylkobalamin . Kobalamin syntetiseras av bakterier och arkéer via två alternativa vägar som skiljer sig i första hand i stegen i avsnitt 2 som leder till sammandragning av makrocykeln och excision av den extruderade kolmolekylen (och dess fästa metylgrupp ). En väg (exemplifierad av Pseudomonas denitrificans ) införlivar molekylärt syre i makrocykeln som en förutsättning för ringkontraktion, och har följaktligen kallats den aeroba vägen. Den alternativa, anaeroba, vägen (exemplifierad av Salmonella typhimurium ) drar fördel av en kelaterad koboltjon , i frånvaro av syre, för att sätta scenen för ringkontraktion.
Strukturstudier
I slutet av 2007 har 28 strukturer lösts för denna klass av enzymer, med PDB - accessionskoder 1D0S , 1D0V , 1JH8 , 1JHA , 1JHM , 1JHP , 1JHQ , 1JHR , 1JHU , 1JHX , 1JHX , 1JHX , 1JHX , 1 E , 1L4F , 1L4G , 1L4H , 1L4K , 1L4L , 1L4M , 1L4N , 1L5F , 1L5K , 1L5L , 1L5M , 1L5N , 1L5O och 1WX1 .
Vidare läsning
- Friedmann HC (1965). "Delvis rening och egenskaper hos ett enstaka förskjutningstrans-N-glykosidas" . J. Biol. Chem . 240 : 413–8. doi : 10.1016/S0021-9258(18)97664-7 . PMID 14253445 .
- Friedmann HC, Fyfe JA (1969). "Pseudovitamin B 12 biosyntes. Enzymatisk bildning av en ny adenylsyra, 7-alfa-D-ribofuranosyladenin 5'-fosfat" . J. Biol. Chem . 244 (7): 1667–71. doi : 10.1016/S0021-9258(18)91736-9 . PMID 5780835 .
- Fyfe JA, Friedmann HC (1969). "Vitamin B 12 biosyntes. Enzymstudier på bildandet av alfa-glykosidnukleotidprekursorn" . J. Biol. Chem . 244 (7): 1659–66. doi : 10.1016/S0021-9258(18)91735-7 . PMID 4238408 .
- Cauchois L, Thibaut D, Debussche L, Crouzet J (1991). "Genetisk analys, nukleotidsekvens och produkter av två Pseudomonas denitrificans cob-gener som kodar för nikotinatnukleotid: dimetylbensimidazolfosforibosyltransferas och kobalamin (5'-fosfat)syntas" . J. Bacteriol . 173 (19): 6066–73. doi : 10.1128/jb.173.19.6066-6073.1991 . PMC 208353 . PMID 1917841 .
- Cheong CG, Escalante-Semerena JC, Rayment I (2001). "Strukturell undersökning av biosyntesen av alternativa lägre ligander för kobamider med nikotinatmononukleotid: 5,6-dimetylbensimidazolfosforibosyltransferas från Salmonella enterica" . J. Biol. Chem . 276 (40): 37612–20. doi : 10.1074/jbc.M105390200 . PMID 11441022 .
- Cheong CG, Escalante-Semerena JC, Rayment I (2002). "Fångning av ett labilt substrat genom utdrivning av vattenmolekyler från det aktiva stället för nikotinatmononukleotid:5,6-dimetylbensimidazolfosforibosyltransferas (CobT) från Salmonella enterica" . J. Biol. Chem . 277 (43): 41120–7. doi : 10.1074/jbc.M203535200 . PMID 12101181 .
