Mikropeptid

Mikropeptider kan transkriberas från 5'UTR:er, små gener, polycistroniska mRNA:er eller felkommenterade lncRNA.

Mikropeptider (även kallade mikroproteiner) är polypeptider med en längd på mindre än 100-150 aminosyror som kodas av korta öppna läsramar (sORF). I detta avseende skiljer de sig från många andra aktiva små polypeptider, som produceras genom posttranslationell klyvning av större polypeptider. När det gäller storlek är mikropeptider betydligt kortare än "kanoniska" proteiner, som har en medellängd på 330 och 449 aminosyror i prokaryoter respektive eukaryoter. Mikropeptider namnges ibland efter deras genomiska läge. Till exempel kan den översatta produkten av en uppströms öppen läsram (uORF) kallas en uORF-kodad peptid (uPEP). Mikropeptider saknar en N-terminal signalsekvens, vilket tyder på att de sannolikt är lokaliserade till cytoplasman . Vissa mikropeptider har emellertid hittats i andra cellavdelningar, vilket indikeras av förekomsten av transmembranmikropeptider . De finns i både prokaryoter och eukaryoter. De sORFs från vilka mikropeptider translateras kan kodas i 5' UTR , små gener eller polycistroniska mRNA . Vissa mikropeptidkodande gener var ursprungligen felaktigt annoterade som långa icke-kodande RNA ( lncRNA).

Med tanke på deras ringa storlek förbises ursprungligen sORFs. Men hundratusentals förmodade mikropeptider har identifierats genom olika tekniker i en mängd organismer. Endast en liten bråkdel av dessa med kodningspotential har fått sitt uttryck och sin funktion bekräftad. De som har karaktäriserats funktionellt, har i allmänhet roller i cellsignalering , organogenes och cellulär fysiologi . När fler mikropeptider upptäcks så blir fler av deras funktioner. En reglerande funktion är den för peptoswitch, som hämmar uttryck av nedströms kodande sekvenser genom att stoppa ribosomer , genom deras direkta eller indirekta aktivering av små molekyler.

Identifiering

Olika experimentella tekniker finns för att identifiera potentiella s ORF och deras translationella produkter. Dessa tekniker är endast användbara för identifiering av sORF som kan producera mikropeptider och inte för direkt funktionell karakterisering.

RNA-sekvensering

En metod för att hitta potentiella sORFs, och därför mikropeptider, är genom RNA-sekvensering ( RNA-Seq) . RNA-Seq använder nästa generations sekvensering (NGS) för att bestämma vilka RNA som uttrycks i en given cell, vävnad eller organism vid en specifik tidpunkt. Denna insamling av data, känd som ett transkriptom , kan sedan användas som en resurs för att hitta potentiella sORFs. På grund av den stora sannolikheten att sORFs mindre än 100 aa inträffar av en slump, är ytterligare studier nödvändiga för att fastställa giltigheten av data som erhållits med denna metod.

Ribosomprofilering (Ribo-Seq)

Ribosomprofilering har använts för att identifiera potentiella mikropeptider i ett växande antal organismer, inklusive fruktflugor, zebrafiskar, möss och människor. En metod använder föreningar såsom harringtonin, puromycin eller laktimidomycin för att stoppa ribosomer vid translationsinitieringsställen. Detta indikerar var aktiv översättning äger rum. Translationstöjningsinhibitorer, såsom emetin eller cykloheximid, kan också användas för att erhålla ribosomfotspår som är mer sannolikt att resultera i en translaterad ORF. Om en ribosom är bunden vid eller nära en sORF kodar den förmodat för en mikropeptid.

Masspektrometri

Masspektrometri (MS) är guldstandarden för att identifiera och sekvensera proteiner. Med hjälp av denna teknik kan utredare avgöra om polypeptider i själva verket är översatta från en sORF.

Proteogenomiska tillämpningar

Proteogenomics kombinerar proteomics, genomics och transciptomics. Detta är viktigt när man letar efter potentiella mikropeptider. En metod för att använda proteogenomik innebär att man använder RNA-Seq-data för att skapa en anpassad databas med alla möjliga polypeptider. Vätskekromatografi följt av tandem MS (LC-MS/MS) utförs för att tillhandahålla sekvensinformation för translationsprodukter. Jämförelse av transkriptomiska och proteomiska data kan användas för att bekräfta närvaron av mikropeptider.

Fylogenetisk bevarande

Fylogenetisk bevarande kan vara ett användbart verktyg, särskilt när man siktar igenom en stor databas med sORFs. Sannolikheten för att en sORF resulterar i en funktionell mikropeptid är mer sannolikt om den är konserverad över flera arter. Detta kommer dock inte att fungera för alla sORFs. Till exempel är de som kodas av lncRNA mindre sannolikt att konserveras eftersom lncRNA själva inte har hög sekvenskonservering. Ytterligare experiment kommer att vara nödvändiga för att bestämma om en funktionell mikropeptid faktiskt produceras.

Validerar proteinkodande potential

Antikroppar

Anpassade antikroppar riktade mot mikropeptiden av intresse kan vara användbara för att kvantifiera uttryck eller bestämma intracellulär lokalisering. Som är fallet med de flesta proteiner kan lågt uttryck göra detektion svårt. Den lilla storleken på mikropeptiden kan också leda till svårigheter att utforma en epitop från vilken antikroppen kan riktas mot.

Märkning med CRISPR-Cas9

Genomredigering kan användas för att lägga till FLAG/MYC eller andra små peptidtaggar till en endogen sORF, vilket skapar fusionsproteiner. I de flesta fall är denna metod fördelaktig eftersom den kan utföras snabbare än att utveckla en anpassad antikropp. Det är också användbart för mikropeptider för vilka ingen epitop kan riktas mot.

In vitro-översättning

Denna process innefattar kloning av fullängdsmikropeptid-cDNA:t i en plasmid som innehåller en T7- eller SP6-promotor. Denna metod använder ett cellfritt proteinsyntetiseringssystem i närvaro av 35S -metionin för att producera peptiden av intresse. Produkterna kan sedan analyseras med gelelektrofores och den 35S -märkta peptiden visualiseras med hjälp av autoradiografi.

Databaser och arkiv

Det finns flera repositories och databaser som har skapats för både sORFs och mikropeptider. Ett förråd för små ORF som upptäckts genom ribosomprofilering finns på sORFs.org. Ett förråd av förmodade sORF-kodade peptider i Arabidopsis thaliana kan hittas på ARA-PEPs. En databas med små proteiner, speciellt kodade av icke-kodande RNA finns på SmProt.

Prokaryota exempel

Hittills har de flesta mikropeptider identifierats i prokaryota organismer. Medan de flesta ännu inte har karakteriserats fullt ut, av de som har studerats, verkar många vara avgörande för dessa organismers överlevnad. På grund av sin lilla storlek är prokaryoter särskilt mottagliga för förändringar i sin miljö och har som sådana utvecklat metoder för att säkerställa deras existens.

Escherichia coli (E. coli)

Mikropeptider uttryckta i E. coli exemplifierar bakteriella miljöanpassningar. De flesta av dessa har klassificerats i tre grupper: ledarpeptider, ribosomala proteiner och toxiska proteiner. Ledarproteiner reglerar transkription och/eller translation av proteiner involverade i aminosyrametabolism när aminosyror är knappa. Ribosomala proteiner inkluderar L36 ( rpmJ ) och L34 ( rpmH ), två komponenter i den 50S ribosomala subenheten. Toxiska proteiner, såsom ldrD , är toxiska vid höga nivåer och kan döda celler eller hämma tillväxt, vilket fungerar för att minska värdcellens livsduglighet.

Salmonella enterica (S. enterica)

Hos S. enterica är MgtC-virulensfaktorn involverad i anpassningen till miljöer med låg magnesiumhalt. Den hydrofoba peptiden MgrR, binder till MgtC, vilket orsakar dess nedbrytning av FtsH-proteaset.

Bacillus subtilis (B. subtilis)

46 aa Sda-mikropeptiden, uttryckt av B. subtilis , undertrycker sporulering när replikationsinitieringen försämras. Genom att hämma histidinkinas KinA förhindrar Sda aktiveringen av transkriptionsfaktorn Spo0A, som krävs för sporulering.

Staphylococcus aureus (S. aureus)

I S. aureus finns det en grupp mikropeptider, 20-22 aa, som utsöndras under värdinfektion för att störa neutrofila membran, vilket orsakar cellys. Dessa mikropeptider tillåter bakterien att undvika nedbrytning av det mänskliga immunsystemets huvudsakliga försvar.

Eukaryota exempel

Mikropeptider har upptäckts i eukaryota organismer från Arabidopsis thaliana till människor. De spelar olika roller i vävnads- och organutveckling, såväl som underhåll och funktion när de väl utvecklats. Medan många ännu inte har karaktäriserats funktionellt, och troligen fler återstår att upptäcka, är nedan en sammanfattning av nyligen identifierade eukaryota mikropeptidfunktioner.

Arabidopsis thaliana ( A. thaliana )

POLARIS (PLS) -genen kodar för en 36 aa mikropeptid. Det är nödvändigt för korrekt vaskulär bladmönstring och cellexpansion i roten. Denna mikropeptid interagerar med utvecklingsmässiga PIN-proteiner för att bilda ett kritiskt nätverk för hormonell överhörning mellan auxin, etylen och cytokinin.

ROTUNDIFOLIA (ROT4 ) i A. thaliana kodar för en 53 aa peptid, som lokaliseras till plasmamembranet hos bladceller. Mekanismen för ROT4-funktionen är inte väl förstått, men mutanter har korta rundade blad, vilket indikerar att denna peptid kan vara viktig i bladmorfogenesen.

Zea mays ( Z. mays )

Brick1 (Brk1) kodar för en 76 aa mikropeptid, som är mycket konserverad i både växter och djur. I Z. mays befanns det vara involverat i morfogenes av bladepitel, genom att främja multipla aktinberoende cellpolarisationshändelser i den utvecklande bladepidermis. Zm401p10 är en 89 aa mikropeptid, som spelar en roll i normal pollenutveckling i tapetum. Efter mitos är det också viktigt för nedbrytningen av tapetum. Zm908p11 är en mikropeptid med en längd på 97 aa, kodad av Zm908 -genen som uttrycks i mogna pollenkorn. Det lokaliseras till cytoplasman av pollenrör, där det hjälper till med deras tillväxt och utveckling.

Drosophila melanogaster ( D. melanogaster )

Den evolutionärt konserverade genen för polerat ris ( pri ), känd som tarsal-less (tal) i D. melanogaster , är involverad i epidermal differentiering. Detta polycistroniska transkript kodar för fyra liknande peptider, som sträcker sig mellan 11-32 aa i längd. De fungerar för att trunkera transkriptionsfaktorn Shavenbaby (Svb). Detta omvandlar Svb till en aktivator som direkt reglerar uttrycket av måleffektorer, inklusive miniatyr (m) och shavenoid (sha), som tillsammans är ansvariga för trikombildning.

Danio rerio ( D. rerio )

Elabela - genen ( Ela) (alias Apela, Toddler) är viktig för embryogenes. Det uttrycks specifikt under sena blastula- och gastrulastadier. Under gastrulation är det avgörande för att främja internaliseringen och djurpolsriktad rörelse av mes endodermala celler. Efter gastrulation uttrycks Ela i den laterala mesodermen, endoderm, såväl som den främre och bakre notokorden. Även om den annoterades som ett lncRNA i zebrafisk, mus och människa, visade sig 58-aa ORF vara mycket konserverad bland ryggradsdjursarter. Ela bearbetas genom avlägsnande av dess N-terminala signalpeptid och utsöndras sedan i det extracellulära utrymmet . Dess 34-aa mogna peptid fungerar som den första endogena liganden till en GPCR känd som Apelin Receptor . Den genetiska inaktiveringen av Ela eller Aplnr i zebrafisk resulterar i hjärtlösa fenotyper.

Mus musculus ( M. musculus )

Myoregulin (Mln) kodas av en gen som ursprungligen annoterades som ett lncRNA. Mln uttrycks i alla 3 typer av skelettmuskler och fungerar på samma sätt som mikropeptiderna fosfolamban (Pln) i hjärtmuskeln och sarkolipin (Sln) i långsam (typ I) skelettmuskel. Dessa mikropeptider interagerar med sarkoplasmatiskt retikulum Ca 2+ -ATPas (SERCA), en membranpump som ansvarar för att reglera Ca 2+ upptag i det sarkoplasmatiska retikulum (SR). Genom att hämma Ca 2+ -upptaget i SR orsakar de muskelavslappning. På liknande sätt kodar generna för endoregulin (ELN) och another-regulin (ALN) för transmembranmikropeptider som innehåller SERCA-bindningsmotivet och är konserverade i däggdjur.

Myomixer (Mymx) kodas av genen Gm7325, en muskelspecifik peptid, 84 aa lång, som spelar en roll under embryogenesen vid fusion och skelettmuskelbildning. Det lokaliseras till plasmamembranet och associeras med ett fusogent membranprotein, Myomaker (Mymk). Hos människor är genen som kodar för Mymx annoterad som okarakteriserad LOC101929726 . Ortologer finns också i genomet av sköldpaddan, grodan och fisken.

Homo sapiens ( H. sapiens )

Hos människor upptäcktes NoBody (icke-kommenterad P-kropps dissocierande polypeptid), en 68 aa mikropeptid, i det långa mellanliggande icke-kodande RNA:t (lincRNA) LINC01420 . Den har hög sekvensbevarande bland däggdjur och lokaliseras till P-kroppar . Det berikar proteiner associerade med 5'-mRNA-avkapsling . Det tros interagera direkt med Enhancer of mRNA Decapping 4 (EDC4).

ELABELA ( ELA) (alias APELA) är ett endogent hormon som utsöndras som en mikropeptid på 32 aminosyror av mänskliga embryonala stamceller . Det är viktigt att upprätthålla självförnyelsen och pluripotensen hos mänskliga embryonala stamceller . Dess signaler på ett autokrint sätt genom PI3/AKT- vägen via en ännu oidentifierad cellytereceptor . I differentierande mesoendermala celler binder ELA till och signalerar via APLNR , en GPCR som också kan svara på den hormonella peptiden APLN .

C7orf49 - genen, konserverad i däggdjur, när den alternativt splitsas förutsägs producera tre mikropeptider. MRI-1 har tidigare visat sig vara en modulator av retrovirusinfektion. Den andra förutsagda mikropeptiden, MRI-2, kan vara viktig vid icke-homolog ändsammanfogning (NHEJ) av DNA-dubbelsträngsbrott. I Co-immunoprecipitationsexperiment band MRI-2 till Ku70 och Ku80 , två subenheter av Ku , som spelar en viktig roll i NHEJ-vägen.

Mikropeptiden med 24 aminosyror, Humanin (HN), interagerar med det apoptosinducerande proteinet Bcl2-associerat X-protein (Bax). I sitt aktiva tillstånd genomgår Bax en konformationsförändring som exponerar membraninriktade domäner. Detta får det att flytta från cytosolen till mitokondriella membranet, där det sätter in och frisätter apoptogena proteiner som cytokrom c. Genom att interagera med Bax förhindrar HN Bax-inriktning av mitokondrierna och blockerar därigenom apoptos.

En mikropeptid av 90aa, "Small Regulatory Polypeptide of Amino Acid Response" eller SPAAR, befanns vara kodad i lncRNA LINC00961 . Det bevaras mellan människa och mus och lokaliseras till den sena endosomen/lysosomen. SPAAR interagerar med fyra subenheter av v-ATPas- komplexet, vilket hämmar mTORC1- translokation till den lysosomala ytan där den aktiveras. Nedreglering av denna mikropeptid möjliggör mTORC1-aktivering genom aminosyrastimulering, vilket främjar muskelregenerering.

  1. ^ a b c d e f g Crappé J, Van Criekinge W, Menschaert G (2014). "Små saker får stora saker att hända: En sammanfattning av gener som kodar för mikropeptider" . EuPA Open Proteomics . 3 : 128-137. doi : 10.1016/j.euprot.2014.02.006 .
  2. ^ a b c d e f g    Makarewich CA, Olson EN (september 2017). "Utvinning av mikropeptider" . Trender inom cellbiologi . 27 (9): 685–696. doi : 10.1016/j.tcb.2017.04.006 . PMC 5565689 . PMID 28528987 .
  3. ^    Guillén G, Díaz-Camino C, Loyola-Torres CA, Aparicio-Fabre R, Hernández-López A, Díaz-Sánchez M, Sanchez F (2013). "Detaljerad analys av förmodade gener som kodar för små proteiner i baljväxtgenom" . Frontiers in Plant Science . 4 : 208. doi : 10.3389/fpls.2013.00208 . PMC 3687714 . PMID 23802007 .
  4. ^   Hashimoto Y, Kondo T, Kageyama Y (juni 2008). "Lilliputians kommer in i rampljuset: ny klass av små peptidgener i morfogenesen" . Utveckling, Tillväxt & Differentiering . 50 Suppl 1: S269–76. doi : 10.1111/j.1440-169x.2008.00994.x . PMID 18459982 .
  5. ^   Zhang J (mars 2000). "Proteinlängdsfördelningar för livets tre domäner". Trender inom genetik . 16 (3): 107–9. doi : 10.1016/s0168-9525(99)01922-8 . PMID 10689349 .
  6. ^   Rothnagel J, Menschaert G (maj 2018). "Korta öppna läsramar och deras kodade peptider" . Proteomik . 18 (10): e1700035. doi : 10.1002/pmic.201700035 . PMID 29691985 .
  7. ^ a b    Anderson DM, Anderson KM, Chang CL, Makarewich CA, Nelson BR, McAnally JR, Kasaragod P, Shelton JM, Liou J, Bassel-Duby R, Olson EN (februari 2015). "En mikropeptid som kodas av ett förmodat långt icke-kodande RNA reglerar muskelprestanda" . Cell . 160 (4): 595–606. doi : 10.1016/j.cell.2015.01.009 . PMC 4356254 . PMID 25640239 .
  8. ^ a b    Bi P, Ramirez-Martinez A, Li H, Cannavino J, McAnally JR, Shelton JM, Sánchez-Ortiz E, Bassel-Duby R, Olson EN (april 2017). "Kontroll av muskelbildning genom den fusogena mikropeptidmyomixern" . Vetenskap . 356 (6335): 323–327. Bibcode : 2017Sci...356..323B . doi : 10.1126/science.aam9361 . PMC 5502127 . PMID 28386024 .
  9. ^ a b    Alix E, Blanc-Potard AB (februari 2008). "Peptid-assisterad nedbrytning av Salmonella MgtC virulensfaktor" . EMBO Journal . 27 (3): 546–57. doi : 10.1038/sj.emboj.7601983 . PMC 2241655 . PMID 18200043 .
  10. ^ a b    Burkholder WF, Kurtser I, Grossman AD (januari 2001). "Replikationsinitieringsproteiner reglerar en utvecklingskontrollpunkt i Bacillus subtilis". Cell . 104 (2): 269–79. doi : 10.1016/s0092-8674(01)00211-2 . hdl : 1721.1/83916 . PMID 11207367 . S2CID 15048130 .
  11. ^ a b c d e    Andrews SJ, Rothnagel JA (mars 2014). "Uppkommande bevis för funktionella peptider som kodas av korta öppna läsramar". Naturrecensioner. Genetik . 15 (3): 193–204. doi : 10.1038/nrg3520 . PMID 24514441 . S2CID 22543778 .
  12. ^ a b    Bazzini AA, Johnstone TG, Christiano R, Mackowiak SD, Obermayer B, Fleming ES, Vejnar CE, Lee MT, Rajewsky N, Walther TC, Giraldez AJ (maj 2014). "Identifiering av små ORF hos ryggradsdjur med hjälp av ribosomfotavtryck och evolutionär bevarande" . EMBO Journal . 33 (9): 981–93. doi : 10.1002/embj.201488411 . PMC 4193932 . PMID 24705786 .
  13. ^    Ingolia NT, Brar GA, Stern-Ginossar N, Harris MS, Talhouarne GJ, Jackson SE, Wills MR, Weissman JS (september 2014). "Ribosomprofilering avslöjar genomgripande översättning utanför annoterade proteinkodande gener" . Cellrapporter . 8 (5): 1365–79. doi : 10.1016/j.celrep.2014.07.045 . PMC 4216110 . PMID 25159147 .
  14. ^   Stern-Ginossar N, Ingolia NT (november 2015). "Ribosomprofilering som ett verktyg för att dechiffrera viral komplexitet". Årlig granskning av virologi . 2 (1): 335–49. doi : 10.1146/annurev-virology-100114-054854 . PMID 26958919 .
  15. ^ "sORFs.org: arkiv av små ORFs identifierade genom ribosomprofilering" . sorfs.org . Hämtad 2018-12-14 .
  16. ^    Olexiouk V, Crappé J, Verbruggen S, Verhegen K, Martens L, Menschaert G (januari 2016). "sORFs.org: ett förråd av små ORF:er identifierade genom ribosomprofilering" . Nukleinsyraforskning . 44 (D1): D324–9. doi : 10.1093/nar/gkv1175 . PMC 4702841 . PMID 26527729 .
  17. ^ "ARA-PEPs: Ett förråd av förmodade sORF-kodade peptider i Arabidopsis thaliana " . www.biw.kuleuven.be . Hämtad 2018-12-14 .
  18. ^    Hazarika RR, De Coninck B, Yamamoto LR, Martin LR, Cammue BP, van Noort V (januari 2017). "ARA-PEP: ett förråd av förmodade sORF-kodade peptider i Arabidopsis thaliana" . BMC Bioinformatik . 18 (1): 37. doi : 10.1186/s12859-016-1458-y . PMC 5240266 . PMID 28095775 .
  19. ^ "SmProt: en databas med små proteiner som kodas av annoterade kodande och icke-kodande RNA-loci" . bioinfo.ibp.ac.cn . Hämtad 2018-12-14 .
  20. ^   Hao Y, Zhang L, Niu Y, Cai T, Luo J, He S, Zhang B, Zhang D, Qin Y, Yang F, Chen R (juli 2018). "SmProt: en databas med små proteiner kodade av annoterade kodande och icke-kodande RNA-loci". Genomgångar i bioinformatik . 19 (4): 636–643. doi : 10.1093/bib/bbx005 . PMID 28137767 .
  21. ^    Hemm MR, Paul BJ, Schneider TD, Storz G, Rudd KE (december 2008). "Små membranproteiner hittade av jämförande genomik och ribosombindningsställemodeller" . Molekylär mikrobiologi . 70 (6): 1487–501. doi : 10.1111/j.1365-2958.2008.06495.x . PMC 2614699 . PMID 19121005 .
  22. ^    Wang R, Braughton KR, Kretschmer D, Bach TH, Queck SY, Li M, Kennedy AD, Dorward DW, Klebanoff SJ, Peschel A, DeLeo FR, Otto M (december 2007). "Identifiering av nya cytolytiska peptider som nyckelvirulensdeterminanter för gemenskapsassocierad MRSA". Naturmedicin . 13 (12): 1510–4. doi : 10.1038/nm1656 . PMID 17994102 . S2CID 8465052 .
  23. ^    Hemm MR, Paul BJ, Miranda-Ríos J, Zhang A, Soltanzad N, Storz G (januari 2010). "Små stressresponsproteiner i Escherichia coli: proteiner som missas av klassiska proteomiska studier" . Journal of Bakteriologi . 192 (1): 46–58. doi : 10.1128/jb.00872-09 . PMC 2798279 . PMID 19734316 .
  24. ^    Casson SA, Chilley PM, Topping JF, Evans IM, Souter MA, Lindsey K (augusti 2002). "POLARIS-genen från Arabidopsis kodar för en förutspådd peptid som krävs för korrekt rottillväxt och bladvaskulära mönster. " Växtcellen . 14 (8): 1705–21. doi : 10.1105/tpc.002618 . PMC 151460 . PMID 12172017 .
  25. ^    Chilley PM, Casson SA, Tarkowski P, Hawkins N, Wang KL, Hussey PJ, Beale M, Ecker JR, Sandberg GK, Lindsey K (november 2006). "POLARIS-peptiden från Arabidopsis reglerar auxintransport och rottillväxt via effekter på etylensignalering" . Växtcellen . 18 (11): 3058–72. doi : 10.1105/tpc.106.040790 . PMC 1693943 . PMID 17138700 .
  26. ^    Liu J, Mehdi S, Topping J, Friml J, Lindsey K (2013). "Interaktion mellan PLS och PIN och hormonell överhörning i Arabidopsis rotutveckling" . Frontiers in Plant Science . 4 : 75. doi : 10.3389/fpls.2013.00075 . PMC 3617403 . PMID 23577016 .
  27. ^   Narita NN, Moore S, Horiguchi G, Kubo M, Demura T, Fukuda H, Goodrich J, Tsukaya H (maj 2004). "Överuttryck av en ny liten peptid ROTUNDIFOLIA4 minskar cellproliferation och förändrar bladformen i Arabidopsis thaliana". Planttidningen . 38 (4): 699–713. doi : 10.1111/j.1365-313x.2004.02078.x . PMID 15125775 .
  28. ^    Frank MJ, Smith LG (maj 2002). "Ett litet, nytt protein som är mycket konserverat i växter och djur främjar polariserad tillväxt och delning av majsblads epidermala celler. " Aktuell biologi . 12 (10): 849–53. doi : 10.1016/s0960-9822(02)00819-9 . PMID 12015123 . S2CID 14725039 .
  29. ^   Wang D, Li C, Zhao Q, Zhao L, Wang M, Zhu D, Ao G, Yu J (2009). "Zm401p10, kodad av en ståndarknappsspecifik gen med korta öppna läsramar, är avgörande för tapetumdegeneration och ståndarknappsutveckling i majs". Funktionell växtbiologi . 36 (1): 73–85. doi : 10.1071/fp08154 . PMID 32688629 .
  30. ^    Dong X, Wang D, Liu P, Li C, Zhao Q, Zhu D, Yu J (maj 2013). "Zm908p11, kodad av en gen för kort öppen läsram (sORF), fungerar i pollenrörstillväxt som en profilinligand i majs" . Journal of Experimental Botany . 64 (8): 2359–72. doi : 10.1093/jxb/ert093 . PMC 3654424 . PMID 23676884 .
  31. ^    Kondo T, Plaza S, Zanet J, Benrabah E, Valenti P, Hashimoto Y, Kobayashi S, Payre F, Kageyama Y (juli 2010). "Små peptider ändrar transkriptionsaktiviteten hos Shavenbaby under Drosophila embryogenes". Vetenskap . 329 (5989): 336–9. Bibcode : 2010Sci...329..336K . doi : 10.1126/science.1188158 . PMID 20647469 . S2CID 2927777 .
  32. ^ a b c   Chng SC, Ho L, Tian J, Reversade B (december 2013). "ELABELA: ett hormon som är nödvändigt för hjärtutvecklingssignaler via apelinreceptorn" . Utvecklingscell . 27 (6): 672–80. doi : 10.1016/j.devcel.2013.11.002 . PMID 24316148 .
  33. ^    Pauli A, Norris ML, Valen E, Chew GL, Gagnon JA, Zimmerman S, Mitchell A, Ma J, Dubrulle J, Reyon D, Tsai SQ, Joung JK, Saghatelian A, Schier AF (februari 2014). "Småbarn: en embryonal signal som främjar cellrörelse via Apelin-receptorer" . Vetenskap . 343 (6172): 1248636. doi : 10.1126/science.1248636 . PMC 4107353 . PMID 24407481 .
  34. ^     Deshwar, Ashish R; Chng, Serene C; Hej Lena; Reversade, Bruno; Scott, Ian C (2016-04-14). Robertson, Elizabeth (red.). "Apelin-receptorn förbättrar Nodal/TGFβ-signalering för att säkerställa korrekt hjärtutveckling" . eLife . 5 : e13758. doi : 10.7554/eLife.13758 . ISSN 2050-084X . PMC 4859801 . PMID 27077952 .
  35. ^    Scott, Ian C.; Masri, Bernard; D'Amico, Leonard A.; Jin, Suk-Won; Jungblut, Benno; Wehman, Ann M.; Baier, Herwig; Audigier, Yves; Stainier, Didier YR (mars 2007). "Den g-proteinkopplade receptorn agtrl1b reglerar tidig utveckling av myokardiska stamceller" . Utvecklingscell . 12 (3): 403–413. doi : 10.1016/j.devcel.2007.01.012 . ISSN 1534-5807 . PMID 17336906 .
  36. ^    D'Lima NG, Ma J, Winkler L, Chu Q, Loh KH, Corpuz EO, Budnik BA, Lykke-Andersen J, Saghatelian A, Slavoff SA (februari 2017). "Ett mänskligt mikroprotein som interagerar med mRNA-avkapslingskomplexet" . Naturens kemiska biologi . 13 (2): 174–180. doi : 10.1038/nchembio.2249 . PMC 5247292 . PMID 27918561 .
  37. ^    Hej, Lena; Tan, Shawn YX; Wee, Sheena; Wu, Yixuan; Tan, Sam JC; Ramakrishna, Navin B.; Chng, Serene C.; Nama, Srikanth; Szczerbinska, Iwona; Sczerbinska, Iwona; Chan, Yun-Shen (2015-10-01). "ELABELA är en endogen tillväxtfaktor som upprätthåller hESC-självförnyelse via PI3K/AKT-vägen" . Cellstamcell . 17 (4): 435–447. doi : 10.1016/j.stem.2015.08.010 . ISSN 1875-9777 . PMID 26387754 .
  38. ^    Slavoff SA, Heo J, Budnik BA, Hanakahi LA, Saghatelian A (april 2014). "En human kort öppen läsram (sORF)-kodad polypeptid som stimulerar DNA-ändsammanfogning" . Journal of Biological Chemistry . 289 (16): 10950–7. doi : 10.1074/jbc.c113.533968 . PMC 4036235 . PMID 24610814 .
  39. ^    Guo B, Zhai D, Cabezas E, Welsh K, Nouraini S, Satterthwait AC, Reed JC (maj 2003). "Humanin peptid undertrycker apoptos genom att störa Bax-aktivering". Naturen . 423 (6938): 456–61. Bibcode : 2003Natur.423..456G . doi : 10.1038/nature01627 . PMID 12732850 . S2CID 4423176 .
  40. ^    Matsumoto A, Pasut A, Matsumoto M, Yamashita R, Fung J, Monteleone E, Saghatelian A, Nakayama KI, Clohessy JG, Pandolfi PP (januari 2017). "mTORC1 och muskelregenerering regleras av den LINC00961-kodade SPAR-polypeptiden". Naturen . 541 (7636): 228–232. Bibcode : 2017Natur.541..228M . doi : 10.1038/nature21034 . PMID 28024296 . S2CID 205253245 .

Kategori:Peptider

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Micropeptide&oldid=1136556693 "