DCPS (gen)

DCPS
Tillgängliga strukturer PDB Ortologisk sökning: Lista över PDB-id-koder
Identifierare
	, DCS1, HINT-5, HINT5, HSL1, ARS, HSPC015, decapping enzym, scavenger
Externa IDs
Genplacering ( Human ) Chr. Band Start Slutet
Genplacering ( Mus ) Chr. Band Start Slutet
RNA uttrycksmönster Bgee Mänsklig Mus (ortolog) BioGPS n/a
Genontologi Molekylär funktion Cellkomponent Biologisk process Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer Arter Mänsklig Mus Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (protein) Plats (UCSC) PubMed -sökning
Wikidata
Visa/redigera människa Visa/redigera mus

Scavenger mRNA decapping enzym (DcpS) N-terminal
kristallstruktur av mrna decapping enzym (dcps) från mus musculus vid 1,83 a upplösning
Identifiers
Symbol	DcpS
Pfam	PF05652
InterPro	IPR008594
SCOP2	1st4 / SCOPe / SUPFAM
Tillgängliga proteinstrukturer: Pfam   strukturer / ECOD   PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsumma struktur sammanfattning

Rengörande mRNA-avtäckande enzym C-term
bindningsidentifierare
Symbol	DcpS_C
Pfam	PF11969
Pfam klan	CL0265
SCOP2	1st4 / SCOPe / SUPFAM
Tillgängliga proteinstrukturer: Pfam   strukturer / ECOD   PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsumma struktur sammanfattning

Scavenger-mRNA-avkapslande enzym DcpS är ett protein som hos människor kodas av DCPS -genen .

Enzymer som avlägsnar mRNA-avkapslingar inkluderar Dcp2 och DcpS. DcpS är ett scavenger -pyrofosfatas som hydrolyserar den kvarvarande kapselstrukturen efter 3' till 5'- mRNA- nedbrytning. DcpS använder cap- dinukleotider eller capped oligonukleotider som substrat för att frigöra m(7)GMP (N7-methyl GMP), medan Dcp2 använder capped mRNA som ett substrat för att hydrolysera cap för att frigöra m(7)GDP (N7-methyl GDP) . Associationen av DcpS med 3' till 5' exonukleas exosomkomponenter antyder att dessa två aktiviteter är kopplade och att det finns en kopplad exonukleolytisk sönderfallsberoende avkapslingsväg. Familjen innehåller en histidintriad (HIT) -sekvens i sin C-terminala domän, med tre histidiner separerade av hydrofoba rester . Det centrala histidinet inom DcpS HIT- motivet är avgörande för avkapslingsaktivitet och definierar HIT- motivet som en ny mRNA-avkapslingsdomän, vilket gör DcpS till den första medlemmen i HIT- familjen av proteiner med en definierad biologisk funktion.

Se även

• Al-Raqads syndrom

Vidare läsning

•   Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: en enkel metod för att ersätta lockstrukturen för eukaryota mRNA med oligoribonukleotider". Gene . 138 (1–2): 171–174. doi : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . PMID 8125298 .
•   Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Konstruktion och karakterisering av ett fullängdsanrikat och ett 5'-ändsanrikat cDNA-bibliotek". Gene . 200 (1–2): 149–156. doi : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . PMID 9373149 .
•    Zhang QH, Ye M, Wu XY, et al. (2001). "Kloning och funktionell analys av cDNA med öppna läsramar för 300 tidigare odefinierade gener uttryckta i CD34+ hematopoetiska stam-/faderceller" . Genome Res . 10 (10): 1546–1560. doi : 10.1101/gr.140200 . PMC 310934 . PMID 11042152 .
•    Wang Z, Kiledjian M (2002). "Funktionell länk mellan däggdjursexosomen och mRNA-avkapsling" . Cell . 107 (6): 751–762. doi : 10.1016/S0092-8674(01)00592-X . PMID 11747811 . S2CID 8098116 .
•    Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generering och initial analys av mer än 15 000 fullängds human- och mus-cDNA-sekvenser" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899–16903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
•    Kwasnicka DA, Krakowiak A, Thacker C, et al. (2003). "Koordinera uttryck av NADPH-beroende flavinreduktas, Fre-1 och tips-relaterat 7meGMP-riktat hydrolas, DCS-1" . J. Biol. Chem . 278 (40): 39051–39058. doi : 10.1074/jbc.M306355200 . PMC 2556063 . PMID 12871939 .
•   Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Fullständig sekvensering och karakterisering av 21 243 fullängds humana cDNAs" . Nat. Genet . 36 (1): 40–45. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 .
•   Gu M, Fabrega C, Liu SW, et al. (2004). "Insikter i strukturen, mekanismen och regleringen av scavenger mRNA-avtäckningsaktivitet" . Mol. Cell . 14 (1): 67–80. doi : 10.1016/S1097-2765(04)00180-7 . PMID 15068804 .
•    Liu SW, Jiao X, Liu H, et al. (2004). "Funktionell analys av enzymer som avlägsnar mRNA-fångare" . RNA . 10 (9): 1412–1422. doi : 10.1261/rna.7660804 . PMC 1370627 . PMID 15273322 .
•    Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "Status, kvalitet och expansion av NIHs fullängds cDNA-projekt: Mammalian Gene Collection (MGC)" . Genome Res . 14 (10B): 2121–2127. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
•    Malys N, Carroll K, Miyan J, Tollervey D, McCarthy JE (2004). "Scavenger" m7GpppX pyrofosfatasaktiviteten hos Dcs1 modulerar näringsinducerade svar i jäst. " Nucleic Acids Res . 32 (12): 3590–3600. doi : 10.1093/nar/gkh687 . PMC 484174 . PMID 15240832 .
•   Chen N, Walsh MA, Liu Y, et al. (2005). "Kristallstrukturer av humant DcpS i ligandfria och m7GDP-bundna former tyder på en dynamisk mekanism för avkapsling av mRNA-avkapsling". J. Mol. Biol . 347 (4): 707–718. doi : 10.1016/j.jmb.2005.01.062 . PMID 15769464 .
•   Kwaśnicka-Crawford DA, Vincent SR (2005). "Roll av ett nytt dubbelt flavinreduktas (NR1) och ett associerat histidintriadprotein (DCS-1) i menadioninducerad cytotoxicitet". Biochem. Biophys. Res. Commun . 336 (2): 565–571. doi : 10.1016/j.bbrc.2005.08.129 . PMID 16140270 .
•   Malys N, McCarthy JEG (2006). "Dcs2, en ny stressinducerad modulator av m7GpppX pyrofosfatasaktivitet som lokaliserar till P-kroppar". J. Mol. Biol . 363 (2): 370–382. doi : 10.1016/j.jmb.2006.08.015 . PMID 16963086 .

externa länkar

• PDBe-KB ger en översikt över all strukturinformation som finns tillgänglig i PDB för humant m7GpppX difosfatas (DCPS)

Den här artikeln innehåller text från det offentliga området Pfam och InterPro : IPR008594