SAM-II riboswitch
| SAM riboswitch (alfa-proteobakterier) | |
|---|---|
 Förutspådd sekundär struktur och sekvenskonservering av SAM_alpha
| |
| Identifiers | |
| Symbol | SAM_alfa |
| Rfam | RF00521 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Cis-reg ; riboswitch |
| Domän(er) | Bakterie |
| GÅ | GO:0045814 |
| SÅ | SO:0000035 |
| PDB- strukturer | PDBe |
SAM -II riboswitch är ett RNA-element som huvudsakligen finns i Alphaproteobacteria som binder S-adenosylmetionin ( SAM). Dess struktur och sekvens verkar inte vara relaterad till SAM-riboswitchen som finns i grampositiva bakterier . Denna SAM-riboswitch är belägen uppströms om metA- och metC-generna i Agrobacterium tumefaciens och andra metionin- och SAM-biosyntesgener i andra alfa-proteobakterier. Liksom den andra SAM-riboswitchen fungerar den förmodligen för att stänga av uttrycket av dessa gener som svar på förhöjda SAM-nivåer. En signifikant variant av SAM-II riboswitch hittades i Pelagibacter ubique och relaterade marina bakterier och kallas SAM-V . Liksom många strukturerade RNA kan SAM-II riboswitch tolerera långa slingor mellan sina stammar.
Strukturera
SAM-II riboswitch är kort med mindre än 70 nukleotider och är strukturellt relativt enkel och består av en enda hårnål och en pseudoknot .