SMK box riboswitch
| S MK box translationell riboswitch | |
|---|---|
 En representation av S MK box translationell riboswitchs sekundära struktur inklusive ett färgschema som indikerar graden av sekvenskonservering.
| |
| Identifierare | |
| Symbol | SMK_box_riboswitch |
| Alt. Symboler | SAM-III, SMK |
| Rfam | RF01767 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Riboswitch |
| Domän(er) | Bacillota |
| PDB- strukturer | PDBe |
S genuttryck MK box riboswitch (även känd som SAM-III) är ett RNA-element som reglerar i bakterier. S MK box riboswitch finns i 5' UTR av MetK genen i mjölksyrabakterier . Strukturen av detta element förändras vid bindning till S-adenosylmetionin (SAM) till en konformation som blockerar shine -dalgarno-sekvensen och blockerar translation av genen.
Det finns andra kända SAM-bindande riboswitchar såsom SAM-I och SAM-II , men dessa verkar inte dela någon likhet i sekvens eller struktur med SAM-III.
Strukturera
Kristallstrukturen hos riboswitchen från E. faecalis löstes genom röntgenkristallografi . Strukturen visade att de mest konserverade nukleotiderna som är involverade i SAM- bindning var organiserade runt en korsning mellan tre helixar. I vissa arter finns det stora insättningar på upp till 210 nukleotider inom denna struktur.
Se även
- SAH riboswitch
- SAM-I riboswitch
- SAM-II riboswitch
- SAM-IV riboswitch
- SAM-V riboswitch
- SAM-VI riboswitch
- SAM-Chlorobi RNA-motiv
- SAM–SAH riboswitch