Metyl-CpG-bindande domän
| MBD- | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 lösningsstruktur för mänskliga MECO2-
| |||||||||
| identifierare | |||||||||
| Symbol | MBD | ||||||||
| Pfam | PF01429 | ||||||||
| Pfam klan | CL0081 | ||||||||
| InterPro | IPR001739 | ||||||||
| SCOP2 | 1qk9 / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd00122 | ||||||||
| |||||||||
Den metyl-CpG-bindande domänen (MBD) inom molekylärbiologi binder till DNA som innehåller en eller flera symmetriskt metylerade CpG . MBD har försumbar ospecifik affinitet för ometylerat DNA. In vitro fotavtryck med det kromosomala proteinet MeCP2 visade att MBD kunde skydda en 12 nukleotidregion som omger ett metyl CpG-par.
DNA-metylering vid CpG-dinukleotider, den vanligaste DNA-modifieringen i eukaryoter, har associerats med olika fenomen såsom förändringar i kromatinstruktur, genomisk prägling, transposon- och kromosom X- inaktivering, differentiering och cancer . Effekter av DNA-metylering medieras genom proteiner som binder till symmetriskt metylerade CpG. Sådana proteiner innehåller en specifik domän av ~70 rester, den metyl-CpG-bindande domänen (MBD), som är kopplad till ytterligare domäner associerade med kromatin, såsom bromodomänen , AT- krokmotivet , SET-domänen eller PHD-fingret . MBD-innehållande proteiner verkar fungera som strukturella proteiner, som rekryterar en mängd olika histondeacetylas (HDAC)-komplex och kromatinremodelleringsfaktorer , vilket leder till kromatinkomprimering och, följaktligen, till transkriptionell repression . MBD av MeCP2, MBD1 , MBD2 , MBD4 och BAZ2 förmedlar bindning till DNA, och i fall av MeCP2, MBD1 och MBD2, företrädesvis till metylerat CpG. I human MBD3 och SETDB1 har MBD visat sig förmedla protein-proteininteraktioner . MBD finns också i DNA- demetylas .
MBD:n viks till en alfa/beta-sandwichstruktur som består av ett lager av vridet beta-ark, uppbackat av ett annat lager bildat av alfa1- helixen och en hårnålsögla vid C-terminalen. Dessa lager är båda amfipatiska , med alfa1-helixen och beta-arket som ligger parallellt och de hydrofoba ytorna tätt packade mot varandra. Betaarket består av två långa inre strängar (beta2 och beta3) inklämda av två kortare yttre strängar (beta1 och beta4).
Strukturen för MBD-domänen bunden till metylerat DNA har lösts (). Den känner igen hydratiseringen av huvudspåret på metylerade platser.