Bechara El-Khoury de jure erkände Indonesiens republik den 29 juli 1947. Libanon var den tredje nationen som erkände Indonesiens suveränitet efter Egypten och Syrien . De diplomatiska förbindelserna upprättades officiellt 1950, genom den indonesiska ambassaden i Kairo som också ackrediterade till Libanon. I mitten av 1950-talet etablerade Indonesien sitt representationskontor i Beirut, men det stängdes 1976 på grund av det libanesiska inbördeskriget . 1995 etablerade Libanon sin ambassad i Jakarta och återgäldades av Indonesien under följande år. Indonesien etablerade sin ambassad i Beirut 1996 och ett generalkonsulat i Tripoli 1997, den näst största staden i Libanon.
