Mycobacterium tuberculosis sRNA
Mycobacterium tuberculosis innehåller minst nio små RNA- familjer i genomet . De små RNA-familjerna (sRNA) identifierades genom RNomics – den direkta analysen av RNA-molekyler isolerade från kulturer av Mycobacterium tuberculosis . sRNA:n karakteriserades genom RACE-kartläggning och Northern blot -experiment. Sekundära strukturer av sRNA förutspåddes med användning av Mfold.
sRNAPredict2 – ett bioinformatiskt verktyg – föreslog 56 förmodade sRNA i M. tuberculosis , även om dessa ännu inte har verifierats experimentellt. Hfq-proteinhomologer har ännu inte hittats i M. tuberculosis ; en alternativ väg – som potentiellt involverar konserverade C -rika motiv – har teoretiserats för att möjliggöra transagerande sRNA-funktionalitet.
sRNA visades ha viktiga fysiologiska roller i M. tuberculosis . Överuttryck av G2-sRNA förhindrade till exempel tillväxt av M. tuberculosis och reducerade kraftigt tillväxten av M. smegmatis ; ASdes sRNA tros vara en cis-verkande regulator av ett fettsyradesaturas (desA2) medan ASpks hittas med den öppna läsramen för polyketidsyntas -12 ( pks12 ) och är en antisensregulator av pks12 mRNA .
sRNA:t ncrMT1302 visade sig flankeras av de öppna läsramarna MT1302 och MT1303 . MT1302 kodar för ett adenylylcyklas som omvandlar ATP till cAMP , uttrycket av ncrMT1302 regleras av cAMP och pH .
Mcr7 -sRNA som kodas av mcr7 -genen modulerar translation av tatC -mRNA:t och påverkar aktiviteten hos Twin Arginine Translocation (Tat)-proteinsekretionsapparaten.
npcTB_6715 är ett första sRNA identifierat som en potentiell biomarkör för detektering av MTB hos patienter.
Se även
- Bacillus subtilis sRNA
- Bakteriellt litet RNA
- Brucella sRNA
- Bacteroides thetaiotaomicron sRNA
- Caenorhabditis elegans sRNA
- Escherichia coli sRNA
- Pseudomonaa sRNA
|
Galleri av M. tuberculosis små RNA sekundära strukturbilder
| |
|---|---|
Vidare läsning
- Pánek J, Bobek J, Mikulík K, Basler M, Vohradský J (maj 2008). "Bioberäkningsförutsägelse av små icke-kodande RNA i Streptomyces" . BMC Genomics . 9 : 217. doi : 10.1186/1471-2164-9-217 . PMC 2422843 . PMID 18477385 .
- Livny J, Waldor MK (april 2007). "Identifiering av små RNA i olika bakteriearter". Aktuell åsikt i mikrobiologi . 10 (2): 96–101. doi : 10.1016/j.mib.2007.03.005 . PMID 17383222 .
- Cole ST, Brosch R, Parkhill J, Garnier T, Churcher C, Harris D, et al. (juni 1998). "Dechiffrera biologin för Mycobacterium tuberculosis från den fullständiga genomsekvensen" . Naturen . 393 (6685): 537–544. Bibcode : 1998Natur.393..537C . doi : 10.1038/31159 . PMID 9634230 .
- Arnvig KB, Gopal B, Papavinasasundaram KG, Cox RA, Colston MJ (februari 2005). "Mekanismen för aktivering uppströms i rrnB-operonet av Mycobacterium smegmatis skiljer sig från Escherichia coli-paradigmet". Mikrobiologi . 151 (Pt 2): 467–473. doi : 10.1099/mic.0.27597-0 . PMID 15699196 .
- Matsunaga I, Bhatt A, Young DC, Cheng TY, Eyles SJ, Besra GS, Briken V, Porcelli SA, Costello CE, Jacobs WR, Moody DB (december 2004). "Mycobacterium tuberculosis pks12 producerar en ny polyketid som presenteras av CD1c till T-celler" . Journal of Experimental Medicine . 200 (12): 1559–1569. doi : 10.1084/jem.20041429 . PMC 2211992 . PMID 15611286 .