Messenger RNA avkapsling
Processen för avkapsling av budbärar-RNA består av hydrolys av 5'-kapselstrukturen på RNA:t och exponerar ett 5'-monofosfat. I eukaryoter är detta 5'-monofosfat ett substrat för 5'- exonukleaset Xrn1 och mRNA förstörs snabbt. Det finns många situationer som kan leda till att locket tas bort, av vilka några diskuteras nedan.
I prokaryoter har det initiala mRNA-transkriptet naturligt en 5'-trifosfatgrupp efter bakteriell transkription ; enzymet RppH tar bort en pyrofosfatmolekyl från 5'-änden, omvandlar 5'-trifosfatet till ett 5'-monofosfat, vilket utlöser mRNA-nedbrytning av ribonukleaser.
Översättning och förfall
Inuti celler finns en balans mellan processerna för translation och mRNA-sönderfall. Meddelanden som aktivt översätts är bundna av polysomer och de eukaryota initieringsfaktorerna eIF-4E och eIF-4G (i eukaryoter). Detta blockerar åtkomsten till locket av det decapping-enzymet DCP2 och skyddar mRNA-molekylen. Vid näringstillstånd som svälter eller virusinfektion kan translationen äventyras och avkapsling stimuleras. Denna balans återspeglas i storleken och mängden av de cytoplasmatiska strukturerna som kallas P-kroppar .
Specifika förfallsvägar
Det finns ett antal specifika förfallsvägar som känner igen avvikande meddelanden och främjar deras decapping. Nonsensförmedlat sönderfall känner igen förtida stoppkodon och främjar avkapsling såväl som sönderfall av exosomen . Vissa klasser av miRNA har också visat sig stimulera decapping.