AT-krok

AT-hook-
lösningsstruktur av ett komplex av den andra dna-bindande domänen av human hmg-i(y) bunden till dna-dodecamer innehållande prdii-stället för interferon-beta-promotorn, nmr, 35 strukturer
Identifierare
Symbol	AT_hook
Pfam	PF02178
InterPro	IPR017956
SMART	AT_hook
SCOP2	2eze / SCOPe / SUPFAM
Tillgängliga proteinstrukturer: Pfam   strukturer / ECOD   PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsumma struktur sammanfattning

Den andra AT-kroken av HMGA1 (svart band) band till det mindre spåret av AT-rikt DNA. Aminosyrasidokedjorna och nukleotiderna har gömts.

AT -kroken är ett DNA-bindande motiv som finns i många proteiner, inklusive proteiner med hög mobilitetsgrupp (HMG) , DNA-bindande proteiner från växter och hBRG1-protein, ett centralt ATPas för det mänskliga byte/sackaros icke-fermenterande (SWI/ SNF) ombyggnadskomplex .

Detta motiv består av en konserverad, palindromisk kärnsekvens av prolin - arginin - glycin - arginin - prolin , även om vissa AT-krokar bara innehåller en enda prolin i kärnsekvensen. AT-krokar inkluderar också ett variabelt antal positivt laddade lysin- och argininrester på vardera sidan av kärnsekvensen. AT-kroken binder till det mindre spåret av adenin - tymin (AT) rikt DNA, därav AT i namnet. Resten av namnet härstammar från en förutspådd asparagin / aspartat- "krok" i de tidigaste AT-krokarna som rapporterades 1990. 1997 fastställde strukturella studier med NMR att en DNA-bunden AT-krok antog en halvmåne eller krokform runt det mindre spåret av en mål-DNA-sträng (bilden till höger). HMGA-proteiner innehåller tre AT-krokar, även om vissa proteiner innehåller så många som 30. De optimala bindningssekvenserna för AT-hookproteiner är upprepningar av formen (ATAA) n _eller (TATT) _n , även om de optimala bindningssekvenserna för kärnsekvensen av AT-kroken är AAAT och AATT.