SAM–SAH riboswitch
| SAM/SAH riboswitch | |
|---|---|
 Konsensus sekundär struktur för SAM–SAH riboswitch
| |
| Identifierare | |
| Symbol | SAM/SAH riboswitch |
| Rfam | RF01727 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Riboswitch |
| Domän(er) | Rhodobacterales |
| PDB- strukturer | PDBe |
SAM –SAH riboswitch är en konserverad RNA-struktur i vissa bakterier som binder S -adenosylmetionin (SAM) och S -adenosylhomocystein (SAH) och antas därför vara en riboswitch . SAM–SAH riboswitchar delar inte någon uppenbar strukturell likhet med kända riboswitchar som binder SAM eller SAH. Bindningsaffiniteterna för båda föreningarna är likartade, men bindningen för SAH är åtminstone något starkare. SAM–SAH riboswitch finns uteslutande i Rhodobacterales , en ordning av alfaproteobakterier . De finns alltid i de skenbara 5'-otranslaterade regionerna av metK -gener, som kodar för enzymet ( Methionine adenosyltransferase) som syntetiserar SAM.
Med tanke på denna genassociation föreslogs det att SAM-SAH-riboswitchar mer sannolikt fungerar som SAM-avkännande RNA. SAM–SAH-riboswitchar är relativt små bland kända riboswitchar, vilket kan relatera till deras oförmåga att diskriminera SAH. Men förmågan att avvisa SAH som en ligand kanske inte är viktig under fysiologiska förhållanden, eftersom den cellulära koncentrationen av SAM är högre.
En region av den konserverade strukturen av SAM-SAH riboswitch inkluderar en förutspådd Shine-Dalgarno-sekvens ( ribosombindningsställe ) av nedströms metK -gener. Dessa nukleotider krävs för optimal bindning till liganden och kan bilda en pseudoknot med den terminala slingan inom huvudstam- loopstrukturen . Tilltäppning av Shine-Dalgarno-sekvensen kan vara mekanismen genom vilken SAM-SAH-riboswitchar reglerar uttrycket av nedströmsgenerna.
3D-strukturen för en SAM-SAH riboswitch har bestämts av två grupper som arbetar oberoende av varandra.
Se även
- SAM-I riboswitch
- SAM-II riboswitch
- SAM-III riboswitch
- SAM-IV riboswitch
- SAM-V riboswitch
- SAM-VI riboswitch