MBD3

MBD3
Tillgängliga strukturer
PDB	Ortologisk sökning:
Lista över PDB-id-koder
Identifierare
	, metyl-CpG-bindande domänprotein 3
Externa ID:n
Genplacering ( Human )
Chr.
Slutet
Genplacering ( Mus )
Chr.
Slutet
RNA uttrycksmönster
	; ;
Genontologi
Molekylär funktion
Cellkomponent
Biologisk process
	Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer
	Wikidata
Visa/redigera människa	Visa/redigera mus

Metyl-CpG-bindande domänprotein 3 är ett protein som hos människor kodas av MBD3 -genen .

Fungera

DNA-metylering är den största modifieringen av eukaryota genom och spelar en viktig roll i utvecklingen av däggdjur. Humana proteiner MECP2 , MBD1 , MBD2 , MBD3 och MBD4 innefattar en familj av nukleära proteiner relaterade till närvaron i var och en av en metyl-CpG-bindande domän (MBD). Men till skillnad från de andra familjemedlemmarna kan MBD3 inte binda till metylerat DNA utan binder istället till hydroxymetylerat DNA . Det förutspådda MBD3-proteinet delar 71 % och 94 % identitet med MBD2 (isoform 1) och mus Mbd3. MBD3 är en subenhet av NuRD , ett multisubunit-komplex som innehåller nukleosomremodellering och histon-deacetylasaktiviteter. MBD3 förmedlar associationen av metastasassocierat protein 2 (MTA2) med histondeacetylas-komplexet.

MBD3 innehåller också den coiled-coil- domän som är gemensam för alla tre MBD3-isoformer. Den coiled-coil-domänen, men inte MBD-domänen, hjälper till att upprätthålla pluripotensen hos embryonala stamceller via rekryteringen av polycomb repressivt komplex 2 till en undergrupp av gener kopplade till utveckling och organogenes, vilket skapar stabil transkriptionell repression.

Interaktioner

MBD3 har visat sig interagera med:

AURKA ,
GATAD2B ,
HDAC1 ,
MTA2 och
MBD2 .

Vidare läsning

Shen L, Zhang Y (juni 2013). "5-Hydroxymethylcytosin: generation, öde och genomisk distribution" . Aktuell åsikt i cellbiologi . 25 (3): 289–96. doi : 10.1016/j.ceb.2013.02.017 . PMC 4060438 . PMID 23498661 .
Abbott WM, Mellor A, Edwards Y, Feizi T (april 1989). "Lösligt bovint galaktosbindande lektin. cDNA-kloning avslöjar den fullständiga aminosyrasekvensen och en antigen relation med den huvudsakliga encefalitogena domänen av myelinbasprotein. " The Biochemical Journal . 259 (1): 283–90. doi : 10.1042/bj2590283 . PMC 1138502 . PMID 2470348 .
Zhang Y, LeRoy G, Seelig HP, Lane WS, Reinberg D (oktober 1998). "Det dermatomyosit-specifika autoantigenet Mi2 är en komponent i ett komplex som innehåller histon-deacetylas och nukleosomombyggnadsaktiviteter. " Cell . 95 (2): 279–89. doi : 10.1016/S0092-8674(00)81758-4 . PMID 9790534 . S2CID 18786866 .
Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, Kingston RE, Schreiber SL (oktober 1998). "Kromatindeacetylering av ett ATP-beroende nukleosomombyggnadskomplex". Naturen . 395 (6705): 917–21. Bibcode : 1998Natur.395..917T . doi : 10.1038/27699 . PMID 9804427 . S2CID 4355885 .
Zhang Y, Ng HH, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Bird A, Reinberg D (augusti 1999). "Analys av NuRD-subenheterna avslöjar ett histon-deacetylas-kärnkomplex och ett samband med DNA-metylering. " Gener & Utveckling . 13 (15): 1924–35. doi : 10.1101/gad.13.15.1924 . PMC 316920 . PMID 10444591 .
Wade PA, Gegonne A, Jones PL, Ballestar E, Aubry F, Wolffe AP (september 1999). "Mi-2-komplex kopplar DNA-metylering till kromatinremodellering och histondeacetylering". Naturgenetik . 23 (1): 62–6. doi : 10.1038/12664 . PMID 10471500 . S2CID 52868103 .
Tatematsu KI, Yamazaki T, Ishikawa F (augusti 2000). "MBD2-MBD3-komplex binder till hemi-metylerat DNA och bildar ett komplex som innehåller DNMT1 vid replikationsfoci i sen S-fas" . Gener till celler . 5 (8): 677–88. doi : 10.1046/j.1365-2443.2000.00359.x . PMID 10947852 . S2CID 25185979 .
Humphrey GW, Wang Y, Russanova VR, Hirai T, Qin J, Nakatani Y, Howard BH (mars 2001). "Stabila histon-deacetylaskomplex kännetecknas av närvaron av SANT-domänproteiner CoREST/kiaa0071 och Mta-L1" . Journal of Biological Chemistry . 276 (9): 6817–24. doi : 10.1074/jbc.M007372200 . PMID 11102443 .
Shi Y, Downes M, Xie W, Kao HY, Ordentlich P, Tsai CC, Hon M, Evans RM (maj 2001). "Sharp, en inducerbar kofaktor som integrerar nukleär receptorrepression och aktivering" . Gener & Utveckling . 15 (9): 1140–51. doi : 10.1101/gad.871201 . PMC 312688 . PMID 11331609 .
Feng Q, Cao R, Xia L, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Zhang Y (januari 2002). "Identifiering och funktionell karakterisering av p66/p68-komponenterna i MeCP1-komplexet" . Molekylär och cellulär biologi . 22 (2): 536–46. doi : 10.1128/MCB.22.2.536-546.2002 . PMC 139742 . PMID 11756549 .
Schlegel J, Güneysu S, Mennel HD (2002). "Uttryck av generna av metylbindande domänproteiner i mänskliga gliom". Onkologiska rapporter . 9 (2): 393–5. doi : 10.3892/eller.9.2.393 . PMID 11836615 .
Saito M, Ishikawa F (september 2002). "Den mCpG-bindande domänen av human MBD3 binder inte till mCpG utan interagerar med NuRD/Mi2-komponenterna HDAC1 och MTA2" . Journal of Biological Chemistry . 277 (38): 35434–9. doi : 10.1074/jbc.M203455200 . PMID 12124384 .
Brackertz M, Boeke J, Zhang R, Renkawitz R (oktober 2002). "Två mycket besläktade p66-proteiner utgör en ny familj av potenta transkriptionsrepressorer som interagerar med MBD2 och MBD3. " Journal of Biological Chemistry . 277 (43): 40958–66. doi : 10.1074/jbc.M207467200 . PMID 12183469 .
Sakai H, Urano T, Ookata K, Kim MH, Hirai Y, Saito M, Nojima Y, Ishikawa F (december 2002). "MBD3 och HDAC1, två komponenter i NuRD-komplexet, är lokaliserade vid Aurora-A-positiva centrosomer i M-fas" . Journal of Biological Chemistry . 277 (50): 48714–23. doi : 10.1074/jbc.M208461200 . PMID 12354758 .
Fujita N, Jaye DL, Kajita M, Geigerman C, Moreno CS, Wade PA (april 2003). "MTA3, en Mi-2/NuRD komplex subenhet, reglerar en invasiv tillväxtväg vid bröstcancer" . Cell . 113 (2): 207–19. doi : 10.1016/S0092-8674(03)00234-4 . PMID 12705869 . S2CID 5773916 .
Fujita N, Jaye DL, Geigerman C, Akyildiz A, Mooney MR, Boss JM, Wade PA (oktober 2004). "MTA3 och Mi-2/NuRD-komplexet reglerar cellöde under B-lymfocytdifferentiering" . Cell . 119 (1): 75–86. doi : 10.1016/j.cell.2004.09.014 . PMID 15454082 . S2CID 17391732 .