CXorf38 Isoform 1

CXorf38
Identifiers
, kromosom X öppen läsram 38, CXorf38 Isoform 1
Externa IDs
Ortologer
Arter Mänsklig Mus
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Plats (UCSC)
PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Kromosom X öppen läsram 38 (CXorf38) är ett protein som hos människor kodas av CXorf38- genen . CXorf38 förekommer i flera studier angående flykten av X-kromosominaktivering (se Klinisk betydelse) .

Gen

CXorf38-genen är lokaliserad på kromosom X vid p11.4. Inklusive 5' och 3' otranslaterade regioner , är isoform 1 18 515 baspar lång och spänner över kromosom X vid 40 626 921 - 40 647 554 på minussträngen . Närliggande gener inkluderar MPC1L och MED14 , som kodar för mitokondriellt pyruvatbärar-1-liknande protein och mediator av RNA-polymeras II-transkriptionssubenhet 14-enzym.

mRNA

CXorf38-genen kodar för 8 mRNA-varianter , var och en kodar för en proteinisoform . Isoform 1, den kanoniska sekvensen, har 7 exoner . De återstående isoformerna saknar olika exoner och/eller har varierande 5'UTR- eller 3'UTR -regionlängder.

En grafisk representation av CXorf38-isoformer, med tillstånd av NCBI. [3] Varje isoform är listad på vänster sida av bilden. Exoner representeras av mörkgröna rutor.
Isoform Antal

Aminosyror

 Exon 1 Exon 2 Exon 3 Exon 4 Exon 5 Exon 6 Exon 7 Anteckningar
1 319 x x x x x x x
X1 319 x x x x x x x Förlängd 5'UTR, förkortad 3'UTR
2 200 x x x x x Förlängd 5'UTR, förkortad 3'UTR
X2 330 x* x x x x x *Exon 1 är av en helt annan sekvens
X3 274 x x x x x x
X4 275 x x x x x x Förkortad 3'UTR
X5 259 x x x x x x Utökad 5'UTR
X6 274 x x x x x Utökad 5'UTR

Protein

Generella egenskaper

CXorf38-genen kodar för ett protein med 319 aminosyror. Den förutsagda prekursorns molekylvikt är ungefär 36,65 kDa. Den isoelektriska punkten förutsägs vara ungefär 6. Sammansättningsanalys visar att CXorf38 är treoninfattig (1,9%) i förhållande till andra humana proteiner.

Domäner och motiv

Ribbon structure of CXorf38
Bandstruktur av CXorf38, förutspådd av I-TASSER och kommenterad i Pymol.
Predicted Surface Structure of CXorf38
Utrymmesfyllande modell av CXorf38 genererad av Pymol från I-TASSER förutspådda bandstrukturen ovan.

CXorf38 har en konserverad domän: DUF 4559 (Arg9 - Asp298), som är en del av PFAM 15112. DUF täcker nästan hela proteinet.

Sekundär struktur

Ungefär två tredjedelar av den sekundära proteinstrukturen förutspås bestå av alfaspiraler . Den återstående tredjedelen förutspås vara slumpmässiga spolar . Analys av den sekundära strukturen av CXorf38 isoform 1 ortologer från däggdjur till ryggradslösa djur avslöjade liknande resultat, vilket tyder på att sekundär struktur till stor del är bevarad (se Homologi och evolution för ortologdetaljer).

Tertiär struktur

Den rymdfyllande modellen som förutspåtts av I-TASSER avslöjar en övergripande linjär form. Bandstrukturen visar flera alfaspiraler , lindade spolar och slumpmässiga spolar . Det finns en känd lindad spolregion från Pro82 - Gln88, såväl som en förutspådd lindad spolregion från ungefär Asn240 - Tyr255. Inom spiralområdet finns det en förutspådd kärnkraftsexportsignal (NES) från Lys247-Leu256. Vikning av proteinet förutspås lämna ~30% av aminosyrorna begravda, ~60% exponerade för cytosolen och ~10% i ett mellanliggande tillstånd. CXorf38 har inga förutspådda hydrofoba segment eller transmembransegment med hög poäng.

Lokalisering i cytosolen, indikerad i rött. Bild med tillstånd av Human Protein Atlas.

Subcellulär lokalisering

CXorf38 bestäms experimentellt via immuncytokemi för att lokaliseras i cytoplasman , men inte specifikt till cytoplasman. PSORTII förutspådde också en 13% sannolikhet för lokalisering till kärnan och 13% till mitokondrierna . Nukleär lokalisering är sannolikt före kärnkraftsexport, vilket stöds av den förutspådda kärnkraftsexportsignalen . Vidare immunhistokemisk färgning av den mänskliga tjocktarmen positiv för måttligt uttryck av CXorf38 i cytoplasman och kärnan av körtelceller .

Uttryck

CXorf38 har måttligt uttryck över nästan alla vävnader. Det högsta uttrycket sker i lymfkörteln , sköldkörteln , mjälten , tymus , benmärgen och olika kvinnliga reproduktionsvävnader . Alla dessa vävnader med undantag för sköldkörteln och kvinnliga reproduktionsvävnader har funktioner relaterade till det mänskliga immunsystemet och/eller lymfsystemet . Dessutom avslöjade beräkningsanalys att CXorf38 är överuttryckt i B-lymfoblaster och CD56+ NK-celler , som båda har viktiga roller i ryggradsdjurens immunsvar. CXorf38 har det lägsta uttrycket i fostrets hjärna, testiklarna och bukspottkörteln .

CXorf38 uttrycks också i alla utvecklingsstadier. Mikroarrayanalys visar tecken på CXorf38-uttryck i blod i alla livsstadier, fostervatten under det sena embryonala skedet, äggledarepitel hos 25-44 år gamla kvinnor och vaginalt epitel hos 25-44 år gamla och 65-79 år gamla kvinnor.

Reglering av uttryck

TF of CXorf38
Promotor GXP_26193 med en undergrupp av transkriptionsfaktorer som förutspåtts av Genomatix visas.
CXorf38 TF Descriptions
Beskrivning av transkriptionsfaktorerna som visas i bilden till vänster, färgade därefter.

Avskriftsnivåreglering

Det finns tre promotorregioner som förutspås av Genomatix . En förutsagd promotorregion (GXP_261939) uppträder före den kodande regionen och de andra två uppträder i 3'UTR . Det finns två förutsagda polyadenyleringsställen och två förutsagda mikroRNA- bindningsställen i 3'UTR .

En undergrupp av möjliga transkriptionsfaktorer (TF) som förutspås av Genomatix har funktioner associerade med kardiovaskulära , lymfatiska och reproduktiva system , såväl som intrauterin utveckling . Transkriptionsfaktorerna TFIIB och NRF1 förekommer båda två gånger inom de första 100 basparen uppströms från transkriptionsstartplatsen .

Proteinnivåreglering

CXorf38 isoform 1 förutspås ha olika posttranslationella modifieringar såsom N-terminal metioninklyvning , fosforylering , palmitoylering , sumoylering , O-GlcNAcylering , glykering och acetylering . Det finns ett förutsagt Yin-Yang-ställe, som representerar en aminosyra som är O-GlcNAcylerad och fosforylerad. Det finns ett experimentellt bestämt omega-N-metylargininställe vid Arg75 och fosfotreoninställe vid Thr314. Post-translationella modifieringar bevarades till stor del över ortologutrymmet (se Homologi och evolution för ortologdetaljer).

Schematic illustration of CXorf38 Post-Translational Modifications and domains.
Schematisk illustration av CXorf38 Post-Translational Modifieringar och domäner.
CXorf38 Annotated Conceptual Translation
CXorf38 Isoform 1 konceptuell översättning med viktiga domäner, motiv och post-translationella modifikationer kommenterade.

Proteininteraktioner

CXorf38 bestäms experimentellt för att interagera med NFYC , ett protein involverat i bindning av CCAAT-motiv . CXorf38 förutsägs också via två-hybrid array interagera med proteiner associerade med reglering av intrauterin utveckling, immunsystemsutveckling och reproduktiv utveckling (se tabell nedan). I synnerhet PAX5 alla dessa områden, eftersom det spelar en roll i regleringen av tidig utveckling, kodar för B-cellsspecifika aktivatorproteiner uttryckta i tidig B-cellsdifferentiering och har upptäckts vid utveckling av testiklar. MEOX2 och PAX6 har också funktioner relaterade till tidig utveckling, inklusive reglering av lemmyogenes respektive utveckling av neurala vävnader. PAX6 , PAX5 och NFYC förutsägs interagera fysiskt med CXorf38 i kärnan, medan CDHR3 , MEOX2 och DDIT4L förutsägs interagera fysiskt med CXorf38 i cytosolen .

CXorf38 intracellulära proteininteraktioner förutspådda av Mentha.
Protein Plats för

Samspel

Fungera
CDHR3 Cytosol Kalciumjonbindning
MEOX2 Cytosol Reglering av extremiteternas myogenes
DDIT4L Cytosol Reglering av celltillväxt
NFYC Kärna Bindning av CCAAT-motiv
PAX5 Kärna Tidig utvecklingsreglering

B-cellslinjespecifikt aktivatorprotein uttryckt i tidiga stadier av B-cellsdifferentiering

Upptäcks vid utveckling av testiklar
PAX6 Kärna Utveckling av neurala vävnader, särskilt ögat

*Alla ovanstående interaktioner har bestämts via två-hybrid array , med undantag för NFYC, vars interaktion har bestämts experimentellt.

Homologi och evolution

Lista över 20 CXorf38 ortologer genom att öka divergensen. Rader färgade med samma nyans är av samma taxonomiska ordning.

CXorf38-genen har inga paraloger . Ortologer av CXorf38 har hittats i vissa ryggradslösa djur och nästan alla ryggradsdjur . Bland ryggradslösa djur som hittills sekvenserats har CXorf38 endast hittats i Cnidaria och Mollusca taxonomic phyla . Den har inte hittats i Porifera , Ctenophora , Echinodermata , Platyhelminthes , Nematoda , Annelida eller Arthropoda. Den mest avlägsna ortologen av CXorf38 är ryggradslösa djur Stylophora pistillata ( Hood Coral), som förutspås ha dykt upp för cirka 824 miljoner år sedan. Notera att majoriteten av ryggradslösa ortologer har oproportionerligt längre proteinsekvenser.

Bland ryggradsdjur som hittills sekvenserats har CXorf38 hittats i alla taxonomiska ordningar för ryggradsdjur utom Pilosa och Peremelemorphia. Noterbart är att CXorf38 är frånvarande i alla fåglar utom två flyglösa fåglar som hittills sekvenserats: emu och kiwi . Vidare har dessa fågelproteiner mycket kortare sekvenser jämfört med andra humana CXorf38-ortologer.

Klinisk signifikans

Närvaro i inaktiveringsprocesser

CXorf38-genen är känd för att undkomma X-kromosominaktivering (XCI), men i varierande takt bland olika populationer. Till exempel undkommer den XCI hos 20-40 % av européerna och 40-60 % av yorubanerna . Det finns också bevis som tyder på att denna XCI är åtminstone delvis bevarad, eftersom CXorf38 är en av åtta gener av de elva testade som funnits undkomma XCI hos både möss och människor. Men till skillnad från möss finns det en positiv klustring av flyktgener hos människor, vilket tyder på att mänsklig XCI-flykt kan regleras på nivån av kromatindomäner snarare än individuella gener. När det gäller klustringen av flyktgener visade en beräkningsanalysstudie att CXorf38 är en del av ett flyktgenkluster som inkluderar generna MED14 , USP9X och DDX3X . CXorf38 är också 1 av 5 gener ( XIST , KDM6A , DDX3X , KDM5C , CXorf38) som experimentellt bestäms för att både undkomma XCI och ha kvinnligt partiskt uttryck i den mänskliga levern , vilket tyder på att dessa 5 gener också undkommer XCI i den mänskliga levern. .

I en analys av DNA-sekvenskopieringsnummervariation ( CNV) associerad med för tidig ovariesvikt identifierades CXorf38 som en gen involverad med betydande CNV-förlust. CXorf38 visade sig också vara hypometylerad hos rökare och hypermetylerad hos icke-rökare, vilket kan ha implikationer angående lungcancer i ett tidigt stadium . Sammanfattningsvis har CXorf38 roller associerade med XCI escape , CNV- förlust och potentiella abnormiteter om hypometylerad .

Sjukdomsförbundet

RNA-seq- data visar ökat CXorf38-uttryck i en mängd olika cancerformer med det största uttrycket i endometriecancer , kolorektalcancer och urotelcancer . Det finns också experimentella bevis som visar att CXorf38 är 1 av 163 gener som är uppreglerade i äggstockscancercellinjer (OVCAR-3 och OV-90) som överuttrycker CD157, ett exoenzym som reglerar leukocytdiapedes . Högt CD157-uttryck stärker sannolikheten för processer som gynnar tumörprogression såsom cellmotilitet, och försvagar processer som hämmar tumörprogression såsom apoptos .

Patent

  1. Annilo et al beskriver att CXorf38 är 1 av 3 testade gener som hypermetylerades hos icke-rökare, i en studie av 44 rökare och 3 icke-rökare. Ändringar i genens metyleringsstatus inkluderades dock inte i patentkraven.
  2. Sarwal et al hävdade att nivåer av autoantikroppar mot CXorf38- genprodukten som en del av en panel med upp till 79 antikroppsbiomarkörer kunde användas för att övervaka eller diagnostisera diabetes mellitus . Patentansökan övergavs.
  3. Stamova-Kiossepacheva et al hävdar att CXorf38 är 1 av 31 gener som visar uppreglerat uttryck av särskilda exoner och denna förändring kan användas som en del av en panel för att skilja mellan patienter som lider av en lakunär ischemisk stroke eller en ischemisk stroke med stora kärl .
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000185753 - Ensembl , maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000044148 - Ensembl , maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Referens:" . National Center for Biotechnology Information, US National Library of Medicine .
  4. ^ "Mouse PubMed Referens:" . National Center for Biotechnology Information, US National Library of Medicine .
  5. ^ a b c d NCBI (National Center for Biotechnology Information) Proteininträde på okarakteriserat protein CXorf38 Isoform 1 [1]
  6. ^    Wen G, Ramser J, Taudien S, Gausmann U, Blechschmidt K, Frankish A, et al. (december 2005). "Validering av mRNA/EST-baserade genförutsägelser i human Xp11.4 avslöjade skillnader i organisationen av det ortologa muslokuset". Däggdjurs genom . 16 (12): 934–41. doi : 10.1007/s00335-005-0090-3 . PMID 16341673 . S2CID 38772314 .
  7. ^ a b c    Zhang Y, Castillo-Morales A, Jiang M, Zhu Y, Hu L, Urrutia AO, et al. (December 2013). "Gener som undkommer X-inaktivering hos människor har hög intraspecifik variabilitet i uttryck, är associerade med mental funktionsnedsättning men utvecklas inte långsamt. " Molekylärbiologi och evolution . 30 (12): 2588–601. doi : 10.1093/molbev/mst148 . PMC 3840307 . PMID 24023392 .
  8. ^ a b    Luijk R, Wu H, Ward-Caviness CK, Hannon E, Carnero-Montoro E, Min JL, et al. (september 2018). "Autosomal genetisk variation är associerad med DNA-metylering i regioner som varierar från X-kromosominaktivering. " Naturkommunikation . 9 (1): 3738. Bibcode : 2018NatCo...9.3738L . doi : 10.1038/s41467-018-05714-3 . PMC 6138682 . PMID 30218040 .
  9. ^ a b c d "CXorf38 - Antikroppar - den mänskliga proteinatlasen" . www.proteinatlas.org . Hämtad 2019-04-25 .
  10. ^ UCSC-post på CXorf38 variant 1
  11. ^ "CXorf38 kromosom X öppen läsram 38 [Homo sapiens (människa)] - Gen - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2019-05-09 .
  12. ^ NCBI (National Center for Biotechnology Information) Nukleotidpost på CXorf38, transkriptvariant 1, mRNA [2]
  13. ^ a b "ExPASy - Beräkna pI/Mw-verktyg" . web.expasy.org . Hämtad 2019-05-07 .
  14. ^ a b "SAPS < Sekvensstatistik < EMBL-EBI" . www.ebi.ac.uk . Hämtad 2019-05-01 .
  15. ^ a b c "PredictProtein - Proteinsekvensanalys, förutsägelse av strukturella och funktionella egenskaper" . www.predictprotein.org . Hämtad 2019-04-25 .
  16. ^ "Yang Zhang Lab" . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Hämtad 2019-05-01 .
  17. ^ a b "NetNES 1.1 Server" . www.cbs.dtu.dk . Hämtad 2019-05-09 .
  18. ^ "DAS-TMfilterserver" . mendel.imp.ac.at . Arkiverad från originalet 2018-02-05 . Hämtad 2019-05-01 .
  19. ^ "PSORT II-förutsägelse" . psort.hgc.jp . Hämtad 2019-05-01 .
  20. ^ "LipoP 1.0 Server" . www.cbs.dtu.dk . Hämtad 2019-05-01 .
  21. ^ a b "NCBI GEO-profil av CXorf38 över olika vävnader" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2019-05-07 .
  22. ^    Anantharaman V, Makarova KS, Burroughs AM, Koonin EV, Aravind L (juni 2013). "Omfattande analys av HEPN-superfamiljen: identifiering av nya roller i intra-genomiska konflikter, försvar, patogenes och RNA-bearbetning" . Biologi direkt . 8 : 15. doi : 10.1186/1745-6150-8-15 . PMC 3710099 . PMID 23768067 .
  23. ^ a b "Bgee-post på CXorf38: ENSG00000185753" . bgee.org . Hämtad 2019-05-06 .
  24. ^ a b "Genomatix - NGS dataanalys & personifierad medicin" . www.genomatix.de . Hämtad 2019-04-25 .
  25. ^ "miRDB: CXorf38 miRNA-resultat" . mirdb.org . Hämtad 2019-05-07 .
  26. ^ "TermiNator" . bioweb.i2bc.paris-saclay.fr . Hämtad 2019-05-01 .
  27. ^ "GPS 3.0 - Kinasspecifik fosforyleringsplatsförutsägelse" . gps.biocuckoo.org . Hämtad 2019-04-22 .
  28. ^ "Motif Scan" . myhits.isb-sib.ch . Hämtad 2019-04-22 .
  29. ^ "NetPhos 3.1 Server" . www.cbs.dtu.dk . Hämtad 2019-04-22 .
  30. ^ "CSS-Palm - Palmitoylationplatsförutsägelse" . csspalm.biocuckoo.org . Hämtad 2019-04-22 .
  31. ^ "GPS-SUMO: Förutsägelse av SUMOylationsplatser & SUMO-interaktionsmotiv" . sumosp.biocuckoo.org . Hämtad 2019-04-22 .
  32. ^ "[JASSA] gick med i avancerad SUMOylation-plats och SIM-analysator" . www.jassa.fr . Hämtad 2019-04-22 .
  33. ^ "NetOGlyc 4.0 Server" . www.cbs.dtu.dk . Hämtad 2019-04-22 .
  34. ^ "NetGlycate 1.0 Server" . www.cbs.dtu.dk . Hämtad 2019-05-02 .
  35. ^ "GPS-PAIL: Förutsägelse av acetylering på inre lysiner" . bdmpail.biocuckoo.org . Hämtad 2019-05-02 .
  36. ^ "YinOYang 1.2-server" . www.cbs.dtu.dk . Hämtad 2019-04-22 .
  37. ^ a b c "Mentha" . mentha.uniroma2.it . Hämtad 2019-04-25 .
  38. ^ "IntAct" .
  39. ^ a b "GeneCards-inträde på PAX5-genen" . www.genecards.org . Hämtad 2019-04-25 .
  40. ^ a b "GeneCards-inträde på MEOX2-genen" . www.genecards.org . Hämtad 2019-04-25 .
  41. ^ a b "GeneCards-inträde på PAX6-genen" . www.genecards.org . Hämtad 2019-04-25 .
  42. ^ "GeneCards-post på CDHR3-genen" . www.genecards.org . Hämtad 2019-05-02 .
  43. ^ "GeneCards-post på DDIT4-genen" . www.genecards.org . Hämtad 2019-05-02 .
  44. ^ "GeneCards-post på NFYC-genen" . www.genecards.org . Hämtad 2019-05-02 .
  45. ^ a b c d e f "Protein BLAST: sök proteindatabaser med hjälp av en proteinfråga" . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Hämtad 2019-05-02 .
  46. ^ "TimeTree: Livets tidsskala" . www.timetree.org . Hämtad 2019-05-02 .
  47. ^ a b    Yang F, Babak T, Shendure J, Disteche CM (maj 2010). "Global undersökning av flykt från X-inaktivering genom RNA-sekvensering i mus" . Genomforskning . 20 (5): 614–22. doi : 10.1101/gr.103200.109 . PMC 2860163 . PMID 20363980 .
  48. ^ Park, C. (2010). Studier av genuttrycksutveckling: gener på den inaktiva X-kromosomen och duplikatgener.
  49. ^    Zhang Y, Klein K, Sugathan A, Nassery N, Dombkowski A, Zanger UM, Waxman DJ (2011). "Transkriptionell profilering av mänsklig lever identifierar könsorienterade gener associerade med polygen dyslipidemi och kranskärlssjukdom" . PLOS ETT . 6 (8): e23506. Bibcode : 2011PLoSO...623506Z . doi : 10.1371/journal.pone.0023506 . PMC 3155567 . PMID 21858147 .
  50. ^    Quilter CR, Karcanias AC, Bagga MR, Duncan S, Murray A, Conway GS, et al. (augusti 2010). "Analys av X-kromosom genomisk DNA-sekvens kopienummervariation associerad med prematur ovariesvikt (POF)" . Mänsklig reproduktion . 25 (8): 2139–50. doi : 10.1093/humrep/deq158 . PMC 3836253 . PMID 20570974 .
  51. ^    Lokk K, Vooder T, Kolde R, Välk K, Võsa U, Roosipuu R, et al. (2012). "Metyleringsmarkörer för icke-småcellig lungcancer i tidigt stadium" . PLOS ETT . 7 (6): e39813. Bibcode : 2012PLoSO...739813L . doi : 10.1371/journal.pone.0039813 . PMC 3387223 . PMID 22768131 .
  52. ^ The Human Protein Atlas-posten på CXorf38
  53. ^ a b    Morone S, Lo-Buono N, Parrotta R, Giacomino A, Nacci G, Brusco A, et al. (2012-08-20). "Överuttryck av CD157 bidrar till epitelial äggstockscancerprogression genom att främja mesenkymal differentiering" . PLOS ETT . 7 (8): e43649. Bibcode : 2012PLoSO...743649M . doi : 10.1371/journal.pone.0043649 . PMC 3423388 . PMID 22916288 .
  54. ^ WO-ansökan 2012175562 , Annilo, Tarmo; Tõnisson, Neeme & Vooder, Tõnu et al., "Methylation and microRNA-markers of early-stage non-småcellig lungcancer", publicerad 2012-12-27, tilldelad University of Tartu & uppfinnare.  
  55. ^   US 2014051597 , Sarwal, Minnie M. & Sigdel, Tara, "Antibody biomarkers for diabetes", publicerad 014-02-20, tilldelad Styrelsen för Leland Stanford Junior University nu övergiven.
  56. ^ US ansökan 2018230538 , Stamova-Kiossepacheva, Boryana; Jickling, Glen C. & Sharp, Frank, "Methods of distinguishing ischemic stroke from intracerebral hemorrhage", publicerad 2018-08-16, tilldelad The Regents of the University of California  
Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=CXorf38_Isoform_1&oldid=1067857570 "