EIF6

EIF6-
identifierare
	, CAB, EIF3A, ITGB4BP, b(2)gcn, eIF-6, p27(BBP), p27BBP, eukaryotisk translationsinitieringsfaktor 6
Externa ID :n
Genplacering ( Human ) Chr. Band Start Slutet
Genplacering ( Mus ) Chr. Band Start Slutet
RNA uttrycksmönster Bgee Mänsklig Mus (ortolog) BioGPS
Genontologi Molekylär funktion Cellkomponent Biologisk process Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer Arter Mänsklig Mus Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (protein) Plats (UCSC) PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Eukaryotisk translationsinitieringsfaktor 6 ( EIF6 ), även känd som Integrin beta 4-bindande protein ( ITGB4BP ), är en human gen .

Hemidesmosomer är strukturer som länkar basala lamina till det mellanliggande filamentcytoskelettet . En viktig funktionell komponent i hemidesmosomer är integrin beta-4-subenheten ( ITGB4 ), ett protein som innehåller två fibronektin typ III-domäner. Proteinet som kodas av denna gen binder till fibronektin typ III-domänerna i ITGB4 och kan hjälpa till att länka ITGB4 till det mellanliggande filamentcytoskelettet. Det kodade proteinet, som är olösligt och finns både i kärnan och i cytoplasman , kan fungera som en translationsinitieringsfaktor och katalyserar associationen av 40S och 60S ribosomala subenheter tillsammans med eIF5 bundet till GTP. Flera transkriptvarianter som kodar för flera olika isoformer har hittats för denna gen.

EIF6 spelar viktiga roller i eukaryotisk 80S-ribosombildning, celltillväxt och genuttryck. 80S ribosomen, som kan separeras i 40S och 60S subenheter. EIF6 hjälper till att skydda mogen 60s subenhet och sedan bör EIF6 disassociera med 60s subenhet så att den kan binda till 40s subenhet för att bilda ribosom. Att hålla balansen mellan EIF6 är väsentligt för kroppen: få EIF6 hjälper till med syntesen av normala ribosomer, medan stora mängder EIF6-hämmade 60-talssubenheter binder till 40-talssubenheter.

Fungera

EIF6 finns både i nukleolus och cytoplasma. I den eukaryota nukleolen separeras ett 90S preribosomalt komplex från ett 60S preribosomalt komplex och ett 40S preribosomalt komplex, vilka är involverade i syntesen av mogen ribosom. EIF6 är oumbärlig i 60S subenhets biogenes och deletion av EIF6 har dödlig effekt. Den partiella deletionen av eIF6 resulterar i en minskning av den fria 60S ribosomala subenheten, vilket innebär att det slår 40S/60S subenhetsförhållandet ur balans och begränsar hastigheten på proteinsyntesen. 60S pre-ribosomalt komplex associerat med eIF6 skyttel från nukleolus till cytoplasma och sedan eIF6 disassocierat med pre-60S så att 60S subenhet kan binda till 40S subenhet och fortsätter till efterföljande framsteg. EIF6 kan fungera som en hastighetsbegränsande translationsinitieringsfaktor, och dess uttrycksnivåer påverkar translationshastigheten. Få av eIF6 kommer små accelerera proteintranslation, medan stora av eIF6 kommer att blockera translationsprocessen genom att hämma produktionen av ribosom. Aktiviteten av eIF6 orsakar också glykolys och fettsyrasyntes genom mRNAs translationskontroll.

Strukturera

En röntgenkristallografi -baserad modell av eIF6-struktur från S. cerevisiae

eIF6 är 245 aminosyror lång.

Uttryck

EIF6 har olika uttrycksnivåer i olika vävnader och celler. EIF6 har hög uttrycksnivå i stamceller och cykliska celler, medan den inte har det i postmitotiska celler; hög nivå i hjärna och epitel, medan låg nivå i muskler.

Interaktioner

EIF6 har visat sig interagera med FHL2 , ITGB4 och GNB2L1 .

EIF6 spelar viktiga roller i 80S-ribosombildning, celltillväxt och genuttryck.

Evolution

eIF6 finns i både jäst och människor, och dess aminosyrasekvens är 77 % identisk mellan de två. Inga duplikationer av eIF6, eller ens konserverade motiv inom proteinet är kända.

Historia

eIF6-aktivitet beskrevs först av arbete i början av 1980-talet från Linda L. Spremullis och Umadas Maitras laboratorier. Genen klonades så småningom av Maitras och Gene Carlo Marchisios grupper, som båda publicerade sitt arbete 1997.

Se även

• Eukaryot initieringsfaktor
• Eukaryot stor ribosomal subenhet (60S)

Vidare läsning

•   Biffo S, Sanvito F, Costa S, Preve L, Pignatelli R, Spinardi L, Marchisio PC (november 1997). "Isolering av ett nytt beta4-integrinbindande protein (p27(BBP)) starkt uttryckt i epitelceller" . Journal of Biological Chemistry . 272 (48): 30314–21. doi : 10.1074/jbc.272.48.30314 . PMID 9374518 .
•    Si K, Chaudhuri J, Chevesich J, Maitra U (december 1997). "Molekylär kloning och funktionellt uttryck av ett humant cDNA som kodar för translationsinitieringsfaktor 6" . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 94 (26): 14285–90. Bibcode : 1997PNAS...9414285S . doi : 10.1073/pnas.94.26.14285 . PMC 24943 . PMID 9405604 .
•    Mao M, Fu G, Wu JS, Zhang QH, Zhou J, Kan LX, Huang QH, He KL, Gu BW, Han ZG, Shen Y, Gu J, Yu YP, Xu SH, Wang YX, Chen SJ, Chen Z (juli 1998). "Identifiering av gener uttryckta i humana CD34(+) hematopoetiska stam-/faderceller genom uttryckta sekvenstaggar och effektiv cDNA-kloning i full längd" . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 95 (14): 8175–80. Bibcode : 1998PNAS...95.8175M . doi : 10.1073/pnas.95.14.8175 . PMC 20949 . PMID 9653160 .
•   Sanvito F, Arrigo G, Zuffardi O, Agnelli M, Marchisio PC, Biffo S (augusti 1998). "Lokalisering av p27 beta4-bindande proteingen (ITGB4BP) till human kromosomregion 20q11.2". Genomik . 52 (1): 111–2. doi : 10.1006/geno.1998.5403 . PMID 9740680 .
•    Sanvito F, Piatti S, Villa A, Bossi M, Lucchini G, Marchisio PC, Biffo S (mars 1999). "Beta4-integrininteraktorn p27(BBP/eIF6) är ett essentiellt nukleärt matrisprotein involverat i 60S ribosomala subenhetssammansättning" . Journal of Cell Biology . 144 (5): 823–37. doi : 10.1083/jcb.144.5.823 . PMC 2148184 . PMID 10085284 .
•   Wixler V, Geerts D, Laplantine E, Westhoff D, Smyth N, Aumailley M, Sonnenberg A, Paulsson M (oktober 2000). "Det enda LIM-proteinet DRAL/FHL2 binder till den cytoplasmatiska domänen av flera alfa- och beta-integrinkedjor och rekryteras till adhesionskomplex" . Journal of Biological Chemistry . 275 (43): 33669–78. doi : 10.1074/jbc.M002519200 . PMID 10906324 .
•    Zhang QH, Ye M, Wu XY, Ren SX, Zhao M, Zhao CJ, Fu G, Shen Y, Fan HY, Lu G, Zhong M, Xu XR, Han ZG, Zhang JW, Tao J, Huang QH, Zhou J Hu GX, Gu J, Chen SJ, Chen Z (oktober 2000). "Kloning och funktionell analys av cDNA med öppna läsramar för 300 tidigare odefinierade gener uttryckta i CD34+ hematopoetiska stam-/faderceller" . Genomforskning . 10 (10): 1546–60. doi : 10.1101/gr.140200 . PMC 310934 . PMID 11042152 .
•   Donadini A, Giodini A, Sanvito F, Marchisio PC, Biffo S (mars 2001). "Den humana ITGB4BP-genen uttrycks konstitutivt in vitro, men mycket modulerad in vivo". Gene . 266 (1–2): 35–43. doi : 10.1016/S0378-1119(01)00370-5 . PMID 11290417 .
•    Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, Leung AK, Lam YW, Steen H, Mann M, Lamond AI (januari 2002). "Riktad proteomisk analys av den mänskliga nukleolen" . Aktuell biologi . 12 (1): 1–11. doi : 10.1016/S0960-9822(01)00650-9 . PMID 11790298 . S2CID 14132033 .
•    Basu U, Si K, Deng H, Maitra U (september 2003). "Fosforylering av eukaryot translationsinitieringsfaktor 6 för däggdjur och dess Saccharomyces cerevisiae-homolog Tif6p: bevis på att fosforylering av Tif6p reglerar dess nukleocytoplasmatiska distribution och krävs för jästcelltillväxt" . Molekylär och cellulär biologi . 23 (17): 6187–99. doi : 10.1128/MCB.23.17.6187-6199.2003 . PMC 180954 . PMID 12917340 .
•    Ceci M, Gaviraghi C, Gorrini C, Sala LA, Offenhäuser N, Marchisio PC, Biffo S (december 2003). "Frisättning av eIF6 (p27BBP) från 60S-subenheten tillåter 80S-ribosommontering". Naturen . 426 (6966): 579–84. Bibcode : 2003Natur.426..579C . doi : 10.1038/nature02160 . PMID 14654845 . S2CID 2431706 .
•     Rosso P, Cortesina G, Sanvito F, Donadini A, Di Benedetto B, Biffo S, Marchisio PC (maj 2004). "Överuttryck av p27BBP i huvud- och halskarcinom och deras lymfkörtelmetastaser". Huvud & Hals . 26 (5): 408–17. CiteSeerX 10.1.1.503.9652 . doi : 10.1002/hed.10401 . PMID 15122657 . S2CID 39531947 .
•    Lehner B, Sanderson CM (juli 2004). "En proteininteraktionsram för nedbrytning av humant mRNA" . Genomforskning . 14 (7): 1315–23. doi : 10.1101/gr.2122004 . PMC 442147 . PMID 15231747 .
•    Rush J, Moritz A, Lee KA, Guo A, Goss VL, Spek EJ, Zhang H, Zha XM, Polakiewicz RD, Comb MJ (januari 2005). "Immunaffinitetsprofilering av tyrosinfosforylering i cancerceller". Natur Bioteknik . 23 (1): 94–101. doi : 10.1038/nbt1046 . PMID 15592455 . S2CID 7200157 .
•    Andersen JS, Lam YW, Leung AK, Ong SE, Lyon CE, Lamond AI, Mann M (januari 2005). "Nukleolär proteomdynamik". Naturen . 433 (7021): 77–83. Bibcode : 2005Natur.433...77A . doi : 10.1038/nature03207 . PMID 15635413 . S2CID 4344740 .
•    Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (september 2005). "Ett mänskligt protein-proteininteraktionsnätverk: en resurs för att kommentera proteomen". Cell . 122 (6): 957–68. doi : 10.1016/j.cell.2005.08.029 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-8592-0 . PMID 16169070 . S2CID 8235923 .