Pitovirus

Pithovirus
Virus klassificering
Grupp:	Grupp I ( dsDNA )
Beställa:	Megavirales
Familj:	Pithoviridae
Släkte:	Pitovirus
Arter
P. massiliensis P. sibericum

Pithovirus , som först beskrevs i en tidning från 2014, är ett släkte av jättevirus känt från två arter, Pithovirus sibericum , som infekterar amöbor och Pithovirus massiliensis . Det är ett dubbelsträngat DNA-virus och är en medlem av det nukleocytoplasmatiska stora DNA-viruset . Upptäckten 2014 gjordes när ett livskraftigt exemplar hittades i en 30 000 år gammal iskärna skördad från permafrost i Sibirien , Ryssland.

Beskrivning

Släktnamnet Pithovirus , en hänvisning till stora förvaringsbehållare i antikens Grekland kända som pithoi , valdes för att beskriva den nya arten. Ett exemplar av Pithovirus mäter cirka 1,5 μm (1500 nm ) i längd och 0,5 μm (500 nm) i diameter, vilket gör det till det största viruset hittills. Den är 50 % större i storlek än Pandoraviridae , de tidigare största kända virusen, och är större än Ostreococcus , den minsta eukaryota cellen, även om Pandoravirus har det största virala genomet, som innehåller 1,9 till 2,5 megabaser av DNA .

Pithovirus har en tjock, oval vägg med en öppning i ena änden. Invändigt liknar dess struktur en bikaka .

Genomet av Pithovirus innehåller 467 distinkta gener , fler än ett typiskt virus, men mycket färre än de 2556 förmodade proteinkodande sekvenserna som finns i Pandoravirus . Således är dess genom mycket mindre tätt packat än något annat känt virus. Två tredjedelar av dess proteiner skiljer sig från andra virus. Trots den fysiska likheten med Pandoravirus avslöjar Pithovirus- genomsekvensen att den knappt är besläktad med det viruset, men liknar mer medlemmar av Marseilleviridae , Megaviridae och Iridoviridae . Dessa familjer innehåller alla stora icosahedriska virus med DNA-genom. Pithovirusgenomet har 36% GC-innehåll , liknande Megaviridae , i motsats till mer än 61% för pandoravirus.

Replikering

Pithovirus genom är en cirkulär, dubbelsträngad DNA ( dsDNA ) kromosom på cirka 610 000 baspar (bp), som kodar för cirka 467 öppna läsramar (ORF), som översätts till 467 olika proteiner. Genomet kodar för alla proteiner som behövs för att producera mRNA ; dessa proteiner är närvarande i de renade virionerna. Pithovirus genomgår därför hela sin replikationscykel i sin värds cytoplasma , snarare än den mer typiska metoden att ta över värdens kärna.

Upptäckt

Pithovirus sibericum upptäcktes i ett 30 000 år gammalt prov av sibirisk permafrost av Chantal Abergel och Jean-Michel Claverie från Aix-Marseille University . Viruset upptäcktes begravt 30 m (100 fot) under ytan av ett sent Pleistocene sediment. Det hittades när flodbanksprover som samlades in 2000 exponerades för amöbor . Amöborna började dö och när de undersöktes visade det sig innehålla gigantiska virusexemplar. Författarna sa att de fick idén att undersöka permafrostprover för nya virus efter att ha läst om ett experiment som återupplivade ett liknande åldrat frö av Silene stenophylla två år tidigare. Pithovirusfynden publicerades i Proceedings of the National Academy of Sciences i mars 2014.

Även om viruset är ofarligt för människor, har dess livskraft efter att ha frysts i årtusenden väckt farhågor om att globala klimatförändringar och tundraborrningsoperationer kan leda till att tidigare oupptäckta och potentiellt patogena virus uppdagas. Andra forskare ifrågasätter dock att detta scenario utgör ett verkligt hot.

En modern art i släktet, Pithovirus massiliensis , isolerades 2016. Kärndragen såsom ordningen för ORF:er och föräldralösa gener (ORFans) är välbevarade mellan de två kända arterna.

Evolution

Mutationshastigheten av genomet har uppskattats till 2,23 × 10-6 ^{substitutioner} /plats/år. Författarna har föreslagit att dessa virus utvecklades för åtminstone hundratusentals år sedan.

Se även

• DNA-virus
• Lista över längst levande organismer
• Lista över virus
• Mikrobiologi
• Virologi
• Virusklassificering

externa länkar

• Viralzon : Pithovirus
• " Pithovirus sibericum " . NCBI Taxonomy Browser . 1450746.