Förmodad gen
En förmodad gen är ett segment av DNA som tros vara en gen . Förmodade gener kan dela sekvenslikheter med redan karakteriserade gener och kan därför antas att de delar en liknande funktion, men den exakta funktionen hos förmodade gener förblir okänd. Nyligen identifierade sekvenser anses vara förmodade genkandidater när homologer av dessa sekvenser visar sig vara associerade med fenotypen av intresse.
Exempel
Exempel på studier som involverar förmodade gener inkluderar upptäckten av 30 förmodade receptorgener som finns i råttas vomeronasala organ (VNO) och identifieringen av 79 förmodade TATA-boxar som finns i många växtgenom.
Praktisk betydelse
För att definiera och karakterisera ett biosyntetiskt genkluster måste alla de förmodade generna inom nämnda kluster först identifieras och deras funktioner måste karakteriseras. Detta kan utföras genom kompletterings- och knock-out-experiment. I processen att karakterisera förmodade gener blir genomet som studeras allt mer välförstått eftersom fler interaktioner kan identifieras. Identifiering av förmodade gener är nödvändig för att studera genomisk evolution, eftersom en betydande del av genomen utgör större familjer av relaterade gener. Genomisk evolution sker genom processer som duplicering av individuella gener, genomsegment eller hela genom. Dessa processer kan resultera i funktionsförlust , förändrad funktion eller funktionsförstärkning och har drastiska effekter på fenotypen.
DNA-mutationer utanför en förmodad gen kan verka genom positionseffekt, där de förändrar genuttrycket. Dessa förändringar lämnar transkriptionsenheten och promotorn för genen intakta, men kan involvera distala promotorer, förstärkare/ljuddämpare eller den lokala kromatinmiljön. Dessa mutationer kan associeras med sjukdomar eller störningar associerade med genen.
Identifiering
Förmodade gener kan identifieras genom att gruppera stora grupper av sekvenser genom mönster och ordna genom ömsesidig likhet eller kan härledas av potentiella TATA-boxar .
Förmodade gener kan också identifieras genom att känna igen skillnader mellan välkända genkluster och genkluster med en unik profilering.
Mjukvaruverktyg har utvecklats för att automatiskt identifiera förmodade gener. Detta görs genom att söka efter genfamiljer och testa giltigheten av okarakteriserade gener genom att jämföra med redan identifierade gener.
Proteinprodukter kan identifieras och användas för att karakterisera den förmodade genen som kodar för den.
Se även
externa länkar
| Nyckelkomponenter | |
|---|---|
| Fält | |
| Arkeogenetik av | |
| Relaterade ämnen | |
| Listor | |
