FAM208b

TASOR2
Identifiers
, C10orf18, bA318E3.2, familj med sekvenslikhet 208 medlem B, transkriptionsaktiveringsdämpare familjemedlem 2, FAM208B
Externa ID :n
Ortologer
Arter Mänsklig Mus
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Plats (UCSC)
PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Protein FAM208B (familj med sekvenslikhet 208 medlem b) är ett protein som hos människor kodas av FAM208B- genen . Genen är också känd som "kromosom 10 öppen läsram 18" (c10orf18). FAM208B uttrycks i hela kroppen men dess funktion har inte fastställts. FAM208b har observerats vara differentiellt reglerad i olika cancerformer och under hela utvecklingen. Även om den exakta rollen för proteinet ännu inte har fastställts, visar den betydande närvaron av proteinet inom människor och i hela det fylogenetiska trädet en central betydelse för genen i normal funktion.

Gen

Genen är lokaliserad på kromosom 10 i position 10p15.1. FAM208b är uppströms ankryn repeat och SOCS box innehållande 13 (ASB13), och nedströms om GDP dissociationsinhibitor 2 (GDI2) och nukleär receptor bindande faktor 2 pseudogen 5 (NRBF2P5). ASBI13 och GDI2 finns båda på den motsatta strängen av FAM208b, medan NRBF2P5 är på samma sträng.

Genområdet för FAM208b. GDI2 är uppströms på samma sträng, medan NRBF2P5 är uppströms på den omvända strängen. ASB13 är direkt nedströms på den omvända strängen.

Homologi och evolution

Paralog

FAM208b har en enda paralog , FAM208a. FAM208a är också känd som "retinoblastom-associerat protein 140", "Transgene Activation Suppression Protein" (TASOR), "CTCL Tumor Antigen" och "kromosom 3 öppen läsram 63" (c3orf63).

Ortologer

FAM208b bevaras endast hos ryggradsdjur. Ortologer kan hittas hos däggdjur, reptiler och amfibier. Avlägsna homologer, inklusive ortologer av paralogen, FAM208a, observeras hos benfiskar och hajar.

Homologa domäner

FAM208b har mycket konserverade N- och C-terminaler och en mindre konserverad central region. Tre domäner med okänd funktion (DUF) finns inom proteinet, inklusive en DUF 3699 och två DUF 3715. Alla tre DUFs är konserverade mellan arter. DUF 3715 finns i paralogen av FAM208b.

Justering av FAM208b och dess paralog FAM208a, markering av identifierade domäner med okänd funktion: DUF3699 i blått, DUF3715 av FAM208b i gult, DUF3715 av FAM208a i rött och deras överlappning i orange.

Evolution

Förändringen i aminosyror över tiden av FAM208b indikerar att det är en gen som utvecklas snabbt. Närvaron av FAM208a men inte FAM208b i benfiskar och hajar men inte FAM208b, indikerar att paralogerna splittrades för cirka 325 miljoner år sedan.

Relativ divergens av FAM208b jämfört med fibrinogen, en snabbt utvecklande gen, och Cytokrom C, en långsamt utvecklande gen. FAM208b utvecklas mycket snabbt. Detta representeras som fler förändringar i aminosyrasekvensen över tiden.
Fylogenetiskt träd som visar förutspådda evolutionära relationer baserat på FAM208b-sekvenslikhet från utvalda däggdjur.

Transkription

Promotor

Två promotorregioner för FAM208b kan observeras. Den tidigare promotorregionen regleras av många transkriptionsfaktorer . Promotorn innehåller bindningsställen för Ikaros2 , Nuclear Factor Y och minst tre bindningsställen för Pleomorphic adenom gen 1.

Den andra promotorregionen finns inom den första intronen och kodar för ett något kortare mRNA. Denna promotor innehåller flera bindningsställen för FOXP1- transkriptionsfaktorn.

mRNA

mRNA för den vanligaste peptiden (variant x2) är 8699 nukleotider lång och inkluderar 22 exoner.

Bindande proteiner

5 ' UTR är bunden av de RNA-bindande proteinerna RBMX1 , FUS , SFRS1 , ACO1 och NONO . 3 ' UTR är bunden av EIF4B , A2BP1 och ZFP36 . En enda icke-kodande variant av FAM208b transkriberas. Denna sekvens är delvis komplementär till den humana genen PCNX1 .

Avskriftsvarianter

Totalt 20 transkriptvarianter av FAM208b, inklusive ett icke-kodande RNA, har observerats. Medan multipla splitsningsvarianter är närvarande, finns 18 exoner , som består av 7089 baspar som kodar för 2331 aminosyror , närvarande i alla kodande varianter. Detta utgör ungefär 82,1 % av den vanligaste transkriptvarianten (X2) och 95,6 % av dess polypeptidprodukt. Den vanligaste överhoppade exonen är Exon 12 (position ch10: 5735304-5735546). Flera varianter har alternativa transkriptionsstartställen, vilket indikerar en intern promotorsekvens.

Lista över alla observerade FAM208b-transkriptvarianter. Exoner är tjocka lådor, introner är tunna linjer. NCBI-accessionsnumret för varje variant anges till höger.

Protein

Biokemi

Den primära isoformen av FAM208b består av 2430 aminosyror. Den totala molekylvikten är 268,86 kD. FAM208b har en isoelektrisk punkt på 5,72. FAM208b har ett instabilitetsindex på 53,64, vilket gör det till ett relativt instabilt protein i ofosforylerad form.

Primär struktur

FAM208b har en unik aminosyrasammansättning. En andel serinrester över genomsnittet observerades (11,1%). Detta indikerar en potentiell roll i intracellulär signalering.

Jämförelse av aminosyrasammansättningen av FAM208b och den totala fördelningen av aminosyror i alla proteiner. FAM208b har en över genomsnittet sammansättning av serinrester.

Sekundär struktur

FAM208b förutspås ha flera alfa-heliska domäner. Det förutspås att 25 % av proteinet bildar alfa-helixar, 15 % bildar beta-strängar och 60 % är slumpmässiga spiraler. De olika DUF-domänerna förutsägs ha variabel struktur. DUF3699 består av två helixar och fyra beta-strängar. N-terminalen DUF3715 verkar bilda en sträcka av slumpmässig spole, medan C-terminalen DUF3715 har två helixar och fyra beta-strängar.

Förutspådd struktur för FAM208bs DUF3699-domän.
Förutspådd struktur för FAM208bs första DUF3715-domän. Det verkar vara helt oordnat.
Förutspådd struktur för FAM208bs andra DUF3715-domän.

Tertiär struktur

En tertiär struktur har ännu inte bekräftats med röntgenkristallografi . Förutsägelser av tertiär struktur indikerar ett modulärt protein, sammansatt av tre moduler sammankopplade med slumpmässig spole.

3D-strukturförutsägelse av FAM208b.

Post-translationella ändringar

Fosforylering

FAM208b har 13 experimentellt bekräftade fosforyleringsställen på serinrester . Det höga serininnehållet i FAM208b tyder på en roll i intracellulär signalering.

SUMOylering

FAM208b har potential för SUMOylering SUMOylering har observerats spela en roll i kärnkraftstransporter , vilket skulle underlätta FAM208bs lokaliseringsförutsägelse.

Glykosylering

FAM208b förutspås vara ett intracellulärt protein, vilket indikerar att det inte är glykosylerat .

Subcellulär plats

FAM208b förutspås vara lokaliserad till cytosolen eller kärnan . Peptidsekvensen saknar en signalsekvens antingen vid N-terminalen eller internt. Inga transmembrandomäner har observerats eller förutspåtts, vilket indikerar att FAM208b inte utsöndras eller finns i cellmembranet och är mycket sannolikt intracellulärt. En nukleär lokaliseringssignal observeras vid aminosyrorna 393-403. NLS är mycket bevarat i däggdjur, fåglar och reptiler.

Multipelsekvensanpassning mellan olika däggdjursgrupper av den nukleära lokaliseringssignalen för FAM208b, vilket indikerar att proteinet sannolikt transporteras till cellkärnan.

Klinisk signifikans

Utveckling

FAM208b-uttryck har observerats minska under utvecklingens gång . Toppexpression observeras i blastocysten . En kraftig nedgång i uttrycket observeras i fosterstadiet , varefter uttrycket bibehålls på konstanta nivåer genom vuxen ålder .

Patologi

FAM208b har observerats vara korrelerad i en mängd olika cancerformer . Lokuset för FAM208b (10p15.1) identifierades som ett aberrationsställe närvarande i translokationspositivt follikulärt lymfom men inte Nodal Marginal Zone Lymphoma . FAM208b har också identifierats som uppreglerad signifikant och framträdande i non-Hodgkin-lymfomceller . FAM208b har identifierats som en navgen för kolorektal cancer i steg IV . En fusion av FAM208b och PLEKHB1 har validerats som kandidat för fusion av kromosom 10 och 11 vid donatorcellsleukemi . FAM208b har också separat observerats vara differentiellt uttryckt i en mängd olika cancerformer. En minskning av transkriptionen av FAM208b har observerats vid binjurecancer , blåscancer , bröstcancer , mag-tarmcancer , gliacancer , njurcancer , lymfcancer , hudcancer , muskelcancer och livmodercancer . En ökning av transkriptionen av FAM208b har observerats vid livmoderhalscancer , leukemi , levercancer , lungcancer och prostatacancer .

FAM208b har också visat sig uttryckas vid högre nivåer vid akut makuladegeneration .

FAM208b har observerats vara nedreglerad i bronkiala epitelceller infekterade av respiratoriskt syncytialvirus och har postulerats som en biosignatur för infektionen .

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000108021 - Ensembl , maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000033799 - Ensembl , maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Referens:" . National Center for Biotechnology Information, US National Library of Medicine .
  4. ^ "Mouse PubMed Referens:" . National Center for Biotechnology Information, US National Library of Medicine .
  5. ^ a b c d "FAM208b" . NCBI-gen . NCBI . Hämtad 27 april 2018 .
  6. ^ "Alias ​​för FAM208a-gen" . FAM208a . GeneCards . Hämtad 27 april 2018 .
  7. ^ "Grundläggande verktyg för lokal anpassningssökning" . BLAST . NCBI . Hämtad 28 april 2018 .
  8. ^ "Protein med okänd funktion DUF3715" . Proteinsekvensanalys och klassificering . InterPro . Hämtad 1 maj 2018 .
  9. ^ "Anteckning och analys" . ElDorado . Genomatix . Hämtad 27 april 2018 .
  10. ^   Oshikawa M, Tsutsui C, Ikegami T, Fuchida Y, Matsubara M, Toyama S, Usami R, Ohtoko K, Kato S (augusti 2011). "Fullängdstranskriptomanalys av humana retina-härledda cellinjer ARPE-19 och Y79 med användning av vektorkapslingsmetoden" . Undersökande oftalmologi & visuell vetenskap . 52 (9): 6662–70. doi : 10.1167/iovs.11-7479 . PMID 21697133 .
  11. ^    Savage SA, Mirabello L, Wang Z, Gastier-Foster JM, Gorlick R, Khanna C, et al. (Juli 2013). "Genomomfattande associationsstudie identifierar två mottaglighetsställen för osteosarkom" . Naturgenetik . 45 (7): 799–803. doi : 10.1038/ng.2645 . PMC 3910497 . PMID 23727862 .
  12. ^    Sahni N, Yi S, Taipale M, Fuxman Bass JI, Coulombe-Huntington J, Yang F, et al. (april 2015). "Utbredda makromolekylära interaktionsstörningar i mänskliga genetiska störningar" . Cell . 161 (3): 647–660. doi : 10.1016/j.cell.2015.04.013 . PMC 4441215 . PMID 25910212 .
  13. ^    Yang X, Coulombe-Huntington J, Kang S, Sheynkman GM, Hao T, Richardson A, et al. (februari 2016). "Vid utvidgning av proteininteraktionsförmåga genom alternativ skarvning" . Cell . 164 (4): 805–17. doi : 10.1016/j.cell.2016.01.029 . PMC 4882190 . PMID 26871637 .
  14. ^    Zhong Q, Pevzner SJ, Hao T, Wang Y, Mosca R, Menche J, et al. (april 2016). "Ett inter-species protein-protein interaktionsnätverk över stort evolutionärt avstånd" . Molekylär systembiologi . 12 (4): 865. doi : 10.15252/msb.20156484 . PMC 4848758 . PMID 27107014 .
  15. ^ "Databasen över RNA-bindande proteinspecificiteter" . RBPDB . University of Toronto . Hämtad 1 maj 2018 .
  16. ^ Stothard, Paul. "Proteinmolekylvikt" . Bioinformatik . Scilico . Hämtad 1 maj 2018 .
  17. ^    Kozlowski, Lukasz P. (2016). "Isoelektrisk punkträknare" . Biologi direkt . 11 (1): 55. doi : 10.1186/s13062-016-0159-9 . PMC 5075173 . PMID 27769290 .
  18. ^ "ProtParam" . Expasy . Schweiziska institutet för bioinformatik . Hämtad 1 maj 2018 .
  19. ^   Yaffe MB, Smerdon SJ (mars 2001). "FosfoSerin/treoninbindande domäner: du kan inte pSERious?" . Struktur . 9 (3): R33-8. doi : 10.1016/s0969-2126(01)00580-9 . PMID 11286893 .
  20. ^ "GOR4 sekundär strukturförutsägelse" . PRABI . Rhône-Alpes Bioinformatics Center . Hämtad 1 maj 2018 .
  21. ^   Bian Y, Song C, Cheng K, Dong M, Wang F, Huang J, Sun D, ​​Wang L, Ye M, Zou H (januari 2014). "En enzymassisterad RP-RPLC-metod för djupgående analys av fosfoproteom från mänsklig lever". Journal of Proteomics . 96 : 253–62. doi : 10.1016/j.jprot.2013.11.014 . PMID 24275569 .
  22. ^    Dephoure N, Zhou C, Villén J, Beausoleil SA, Bakalarski CE, Elledge SJ, Gygi SP (augusti 2008). "En kvantitativ atlas över mitotisk fosforylering" . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 105 (31): 10762–7. Bibcode : 2008PNAS..10510762D . doi : 10.1073/pnas.0805139105 . PMC 2504835 . PMID 18669648 .
  23. ^   Zhou H, Di Palma S, Preisinger C, Peng M, Polat AN, Heck AJ, Mohammed S (januari 2013). "Mot en omfattande karakterisering av ett fosfoproteom för mänsklig cancercell". Journal of Proteome Research . 12 (1): 260–71. doi : 10.1021/pr300630k . PMID 23186163 .
  24. ^    Olsen JV, Vermeulen M, Santamaria A, Kumar C, Miller ML, Jensen LJ, Gnad F, Cox J, Jensen TS, Nigg EA, Brunak S, Mann M (januari 2010). "Kvantitativ fosfoproteomik avslöjar utbredd full fosforyleringsplatsbeläggning under mitos". Vetenskapssignalering . 3 (104): ra3. doi : 10.1126/scisignal.2000475 . PMID 20068231 . S2CID 24775963 .
  25. ^ "SUMOplot™ analysprogram" . SUMOplot . ABGENT . Hämtad 1 maj 2018 .
  26. ^ "SignalP" . DTU Bioinformatik . Institutionen för bio- och hälsoinformatik . Hämtad 27 april 2018 .
  27. ^ "TMHMM" . DTU Bioinformatik . Institutionen för bio- och hälsoinformatik . Hämtad 27 april 2018 .
  28. ^    Kosugi S, Hasebe M, Tomita M, Yanagawa H (juni 2009). "Systematisk identifiering av cellcykelberoende jästnukleocytoplasmatiska skyttelproteiner genom förutsägelse av sammansatta motiv" . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 106 (25): 10171–6. Bibcode : 2009PNAS..10610171K . doi : 10.1073/pnas.0900604106 . PMC 2695404 . PMID 19520826 .
  29. ^ "EST-profil - Hs.610717" . www.ncbi.nlm.nih.gov . NCBI . Hämtad 6 maj 2018 .
  30. ^    Krijgsman O, Gonzalez P, Ponz OB, Roemer MG, Slot S, Broeks A, Braaf L, Kerkhoven RM, Bot F, van Groningen K, Beijert M, Ylstra B, de Jong D (december 2013). "Dissekera gråzonen mellan follikulärt lymfom och marginalzonens lymfom med hjälp av morfologiska och genetiska egenskaper" . Hematologica . 98 (12): 1921–9. doi : 10.3324/haematol.2013.085118 . PMC 3856968 . PMID 23850804 .
  31. ^    Schrader A, Meyer K, von Bonin F, Vockerodt M, Walther N, Hand E, Ulrich A, Matulewicz K, Lenze D, Hummel M, Kieser A, Engelke M, Trümper L, Kube D (december 2012). "Globala genuttrycksförändringar av in vitro-stimulerade humana transformerade germinala B-celler som surrogat för onkogen vägaktivering i individuella aggressiva B-cellslymfom. " Cellkommunikation och signalering . 10 (1): 43. doi : 10.1186/1478-811X-10-43 . PMC 3566944 . PMID 23253402 .
  32. ^    Asghari M, Abazari MF, Bokharaei H, Aleaagha MN, Poortahmasebi V, Askari H, Torabinejad S, Ardalan A, Negaresh N, Ataei A, Pazooki P, Poorebrahim M (mars 2018). "Nyckelgener och regulatoriska nätverk involverade i initiering, progression och invasion av kolorektal cancer" . Future Science OA . 4 (3): FSO278. doi : 10.4155/fsoa-2017-0108 . PMC 5859335 . PMID 29568567 .
  33. ^    Taniguchi R, Muramatsu H, Okuno Y, Suzuki K, Obu S, Nakatochi M, Shimamura T, Takahashi Y, Horikoshi Y, Watanabe K, Kojima S (februari 2018). "Omfattande genetisk analys av donatorcellshärledd leukemi med KMT2A omarrangemang". Pediatrisk blod & cancer . 65 (2): e26823. doi : 10.1002/pbc.26823 . PMID 28921816 . S2CID 24156623 .
  34. ^    Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, Block D, Zhang J, Soden R, Hayakawa M, Kreiman G, Cooke MP, Walker JR, Hogenesch JB (april 2004). "En genatlas av transkriptomer som kodar för mus och mänskliga proteiner" . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 101 (16): 6062–7. Bibcode : 2004PNAS..101.6062S . doi : 10.1073/pnas.0400782101 . PMC 395923 . PMID 15075390 .
  35. ^    Newman AM, Gallo NB, Hancox LS, Miller NJ, Radeke CM, Maloney MA, Cooper JB, Hageman GS, Anderson DH, Johnson LV, Radeke MJ (februari 2012). "Systemnivåanalys av åldersrelaterad makuladegeneration avslöjar globala biomarkörer och fenotypspecifika funktionella nätverk" . Genommedicin . 4 (2): 16. doi : 10,1186/gm315 . PMC 3372225 . PMID 22364233 .
  36. ^    Abu-Asab MS, Salazar J, Tuo J, Chan CC (2013). "Systembiologisk profilering av AMD på grundval av genuttryck" . Journal of Ophthalmology . 2013 : 453934. doi : 10.1155/2013/453934 . PMC 3851728 . PMID 24349763 .
  37. ^    Gardinassi LG (2016). "En korsstudie biomarkörsignatur av mänskliga bronkiala epitelceller infekterade med respiratoriskt syncytialvirus" . Framsteg inom virologi . 2016 : 3605302. doi : 10.1155/2016/3605302 . PMC 4870338 . PMID 27274726 .
Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=FAM208b&oldid=1116597679 "