Ruegeria pomeroyi

Silicibacter pomeroyi
Vetenskaplig klassificering
Domän:
Bakterie
Provins:
Pseudomonadota
Klass:
Alfaproteobakterier
Beställa:
Rhodobacterales
Familj:
Rhodobacteraceae
Släkte:
Ruegeria
Arter:
Ruegeria pomeroyi

(González et al . 2003) Yi et al . 2007
Synonymer
  • Silicibacter pomeroyi González et al . 2003

Ruegeria pomeroyi är en art av gramnegativ , stavformad, aerob dimetylsulfoniopropionat - demetylerande bakterie. Dess typstam är DSS-3 T (=ATCC 700808 T =DSM 15171 T ). Dess genom har sekvenserats.

Upptäckt

Ruegeria pomeroyi upptäcktes utanför kusten i östra USA i laboratoriet av Mary Ann Moran, Ph.D. vid University of Georgia.

R. pomeroyi fick sitt namn efter Lawrence "Larry" Pomeroy, den marina mikrobiella ekologen som särskilt fastställde 1974 att marina bakterier spelar en betydande och avgörande roll i havets näringsvävsdynamik . Pomeroy var också forskare vid University of Georgia.

Genom

Genomet av stammen av Ruegeria pomeroyi -typ (DSS-3) färdigställdes 2004. Genomet är 4 109 442 baspar långt med en megaplasmid som är 491 611 baspar långt.

Ekologi

Ruegeria pomeroyi är en kustnära havsbakterie i en släktlinje av bakterier som vanligtvis anses vara ekologiska "generalister". Det relativt stora genomet hos R. pomeroyi, jämfört med andra marina bakteriearter, stödjer detta koncept. I linje med detta R. pomeroyi en mycket mångsidig förmåga att utnyttja och binda kol och energi.

R. pomeroyi har också förmågan att bryta ned dimetylsulfoniopropionat (DMSP), en svavelinnehållande algasmolyt och använda svavlet för att syntetisera svavelinnehållande aminosyror. Även om många marina bakterier kan bryta ned DMSP, var de gener och proteiner som användes för att göra det svårfångade för forskare i många år. Det var i R. pomeroyi som Howard och kollegor upptäckte den första genen som bryter ned DMSP. Denna gen ( dmdA ) kodar för ett protein (DmdA) som tar bort en metylgrupp (-CH3) från DMSP. DmdA-proteinet har sedan dess karakteriserats ytterligare från R. pomeroyi , såväl som det transkriptionella svaret av dmdA- genen på närvaron av DMSP och sekvensdiversiteten hos dmdA -genen. Denna demetyleringsprocess är det första steget i den mycket eftertraktade demetyleringsvägen för DMSP-nedbrytning i marina bakterier. Efter upptäckten av dmdA- genen användes gensekvensen för att fastställa att över hälften av de marina bakterierna, inklusive bakterier i det öppna havet och kustnära, är kapabla att demetylera DMSP.

Efter upptäckten av demetyleringsvägen för DMSP-nedbrytning i R. pomeroyi , upptäcktes en alternativ väg för DMSP-nedbrytning där DMSP klyvs på mitten istället för demetyleras, en process som R. pomeroyi också är kapabel till.

Vidare läsning


Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Ruegeria_pomeroyi&oldid=1076243915 "