SAM-V riboswitch
| SAM-V | |
|---|---|
 Bevarad sekundär struktur för SAM-V riboswitch.
| |
| Identifierare | |
| Symbol | SAM-V |
| Rfam | RF01826 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Cis-reg ; Riboswitch ; |
| Domän(er) | Marint metagenom |
| PDB- strukturer | PDBe |
SAM-V riboswitch är den femte kända riboswitch som binder S-adenosylmetionin (SAM). Den upptäcktes först i den marina bakterien Candidatus Pelagibacter ubique och kan även hittas i marina metagenomer . SAM-V har en liknande konsensussekvens och sekundär struktur som bindningsstället för SAM-II riboswitch , men bioinformatikskanningar grupperar de två aptamererna oberoende av varandra. Dessa liknande bindningsfickor tyder på att de två riboswitcharna har genomgått konvergent evolution .
SAM-bindning bekräftades med användning av jämviktsdialys . Riboswitchen har karakteriserats som en "tandem riboswitch" - den kan reglera både translation och transkription . När SAM är närvarande i hög koncentration kommer SAM-II att binda sin ligand och bilda en terminatorstam för att stoppa transkriptionen. Om SAM finns i lägre koncentrationer kommer SAM-V att transkriberas och, om SAM-koncentrationen då skulle öka, kan den binda SAM och ockludera Shine- Dalgarno-sekvensen i den nedströms öppna läsramen . Denna förordning kontrollerar delar av svavelmetabolismen hos marina bakterier .
Kristallstrukturen för riboswitchen har lösts (PDB 6FZ0). Den innehåller en pseudoknot .
Se även
Vidare läsning
- Kazanov MD, Vitreschak AG, Gelfand MS (2007). "Överflöd och funktionell mångfald av riboswitchar i mikrobiella samhällen" . BMC Genomics . 8 : 347. doi : 10.1186/1471-2164-8-347 . PMC 2211319 . PMID 17908319 .
- Zhu Y, Pulukkunat DK, Li Y (2007). "Dechiffrera RNA-strukturell mångfald och systematisk fylogeni från mikrobiella metagenomer" . Nucleic Acids Res . 35 (7): 2283–2294. doi : 10.1093/nar/gkm057 . PMC 1874661 . PMID 17389640 .
- Winkler WC, Breaker RR (2005). "Reglering av bakteriell genuttryck genom riboswitchar". Annu. Rev. Microbiol . 59 : 487-517. doi : 10.1146/annurev.micro.59.030804.121336 . PMID 16153177 .
- Mandal M, Lee M, Barrick JE, et al. (oktober 2004). "En glycinberoende riboswitch som använder kooperativ bindning för att kontrollera genuttryck". Vetenskap . 306 (5694): 275–279. doi : 10.1126/science.1100829 . PMID 15472076 . S2CID 14311773 .
- Yooseph S, Sutton G, Rusch DB, et al. (mars 2007). "The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: expanderar universum av proteinfamiljer" . PLOS Biol . 5 (3): e16. doi : 10.1371/journal.pbio.0050016 . PMC 1821046 . PMID 17355171 .