Bacteroides thetaiotaomicron sRNA

GibS
GibS
	Consensus sekundär struktur och sekvenskonservering av GibS sRNA-
identifierare
Symbol	GibS
Rfam	RF04182
Övriga uppgifter
RNA -typ	Gen ; sRNA
SÅ	SO:0000655
PDB- strukturer	PDBe

Bacteroides thetaiotaomicron- genomet innehåller hundratals små RNA (sRNA), upptäckta genom RNA-sekvensering . Dessa inkluderar kanoniska hushålls-RNA-arter såsom 6S RNA (SsrS), tmRNA (SsrA), M1 RNA (RnpB) och 4.5S RNA (Ffs) såväl som flera hundra cis- och transkodade små RNA. Mer än 20 kandidater har validerats med northern blots och strukturerna hos flera medlemmar har karakteriserats genom silicoanalyser och kemiska sonderingsexperiment.

Två B. thetaiotaomicron sRNA som har karaktäriserats funktionellt är RteR och GibS. RteR är ett 78 nukleotider (nt) långt sRNA som är konserverat i närbesläktade arter och sannolikt fungerar som en repressor av ett transposonoperon . Analyser baserade på sekundär strukturkonservering , med hänsyn till nukleotidsamvariation och in vitro kemisk sondering, har avslöjat en struktur som består av en 5'-hårnål och en Rho-oberoende terminator som är åtskilda av en 8 nt-sekvens. GibS är ett 145 nt långt sRNA som också är bevarat i flera närbesläktade arter inom phylum Bacteroidota och har antagits spela en roll i kolmetabolismen . Strukturella analyser har visat att detta sRNA har en förlängd 5' enkelsträngad region (38 nt) följt av två metastabila hårnålar och en Rho-oberoende terminator i 3'-änden. Det uttrycks maximalt när B. thetaiotaomicron odlas i N -acetyl-D-glukosamin som den enda kolkällan och har visat sig både inducera och undertrycka mål-mRNA involverade i metabolisk reglering.

B. thetaiotaomicron -genomet innehåller också en stor delmängd av antisens -sRNA som liknar B. fragilis DonS -RNA. Denna familj av 78 till 128 nt långa sRNA är kodade för antisens mot flera av deras målgener, som är medlemmar av PUL ( Polysaccharide Utilization Loci) .

Se även