DHRS7B
 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DHRS7B- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identifierare | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , SDR32C1, CGI-93, dehydrogenas/reduktas (SDR-familjen) medlem 7B, dehydrogenas/reduktas 7B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Externa ID:n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dehydrogenas/reduktas (SDR-familjen) medlem 7B är ett enzym som kodas av DHRS7B -genen hos människor, som finns på kromosom 17p 11.2. DHRS7B kodar för ett protein som förutspås fungera i steroidhormonreglering . En deletion i den kromosomala regionen 17p11.2 har associerats med Smith-Magenis Syndrome, en genetisk utvecklingsstörning.
Gen
Översikt
DHRS7B-genen är lokaliserad på den positiva strängen av kromosom 17, som börjar vid position 21030258 och slutar vid position 21094836 (64579 bp). DHRS7B innehåller sju exoner utan förutspådda alternativa splitsningsformer , vilket resulterar i en 1841 bp mRNA -produkt.
Uppströms om DHRS7B på den negativa strängen av kromosom 17p11.2 finns generna Coiled-coil-domän som innehåller 144-familjen, N-terminal-liknande (CCDC144NL) och Ubiquitin-specifikt peptidas 22 ( USP22 ). Nedströms om DHSRS7B på den negativa strängen av kromosom 17p11.2 finns genen Transmembrane protein 11 (TMEM11), och på den positiva strängen finns genen Mitogen-aktiverat proteinkinas, kinas 3 ( MAP2K3 ).
Genexpression
Microarray- och EST -data indikerar att DHRS7B-genen är starkt uttryckt i testiklar, sköldkörtel, njurar och fettvävnader. Det finns måttligt uttryck i hjärnan, bukspottkörteln, bröstkörtlarna och äggstockarna. Slutligen finns det lite uttryck i mjälte, tymus, tonsiller, benmärg och urinblåsa.
Proteinstruktur
DHRS7B-genen har en förutsagd proteinprodukt som är 325 aminosyror , en molekylvikt på 35,1 kDa och en isoelektrisk punkt på 9,867. Det finns en förutsagd transmembrandomän i proteinsekvensen, en stor neutralt laddad region som spänner över resterna 18-38. Inga signalpeptider har identifierats i DHRS7B; cellulär lokalisering är fortfarande oklar.
DHRS7B är en medlem av den kortkedjiga dehydrogenas/reduktas (SDR) superfamiljen och har karakteristiska egenskaper hos en SDR inom proteinsekvensen. Följande tabell identifierar sekvenser i proteinet och motsvarande funktion.
| Sekvens | Fungera |
|---|---|
| "VVV" | Valinrik region, okänd funktion |
| "TGXXXGXG" | NADP-bindningsställe |
| "NXXG" | Möjligt aktivt sajtmotiv |
| "DXXD" | Adenin ringficka motiv |
| "GXXXXXXSS" | Möjligt aktivt sajtmotiv |
| "SXYXXXK" | Katalytiskt ställe, med uppströms serinrester |
| "LXNNXG" | Bevarad region, okänd funktion |
| "NLS" | N-glykosyleringsställe |
Interaktioner
Hos människor har DHRS7B visats fysiskt interagera med andra proteiner såsom Mediator complex subunit 19 ( Med19 ) och Brain and reproductive expressed-modulator protein ( BRE ) . MED19 visade sig interagera med DHRS7B genom en tvåhybridscreeningsmetod och spelar en roll som en co-aktivator i reglerad transkription av de flesta RNA-polymeras II-beroende gener. BRE är en komponent i BRCA1-A-komplexet, som känner igen Lys-63-länkade ubiquitinerade histoner H2A och H2AX DNA-lesionsställen (identifierade med anti-tag- koimmunoprecipitation ). Andra proteiner som interagerar med DHRS7B har endast identifierats genom textutvinning .
Homologi
Ortologer
Konservering av DHRS7B-proteinsekvensen har i hög grad observerats hos däggdjur ; måttligt hos reptiler , fåglar , fiskar och groddjur ; minimalt hos ryggradslösa djur , insekter och svampar .
| Genus/Art | Vanligt namn | Tillträdesnummer | Sekvenslängd | Sekvensidentitet | Sekvenslikhet | Anteckningar |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Mänsklig | NP_056325.2 [1] | 325 aa | 100 % | 100 % | DHRS7B |
| Pan troglodyter | Schimpans | XP_511344.2 [2] | 325 aa | 99 % | 99 % | Däggdjur |
| Pongo abelli | Sumatran orangutang | NP_001127381 [3] | 325 aa | 99 % | 99 % | Däggdjur |
| Mustela putorius furo | Inhemsk iller | AER97198 [4] | 345 aa | 88 % | 94 % | Däggdjur |
| Canis familiaris | Hund | XP_536670 [5] | 325 aa | 87 % | 94 % | Däggdjur |
| Gallus gallus | Kyckling | XP_414804 [6] | 309 aa | 73 % | 87 % | Fågel |
| Anolis carolinensis | Ödla | XP_003226576 [7] | 309 aa | 68 % | 85 % | Reptil |
| Salmo salar | Lax | ACM08861 [8] | 310 aa | 64 % | 85 % | Fisk |
| Xenopus (silurana) tropicalis | Västerländsk klös groda | NP_001072246 [9] | 309 aa | 68 % | 84 % | Amfibier |
| Drosophila melanogaster | Fruktfluga | NP_651717 [10] | 326 aa | 45 % | 63 % | Insekt |
| Strongylocentrotus purpuratus | Lila sjöborre | XP_790920 [11] | 344 aa | 34 % | 50 % | Ryggradslös |
| Saccharomyces cerevisiae S288C | Jäst | NP_013953 [12] | 267 aa | 33 % | 49 % | Svampar |
Paraloger
Paraloger av DHRS7B är alla i SDR-superfamiljen och bevarande av SDR-funktionella motiv identifierades i en multipelsekvensinriktning .
| Vanligt namn | Tillträdesnummer | Sekvenslängd | Sekvensidentitet | Sekvenslikhet |
|---|---|---|---|---|
| DHRS7B | NP_056325.2 [13] | 325 aa | 100 % | 100 % |
| DHRS7C | AA_147025.1 [14] | 308 aa | 46 % | 66 % |
| DHRS7 | CAH56402 [15] | 375 aa | 37 % | 53 % |
| HBD1 | AAA58352 [16] | 343 aa | 35 % | 56 % |
| RDH8 | EAW84062 [17] | 331 aa | 34 % | 53 % |
| RDH16 | AAC39922 [18] | 317 aa | 33 % | 53 % |
| KDSR | NP002026 [19] | 332 aa | 31 % | 51 % |
| HSD11B1 | AAK83653 [20] | 292 aa | 29 % | 50 % |
| DHRS9 | AAH58883 [21] | 319 aa | 29 % | 50 % |
| RDH5 | AAH28298 [22] | 318 aa | 30 % | 49 % |
Klinisk signifikans
DHRS7B har identifierats i Smith-Magenis Syndrome- regionen, där en deletion i denna kromosomala region (17p11.2) orsakar en genetisk utvecklingsstörning. I bröstcancerceller som uttrycker CD44 och CD24 observerades DHRS7B-uttryck vara nedreglerat. CD44 är ett antigen som finns på ytan av de flesta celltyper och fungerar som en receptor som binder vävnadsmakromolekyler. Dessutom fungerar den som en adhesionsmolekyl för leukocyter på perifera lymfoida organ och inflammationsställen. CD24 är associerad med B-celler , epitelceller och dendritiska celler , fungerar som en adhesionsmolekyl och har visat sig förbättra en tumörcells förmåga att metastasera .
