Tinker (programvara)

Den här artikeln handlar om ett datorprogram för molekylär dynamik. För annan användning, se Tinker (disambiguation) .
Knåpa
Originalförfattare Jay Ponder, Pengyu Ren, Jean-Philip Piquemal
Utvecklare Jay Ponder Lab, Institutionen för kemi, Washington University i St. Louis ; Pengyu Ren Lab, Institutionen för biomedicinsk teknik, University of Texas i Austin ; Jean-Philip Piquemal, Sorbonne University ,
Initial release 26 november 1996 ; 26 år sedan ( 1996-11-26 )
Stabil frisättning
8.10.2 / 1 april 2022 ; 11 månader sedan ( 2022-04-01 )
Skrivet i Fortran 95 , CUDA , OpenMP och MPI Parallel
Operativ system Windows , macOS , Linux , Unix
Tillgänglig i engelsk
Typ Molekylär dynamik
Licens Proprietärt gratisprogram
Hemsida tinkertools .org

Tinker , tidigare stiliserad som TINKER , är en serie datorprogram för simulering av molekylär dynamik . Koderna tillhandahåller en komplett och generell uppsättning verktyg för molekylär mekanik och molekylär dynamik , med några speciella egenskaper för biomolekyler . Kärnan i mjukvaran är en modulär uppsättning anropsbara rutiner som gör det möjligt att manipulera koordinater och utvärdera potentiell energi och derivator via enkla metoder.

Tinker fungerar på Windows , macOS , Linux och Unix . Källkoden är tillgänglig gratis för icke-kommersiella användare under en patentskyddad licens. Koden är skriven i portabel FORTRAN 77 , Fortran 95 eller CUDA med vanliga tillägg, och några C .

Kärnutvecklare är: (a) Jay Ponder-labbet , vid Department of Chemistry, Washington University i St. Louis , St. Louis , Missouri . Laboratoriechef Ponder är professor i kemi och i biokemi och molekylär biofysik; (b) Pengyu Ren-labbet , vid Institutionen för biomedicinsk teknik University of Texas i Austin , Austin , Texas . Laboratoriechef Ren är professor i biomedicinsk teknik; (c) Jean-Philip Piquemals forskargrupp vid Laboratoire de Chimie Théorique, Institutionen för kemi, Sorbonne University , Paris , Frankrike . Forskningsteamets chef Piquemal är professor i teoretisk kemi.

Funktioner

Tinker-paketet är baserat på flera relaterade koder: (a) det kanoniska Tinker , version 8, (b) Tinker9-paketet som en direkt förlängning av kanoniska Tinker till GPU-system, (c) Tinker-HP-paketet för massivt parallella MPI-applikationer på hybrid CPU- och GPU-baserade system , (d) Tinker-FFE för visualisering av Tinker-beräkningar via ett Java-baserat grafiskt gränssnitt, och (e) Tinker-OpenMM-paketet för Tinkers användning med GPU :er via ett gränssnitt för OpenMM-mjukvaran. Alla Tinker-koder är tillgängliga från TinkerTools organisationswebbplats på GitHub. Ytterligare information finns tillgänglig från TinkerTools community-webbplats.

Program tillhandahålls för att utföra många funktioner inklusive:

  1. energiminimering över kartesiska koordinater , vridningsvinklar eller stela kroppar via konjugerad gradient, variabel metrisk eller en trunkerad Newton-metod
  2. molekylär, stokastisk och stel kroppsdynamik med periodiska gränser och kontroll av temperatur och tryck
  3. normalläge vibrationsanalys
  4. avståndsgeometri inklusive en effektiv slumpmässig parvis metrisering
  5. bygga protein- och nukleinsyrastrukturer från sekvens
  6. simulerad glödgning med olika kylningsprotokoll
  7. analys och nedbrytning av enpunkts potentiella energier
  8. verifiering av analytiska derivat av standard- och användardefinierade potentialer
  9. läge för ett övergångstillstånd mellan två minima
  10. full energi ytsökning via en konformationsskanningsmetod
  11. fri energiberäkningar via fri energistörning eller viktad histogramanalys
  12. anpassning av intermolekylära potentialparametrar till strukturella och termodynamiska data
  13. global optimering via energiytjämning, inklusive en PSS-metod ( Potential Smoothing and Search).

Utmärkelser

Se även

Licens

externa länkar

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Tinker_(software)&oldid=1141594459 "