De diplomatiska förbindelserna mellan Indonesien och Kanada inleddes formellt när de två länderna undertecknade ett avtal om att öppna diplomatiska beskickningar i sina respektive huvudstäder den 9 oktober 1952. Relationerna mellan de två länderna startade dock 1948, när Indonesien kämpade för att få internationellt erkännande för sin självständighet från sin tidigare kolonialmakt 1945. Kanada lyckades genom general Andrew McNaughton som president för FN: s säkerhetsråd bryta dödläget i förhandlingarna om att lösa konflikten mellan Indonesien och Nederländerna som resulterade i antagandet av resolution 67 /1949, som stödde inrättandet av en holländsk-indonesisk rundabordskonferens . Trepartsförhandlingar ledde till ett internationellt erkännande av Indonesiens suveränitet i december 1949.
Kanada började stödja ekonomisk utveckling i Indonesien genom Colomboplanen under 1950-talet. Under trettio år mellan 1967 och 2007 gav Kanada bistånd till Indonesien inom de internationella samordningsarrangemang som upprättats under den mellanstatliga gruppen för Indonesien och den rådgivande gruppen för Indonesien . Som utvecklingspartner arbetar Kanada nära Indonesien för att stödja hållbar ekonomisk tillväxt och minska sårbarheten för fattigdom. Den kanadensiska internationella utvecklingsbyrån (CIDA) hanterade Kanadas bilaterala program för utvecklingsbistånd till Indonesien tills det veks in i Global Affairs Canada . CIDA gjorde Indonesien till ett stort "koncentrationsland" för det kanadensiska utvecklingssamarbetet, där Indonesien rankades så högt som på andra plats bland kanadensiska biståndsmottagare på 1980-talet. Det kanadensiska stödet till Indonesiens utveckling fortsätter på en lägre nivå.
Handel
Data från Indonesian Investment Coordinating Board visar att kanadensiska investeringar i Indonesien för perioden 2005 fram till 2011 bestod av 37 projekt värda 157 miljoner USD. Den största sektorn både efter antal projekt och investeringsvärde är gruvindustrin. Det största antalet kanadensiska investeringsprojekt finns på ön Java , men det största investeringsvärdet i dollar finns i Sulawesi.
