Escherichia coli sRNA

Escherichia coli innehåller ett antal små RNA som finns i intergena regioner av dess genom . Förekomsten av minst 55 av dessa har verifierats experimentellt. 275 potentiella sRNA-kodande loci identifierades beräkningsmässigt med hjälp av QRNA-programmet. Dessa loci kommer att inkludera falska positiva, så antalet sRNA-gener i E. coli kommer sannolikt att vara mindre än 275. En beräkningsscreening baserad på promotorsekvenser igenkända av sigmafaktorn sigma 70 och på Rho -oberoende terminatorer förutspådde 24 förmodade sRNA-gener 14 av dessa verifierades experimentellt med northern blotting . De experimentellt verifierade sRNA:erna inkluderade de väl karakteriserade sRNA:n RprA och RyhB . Många av de sRNA som identifieras i denna screening, inklusive RprA, RyhB, SraB och SraL , uttrycks endast i den stationära fasen av bakteriell celltillväxt. En screening för sRNA-gener baserad på homologi med Salmonella och Klebsiella identifierade 59 sRNA-kandidatgener. Från denna uppsättning av kandidatgener mikroarrayanalys och northern blotting förekomsten av 17 tidigare obeskrivna sRNA, av vilka många binder till chaperonproteinet Hfq och reglerar translationen av RpoS ( Sigma 38 ). UptR -sRNA som transkriberats från uptR -genen är inblandat i att undertrycka extracytoplasmatisk toxicitet genom att minska mängden membranbundet toxiskt hybridprotein.

Cellmotilitetsförbättrande sRNA med namnet Esr41 , upptäcktes i den intergena regionen av patogen enterohemorragisk E.coli (EHEC) O157:H7 Sakai. Esr41-sekvensen är inte närvarande i icke-patogen E. coli K12, men sRNA kan inducera cellmotilitet i K12 också, vilket tyder på att målgener som kontrolleras av Esr41 är närvarande i båda E. coli .

Trans -kodat litet RNA RalA har 16 nukleotider som är komplementära till den kodande regionen av toxin RalR mRNA. RalA fungerar som ett antitoxin genom att förhindra translation av RalR (ett ospecifikt endonukleas som klyver metylerat och ometylerat DNA). Dess aktivitet kräver RNA chaperone Hfq. RalR och RalA bildar ett typ I -toxin-antitoxin (TA) system. RalR/RaLA TA-lokus är ansvarigt för resistens mot antibiotikumet fosfomycin i E.coli .

Djupsekvensering av RNA uttryckt under kemisk stress och hög celldensitetsfermentering upptäckte 253 nya intergena transkript som adderade till ungefär 200 intergena sRNA som tidigare beskrivits i E. coli. Flera av sRNA:n uppvisade specifika uttrycksmönster under fermentering med hög celldensitet och uttrycks differentiellt i närvaro av flera kemikalier, vilket tyder på att de kan spela roller under stressförhållanden. De nya sRNA:n som visade differentiellt uttryck i flera stresstillstånd var: ES003, ES036, ES056, ES098, ES173, ES180, ES205, ES220, ES222, ES239.

Esre sRNA, för "essentiellt litet RNA i E. coli ", är beläget i 3′-delen av yigP -genen (även känd som ubiJ), som är involverad i coenzym Q8-biosyntes i Escherichia coli och Salmonella enterica serovar Typhimurium.

AgrB antisen-RNA ( a rsR- g ov r egion gen B) transkriberas mittemot dinQ (översätts till en giftig enkel transmembranpeptid) med 30 komplementära nukleotider. AgrB verkar undertrycka ackumulering av dinQ genom RNA-interferens och motverkar dess toxicitet.

Vidare läsning

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Escherichia_coli_sRNA&oldid=1136403568 "