ChemSpider
 | |
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | En kemisk strukturdatabas som ger snabb åtkomst till över 100 miljoner strukturer, egenskaper och tillhörande information. |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | Raleigh, North Carolina , USA |
| Laboratorium | |
| Tillgång | |
| Hemsida | www.chemspider.com |
| Verktyg | |
| Fristående | https://itunes.apple.com/us/app/chemspider/id458878661 |
| Diverse | |
| Licens | Creative Commons Erkännande Dela lika |
ChemSpider är en databas över kemikalier . ChemSpider ägs av Royal Society of Chemistry .
Databas
Databasen innehåller information om mer än 100 miljoner molekyler från över 270 datakällor inklusive:
- EPA DSSTox
- US Food and Drug Administration (FDA)
- Human Metabolome Database
- Journal of Heterocyclic Chemistry
- KEGG
- KUMGM
- LeadScope
- LipidMAPS
- Marinlit
- MDPI
- MICAD
- MLSMR
- MMDB
- MOLI
- MTDP
- Nanogen
- Naturens kemiska biologi
- NCGC
- NIAID
- National Institutes of Health (NIH)
- NINDS godkända drogscreeningsprogram
- NIST
- NIST Kemi WebBook
- NMMLSC
- NMRshiftDB
- PANACHE
- PCMD
- PDSP
- Peptider
- Prous Science Framtidens droger
- QSAR
- FoU-kemikalier
- San Diego Center for Chemical Genomics
- SGCOxCompounds, SGCStoCompounds
- SMID
- Specifikationer
- Structural Genomics Consortium
- SureChem
- Synthon-Lab
- Thomson Pharma
- Totalt TOSLab byggblock
- UM-BBD
- UPCMLD
- UsefulChem
- Web of Science
- xPharm
Varje kemikalie får en unik identifierare , som utgör en del av en motsvarande URL. Till exempel aceton 175, och har därför URL:en http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html
Crowdsourcing
ChemSpider-databasen kan uppdateras med användarbidrag inklusive kemisk strukturdeposition , spektradeposition och användarkurering. Detta är en crowdsourcing- metod för att utveckla en online-kemidatabas. Crowdsourced baserad kurering av data har producerat en ordbok över kemiska namn associerade med kemiska strukturer som har använts i textutvinningstillämpningar i den biomedicinska och kemiska litteraturen.
Databasrättigheter avsägs dock inte och en datadump är inte tillgänglig; Faktum är att FAQ till och med anger att endast begränsade nedladdningar är tillåtna: därför rätten till gaffel och projektet kan inte betraktas som gratis / öppet .
Sökande
Ett antal tillgängliga sökmoduler tillhandahålls:
- Standardsökningen gör det möjligt att söka efter systematiska namn , handelsnamn och synonymer och registernummer
- Den avancerade sökningen tillåter interaktiv sökning efter kemisk struktur, kemisk understruktur, med användning av även molekylformel och molekylviktsområde , CAS- nummer, leverantörer etc. Sökningen kan användas för att bredda eller begränsa redan hittade resultat.
- Struktursökning på mobila enheter kan göras med gratisappar för iOS (iPhone/iPod/iPad) och för Android (operativsystem) .
Mark-up för kemidokument
ChemSpider-databasen har använts i kombination med textutvinning som grund för kemidokumentuppmärkning . ChemMantis, Chemistry Markup And Nomenclature Transformation Integrated System använder algoritmer för att identifiera och extrahera kemiska namn från dokument och webbsidor och konverterar de kemiska namnen till kemiska strukturer med hjälp av namn-till-struktur konverteringsalgoritmer och ordboksuppslag i ChemSpider- databasen . Resultatet är ett integrerat system mellan kemidokument och informationssökning via ChemSpider till över 150 datakällor.
Historia
ChemSpider förvärvades av Royal Society of Chemistry (RSC) i maj 2009. Före förvärvet av RSC kontrollerades ChemSpider av ett privat företag, ChemZoo Inc. Systemet lanserades först i mars 2007 i en betaversion och övergick till släpps i mars 2008.
Tjänster
Ett antal tjänster görs tillgängliga online. Dessa inkluderar konvertering av kemiska namn till kemiska strukturer , generering av SMILES och InChI -strängar samt förutsägelse av många fysikalisk-kemiska parametrar och integrering till en webbtjänst som tillåter NMR -prediktion.
Syntetiska sidor
SyntheticPages är en gratis interaktiv databas med syntetiska kemiprocedurer som drivs av Royal Society of Chemistry . Användare skickar in syntetiska procedurer som de själva har genomfört för publicering på webbplatsen. Dessa procedurer kan vara originalverk, men de är oftare baserade på litteraturreaktioner. Hänvisningar till det ursprungliga publicerade förfarandet görs där så är lämpligt. De kontrolleras av en vetenskaplig redaktör innan de publiceras. Sidorna genomgår inte formell peer-review som en vetenskaplig tidskriftsartikel men kommentarer kan göras av inloggade användare. Kommentarerna modereras också av vetenskapliga redaktörer. Avsikten är att samla praktiska erfarenheter av hur man genomför användbar kemisk syntes i labbet. Medan experimentella metoder publicerade i en vanlig akademisk tidskrift listas formellt och kortfattat, är procedurerna i ChemSpider SyntheticPages mer praktiska detaljer. Informalitet uppmuntras. Kommentarer från insändare ingår också. Andra publikationer med jämförbar mängd detaljer inkluderar organiska synteser och oorganiska synteser . Webbplatsen SyntheticPages skapades ursprungligen av professorerna Kevin Booker-Milburn ( University of Bristol ), Stephen Caddick ( University College London ), Peter Scott ( University of Warwick ) och Dr Max Hammond. I februari 2010 tillkännagavs en sammanslagning med Royal Society of Chemistrys sökmotor för kemisk struktur ChemSpider och bildandet av ChemSpider|SyntheticPages (CS|SP).
Öppna PHACTS
ChemSpider fungerade som förvaret för kemiska föreningar som en del av Open PHACTS -projektet, ett innovativt läkemedelsinitiativ . Open PHACTS utvecklat för att öppna standarder, med en öppen åtkomst, semantisk webbansats för att ta itu med flaskhalsar i läkemedelsupptäckt av små molekyler - olika informationskällor, brist på standarder och överbelastning av information.