DEPDC5
| DEPDC5- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identifierare | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , DEP.5, FFEVF, DEP-domän som innehåller 5, FFEVF1, DEP-domän som innehåller 5, GATOR1 subkomplexa subenhet | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Externa ID:n | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DEPDC5 (eller DEP-domäninnehållande 5 ) är ett humant protein med dåligt förstådd funktion men har associerats med cancer i flera studier. Den kodas av en gen med samma namn, lokaliserad på kromosom 22 .
Fungera
Funktionen av DEPDC5 är ännu inte känd, men den har varit inblandad i intracellulär signaltransduktion baserat på homologi mellan DEP-domänerna av DEPDC5 och Dishevelled-1 ( DVL1 ).
Mutationer i denna gen har associerats med fall av fokal epilepsi (doi:10.1038/ng.2601).
Gen
I Homo sapiens har DEPDC5-genen lokaliserats till den långa armen av kromosom 22, 22q12.2-q12.3, mellan PRRL14- och YWHAH -generna. Den kliniska relevansen av denna gen inkluderar en intronisk SNP (rs1012068) som har associerats med en 2-faldig hepatocellulärt karcinom -riskökning.
Strukturera
Domäner
DEP
DEP -domänen har fått sitt namn från proteinerna Disheveled , Egl-10 och Pleckstrin , som var och en innehåller en variant av denna domän. Den spänner över 82 rester och är 343 aminosyror från C-terminalen . EN SCHWEIZISK MODELL förutsäger två betablad och tre alfaspiraler som finns inom domänen.
Även om dess exakta funktion inte är känd, har DEPDC5 DEP-domänen den högsta strukturella likheten med DEP-domänen för DVL1 när man utför en CBLAST på NCBI . Justeringen får ett värde på 1.00e-08 och indikerar 30 % identitet mellan DEP-domänerna för de två proteinerna. I DVL1 är DEP-domänen involverad i lokalisering av proteinet till plasmamembranet som en del av Wnt-signalvägen .
DUF 3608
DUF 3608-domänen sitter 99 aminosyror från N-terminalen och sträcker sig själv över 280 aminosyror. PELE förutsäger minst ett betablad och två alfaspiraler inom denna domän. Den innehåller också 26 mycket konserverade rester och flera modifieringar efter översättning. Båda händelserna behandlas senare i denna artikel.
Bevis för funktionen av DUF 3608 har upptäckts i jästhomologen Iml1p . Imlp1:s DUF 3608 tros hjälpa till att binda till två proteinpartners, Npr2 och Npr3. Tillsammans bildar dessa tre proteiner Iml1-Npr2-Npr3-komplexet och är involverade i "icke-nitrogen starvation" autofagireglering . Forskarna som upptäckte detta föreslår att döpa om DUF 3608 till RANS (krävs för autofagi inducerad under icke-kväve svältförhållanden).
Sekundär struktur
Baserat på enhällig konsensus av det sekundära strukturförutsägelseverktyget PELE, innehåller DEPDC5 minst tio alfaspiraler och nio betablad. Placeringen av dessa sekundära strukturer illustreras i bilden nedan: röda höjdpunkter är alfaspiraler och blå höjdpunkter är betablad.
Homologi
Ortologer
Svampar är de mest avlägset besläktade organismerna som innehåller ett protein som är ortologt för människans DEPDC5, inklusive Saccharomyces cerevisiae och Albugo laibachii . I svamparna är proteinnamnet Iml1p, eller vakuolärt membranassocierat protein Iml1. Namnavvikelser i andra organismer inkluderar CG12090 ( Drosophila ) och AGAP007010 ( mygga ). Bevarandet är högt mellan människor och andra ryggradsdjursarter , från 74% identitet hos ciklider till 99% identitet hos schimpanser .
Följande tabell sammanfattar en analys av 20 proteiner ortologa för human DEPDC5.
| Arter | Vanligt namn | NCBI anslutningsnummer | NCBI namn | Längd | Sekvensidentitet | Sekvenslikhet | År sedan avvikelse från människan (mya) |
| Pan troglodyter | Schimpans | XP_003317262 | DEPDC5 | 1572 aa | 99 % | 99 % | 6.4 |
| Nomascus leukogenys | Gibbon | XP_003258163 | DEPDC5 | 1602 aa | 99 % | 99 % | 20.4 |
| Mus musculus | Mus | NP_001164038 | DEPDC5 | 1591 aa | 94 % | 96 % | 92,4 |
| Bos Oxen | Ko | XP_002694678 | DEPDC5 | 1593 aa | 94 % | 96 % | 94,4 |
| Sorex araneus | Argbigga | ACE77702 | DEPDC5 | 1570 aa | 94 % | 96 % | 94,4 |
| Monodelphis domestica | Possum | XP_001378772 | DEPDC5 | 1522 aa | 89 % | 93 % | 163,9 |
| Gallus gallus | Kyckling | XP_415249 | DEPDC5 | 1592 aa | 88 % | 93 % | 301,7 |
| Meleagris gallopavo | Kalkon | XP_003211073 | DEPDC5 | 1592 aa | 88 % | 93 % | 301,7 |
| Taeniopygia guttata | Zebrafink | XP_002199825 | DEPDC5 | 1572 aa | 87 % | 92 % | 301,7 |
| Xenopus tropicalis | Groda | XP_002931964 | DEPDC5-liknande | 1574 aa | 79 % | 86 % | 371,2 |
| Danio rerio | Zebra fisk | XP_691450 | DEPDC5-liknande | 1590 aa | 75 % | 84 % | 400,1 |
| Oreochromis niloticus | Ciklid | XP_003459226 | DEPDC5 | 1577 aa | 74 % | 82 % | 400,1 |
| Strongylocentrotus purpuratus | Sjöborre | XP_794020 | liknande DEPDC5 | 1608 aa | 43 % | 57 % | 742,9 |
| Drosophila melanogaster | Drosophila | NP_647618 | GC12090 | 1471 aa | 41 % | 57 % | 782,7 |
| Pediculus humanus corporis | Lus | XP_002429401 | DEPDC, förmodad | 1538 aa | 38 % | 53 % | 782,7 |
| Anopheles gambiae | Mygga | XP_308760 | AGAP007010-PA | 1640 aa | 36 % | 51 % | 782,7 |
| Ascaris suum | Ascaris | ADY40551 | DEPDCp5 | 1359 aa | 31 % | 51 % | 937,5 |
| Ustilago maydis | Majssmuts | XP_757759 | vakuolärt associerat protein Iml1 | 1867 aa | 23 % | 52 % | 1215,8 |
| Saccharomyces cerevisiae | Jäst | NP_012672 | Iml1p | 1584 aa | 20 % | 50 % | 1215,8 |
| Albugo laibachii | Vit rost | CCA27519 | förmodat vakuolärt membranassocierat protein | 1591 aa | 20 % | 46 % | 1362 |
30 rester har bevarats sedan djur och svampar divergerade, varav 26 av dessa finns i DUF 3608-domänen. Följande multipelsekvensinriktning illustrerar denna konservering av DUF- domänen; representanter från ryggradslösa djur och svampar är anpassade till den mänskliga DUF 3608 med helt konserverade rester färgade grönt.
Paraloger
Det finns inga kända humana DEPDC5- paraloger , men det finns 64 humana proteiner som innehåller en homolog DEP-domän. Det finns heller inga identifierade paraloger för jästproteinet Iml1, den mest avlägset besläktade ortologen av human DEPDC5.
Uttryck
DEPDC5-uttryck har karakteriserats som allestädes närvarande i mänsklig vävnad genom RT-PCR- analys och i DNA-mikroarraystudier som visas i diagrammet nedan. 
En studie på patienter med hepatocellulärt karcinom fann högre DEPDC5-uttryck i tumörvävnad än i icke-tumörvävnad. Omvänt hittades en homozygot deletion av tre gener, varav en är DEPDC5, i två fall av glioblastom . Andra uttrycksanomalier inkluderar noll uttryck i MDA-MB-231 bröstcancercellinje och lågt uttryck i P116 ( ZAP70 negativ) cellinje .
Post-translationella ändringar
Följande post-translationella modifieringar förutspåddes med de proteomiska verktygen sammanställda vid ExPASy och PhosphoSite Plus för det humana DEPDC5-proteinet.
| Modifiering efter översättning | Nummer/Loci | Källa |
| Fosforylering | 133/(Ser: 87 Thr: 23 Tyr: 23) | NetPhos |
| 6/S579, S582, S1499, Y1515, Y1519, Y1543 | PhosphoSite Plus | |
| Glykering | 29/5, 8, 13, 14, 28, 34, 56, 59, 64, 93, 131, 147, 229, 247, 256, 319, 436, 528, 609, 710, 862, 862, 862, 862, 5 1233, 1387, 1408, 1499, 1567, 1597 | NetGlycate |
| N- glykosyleringsställe | 9/N201, N298, N311, N384, N684, N1157, N1377, N1444, N1529 | NetNGlyc |
| Sulfatering | 3/Y397, Y459, Y462 | Sulfinator |
| Sumoylering | 2/K59, K147 | SUMOsp |
| Propeptidklyvning | 2/R1004-M1005, R1528-N1529 | Stötta |
| O-glykosylering | 0 | NetOGlyc |
| C-mannosylering | 0 | NetCGlyc |
| Myristoylering | 0 | Myristoylering |
| Prenylering | 0 | PrePS Arkiverad 2012-02-08 på Wayback Machine |
| Acetylering | 0 | NetAcet |
Samspel
DEPDC5 kan möjligen interagera med proteasomsubenheten PSMA3 , vilket framgår av coimmunoprecipitation och transkriptionsfaktorn MYC . DEPDC5 är i "GATOR1"-komplexet med NPRL2 och NPRL3 .