Genomatix
 | |
| Typ | GmbH |
|---|---|
| Industri | Bioinformatik |
| Grundad | 1997 |
| Grundare | Dr Thomas Werner |
| Huvudkontor | München, Tyskland |
| Hemsida | http://www.genomatix.de |
Genomatix GmbH är ett beräkningsbiologiföretag med huvudkontor i München , Tyskland, med säte i Ann Arbor, Michigan, USA
Historia
Genomatix grundades 1997 av Dr. Thomas Werner som en spin-off från Helmholtz Zentrum München (tidigare "GSF - National German Research Institute for Environment and Health"). Helmholtz Zentrum München är en del av Helmholtz Association of German Research Centers . Genomatix var banbrytande för analys och förståelse av eukaryot genreglering .
Genomatix mjukvaruverktyg
Genomatix erbjuder integrerade lösningar [ buzzword ] och databaser för genomannotering och regleringsanalys.
Genomatix produktportfölj innehåller lösningar [ buzzword ] för:
• Litteratur- och vägbrytning • Transkriptionsfaktoranalys • Genomannotering som integrerar ett brett utbud av transkriptkällor och ett speciellt fokus på regulatoriska regioner • Analysteknologi för genomisk teknologi med hög genomströmning ( mikroarrayer och nästa generations sekvensering )
Litteraturbrytning LitInspector är ett litteratursökningsverktyg som tillhandahåller brytning av gen- och signaltransduktionsvägar inom NCBI:s PubMed-databas.
Pathway mining GePS BiblioSphere
Nuvarande forskning
Personlig medicin utvecklats till ett stort område för Genomatix. Genomatix är involverat i flera projekt och internationella konferenser, t.ex. 5th Santorini Conference - "Functional Genomics into personalized health care"
Sedan 2008 har Genomatix starkt fokuserat på Next Generation Sequencing dataanalys. På grund av den stora mängden data och behovet av avancerad datorkraft distribuerar Genomatix sina lösningar [ buzzword ] som interna installationer (paket med hårdvaruprogram)
Två system finns tillgängliga:
1. Genomatix Mining Station (GMS) är baserad på ett proprietärt paradigm för genomiskt mönsterigenkänning, eller GenomeThesaurus, som möjliggör inmatning av råsekvensläsningar plus valfria kvalitetsfiler från valfri hårdvara för djupsekvensering. Det ger ultrasnabb kartläggning av sekvenser av valfri längd (med början från 8bp) utan några praktiska begränsningar för antalet punktmutationer och/eller insättningar och deletioner som kan tas med i beräkningen under kartläggningsprocessen. Beroende på experimentets natur kan GMS tillhandahålla SNP-detektering och genotypning, analys av kopior och små RNA-analyser. För ChIPseq-data levererar GMS klustring och toppsökning och utför automatisk identifiering av bindningsmönster. För RNAseq-experiment beräknas normaliserade uttrycksvärden på exon- och transkriptnivå. En speciell GenomeThesaurus tillhandahålls också för potentiella splitsningsövergångar, vilket möjliggör skarvningsövergångsanalys och identifiering av nya transkriptionsenheter.
För genomisk omsekvensering och nysekvenserade genom kommer en de-novo-sammansättning att tillhandahållas.
2. Genomatix Genome Analyzer (GGA) levererar nedströms mjukvaruverktyg och databaser för djupgående biologisk analys av data som kommer från GMS. Det möjliggör enkel integrering och visualisering i terabyte av bakgrundskommentarer i ElDorado-genomdatabasen. GGA annoterar i stor utsträckning genomiska koordinater och omgivande områden härledda av GMS eller någon annan kartläggningsprocedur. Clustering och toppfynd, analys för fylogenetisk bevarande, storskalig korrelationsanalys med annoterade genomiska element, metaanalys av datakorrelation mellan olika experiment, pathway mining för grupper av identifierade gener, transcription factor binding site (TFBS) analys (identifiering, över- representation, bindande partneranalys, ramverksidentifiering, fylogenetisk bevarande, regulatoriska SNP-effekter) och mycket mer är alla processer som utförs på GGA.
Med GGA och GMS levererar Genomatix den världsomspännande första integrerade dataanalysplattformen för nästa generations sekvensanalys med anpassade arbetsflöden skräddarsydda för specifika behov.
Ytterligare utveckling kommer att vara sammankoppling av data från kliniska källor och medicinska tillämpningar. Pilotprojekt har redan startat inom Genomatix konsultplattform som kopplar samman genotyp- och fenotypinformation.