Ekpoma-virus
| Ekpomavirus | |
|---|---|
| Vetenskaplig klassificering | |
| (orankad): | Virus |
| Rike : | Riboviria |
| Rike: | Orthornavirae |
| Provins: | Negarnaviricota |
| Klass: | Monjiviricetes |
| Beställa: | Mononegavirales |
| Familj: | Rhabdoviridae |
| Släkte: | Tibrovirus |
| Grupper ingår | |
|
|
| Kladistiskt inkluderade men traditionellt uteslutna taxa | |
|
|
Ekpoma-virus , inklusive Ekpoma 1 tibrovirus (EKV-1) och Ekpoma 2 tibrovirus (EKV-2), är föräldralösa virus som inte är associerade med någon sjukdom. De är negativa sens RNA-virus och medlemmar av familjen rhabdovirus . Båda virusen upptäcktes 2015 i blodprover från två friska kvinnor som bor i Ekpoma , Nigeria. EKV-2 verkar vara utbredd och ~45% av människor som bor i och runt Ekpoma har tidigare exponerats. Båda virusen har mycket bred cellulär tropism och förmågan att infektera ett brett spektrum av mänskliga cancercellinjer . Inget av viruset har isolerats, vilket hindrar forskningen.
Upptäckt
EKV-1 och EKV-2 upptäcktes i plasmaprover från en 45-årig kvinna respektive hos en 19-årig kvinna. Ingen av kvinnorna visade någon indikation på sjukdom och enligt en rapport från 2015 samlades proverna in som kontroller i en större metagenomisk studie. Virusen identifierades med hjälp av nästa generations sekvensering . [ citat behövs ]
Klinisk sjukdom
EKV-1 och EKV-2 är föräldralösa virus som inte är associerade med någon sjukdom. Enligt 2015 års rapport kunde kvinnan som var smittad med EKV-1 inte minnas någon sjukdomsepisod under veckorna eller månaderna efter provtagningen. Kvinnan som var smittad med EKV-2 påminde om en feber som inträffade flera veckor efter provtagningen. Hon fick diagnosen och behandlades för malaria . [ citat behövs ]
Viremia
Titrarna av viremi som observerades hos kvinnor varierade från 45 000 RNA-kopior/ml plasma (EKV-2) till 4,5 miljoner RNA-kopior/ml plasma (EKV-1) . [ citat behövs ]
Utbredning
Forskare använde en enzymkopplad immunosorbentanalys ( ELISA ) för att detektera antikroppar som känner igen nukleokapsidproteinet i EKV-1/2. De rapporterade att 5 % av människorna som bor i och runt Ekpoma hade exponerats för EKV-1 och 45 % för EKV-2. [ citat behövs ]
Överföring
Den naturliga reservoaren och överföringssättet för EKV-1/2 är inte kända. Baserat på den naturliga reservoaren och vektorn för andra tibrovirus har forskare antagit att bitande myggor kan överföra virusen till människor.
Genom
De publicerade genomen av EKV-1 och EKV-2 är inte kompletta. Men baserat på den tillgängliga sekvensen innehåller genomet de typiska fem öppna läsramarna som finns i alla rhabdovirus (N, P, M, G och L). Virusen inkluderar även tre öppna läsramar med okänd funktion (U1, U2 och U3). U3 har antagits vara ett viroporin baserat på sekvenslikhet med andra viroporiner.
Genetisk divergens
Även om EKV-1 och EKV-2 upptäcktes i samma by i sydvästra Nigeria, delar de bara 33% övergripande homologi på aminosyranivå . [ citat behövs ]
En anmärkningsvärd skillnad mellan de två virusen är i längden på fosfoproteinet (P). EKV-1 fosfoproteinet innehåller 115 fler aminosyror än EKV-2 fosfoproteinet. [ citat behövs ]
är skillnaderna i höljesglykoproteinet . EKV-1- och EKV-2-höljesglykoproteinerna är endast 27 % identiska på aminosyranivå. [ citat behövs ]
Replikering
EKV-1 och EKV-2 cellulära receptorer har inte identifierats. Tropism av EKV-1 och EKV-2 har emellertid studerats med användning av rekombinant vesikulärt stomatitvirus (VSV) som uttrycker EKV-1- eller EKV-2-glykoproteinerna. VSV-partiklar som uttrycker EKV-1- och EKV-2-glykoproteinerna överträffar det nativa VSV-glykoproteinet. Dessa partiklar kan komma in i ett brett spektrum av mänskliga och icke-mänskliga celler.
Stegen i replikeringslivscykeln efter partikelinträde har inte klarlagts. [ citat behövs ]