Histon-lysin N-metyltransferas SETDB1 är ett enzym som hos människor kodas av SETDB1 -genen . SETDB1 är också känd som KMT1E eller H3K9 metyltransferas ESET.
SET -domänen är ett mycket konserverat motiv på cirka 150 aminosyror som är inblandat i moduleringen av kromatinstrukturen . Det identifierades ursprungligen som en del av en större konserverad region som finns i Drosophila Trithorax-proteinet och identifierades därefter i proteinerna Drosophila Su(var)3-9 och 'Enhancer of zeste', från vilka akronymen SET härrör. Studier har föreslagit att SET-domänen kan vara en signatur av proteiner som modulerar transkriptionellt aktiva eller undertryckta kromatintillstånd genom kromatinremodelleringsaktiviteter.
Modellorganismer har använts i studien av SETDB1-funktionen. En villkorlig knockout-muslinje , kallad Setdb1 tm1a(EUCOMM)Wtsi genererades som en del av programmet International Knockout Mouse Consortium - ett högkapacitetsmutagenesprojekt för att generera och distribuera djurmodeller av sjukdomar till intresserade forskare.
Han- och hondjur genomgick en standardiserad fenotypisk screening för att bestämma effekterna av deletion. Tjugosju tester utfördes på muterade möss och fyra signifikanta abnormiteter observerades. Inga homozygota muterade embryon identifierades under dräktigheten, och därför överlevde inga förrän avvänjningen . De återstående testerna utfördes på heterozygota muterade vuxna möss och två signifikanta abnormiteter observerades. Kvinnor hade onormala perifera blodlymfocytdata och båda könen visade ökad benstyrka och mineralinnehåll.
Zebrafisk är en viktig modellorganism för att studera utvecklingsbiologi och har använts för att studera cancergenetik. En screening för att identifiera nya onkogener i melanom utförd i zebrafisk identifierade SETDB1 som en onkogen som samarbetar med en annan cancergen, BRAF, för att påskynda uppkomsten av melanom. Efterföljande rapporter har kopplat SETDB1 till hepatocellulärt karcinom
Gevaert K, Staes A, Van Damme J, De Groot S, Hugelier K, Demol H, Martens L, Goethals M, Vandekerckhove J (2005). "Global fosfoproteomanalys på humana HepG2-hepatocyter med användning av omvänd fas diagonal LC". Proteomik . 5 (14): 3589–99. doi : 10.1002/pmic.200401217 . PMID 16097034 . S2CID 895879 .
Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (2005). "Ett mänskligt protein-proteininteraktionsnätverk: en resurs för att kommentera proteomen". Cell . 122 (6): 957–68. doi : 10.1016/j.cell.2005.08.029 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-8592-0 . PMID 16169070 . S2CID 8235923 .
Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (2005). "Mot en karta i proteomskala över det mänskliga protein-proteininteraktionsnätverket". Naturen . 437 (7062): 1173–8. Bibcode : 2005Natur.437.1173R . doi : 10.1038/nature04209 . PMID 16189514 . S2CID 4427026 .
