MAP11

MAP11
Identifierare
Externa ID:n
Ortologer
	Wikidata
Visa/redigera människa

MAP11 (Microtubule-associated protein 11) är ett protein som hos människa kodas av genen MAP11 . Det hänvisades tidigare till med det generiska namnet C7orf43 . C7orf43 har inget annat mänskligt alias, men i möss kan den hittas som BC037034.

Gene Locus

Hos människor är MAP11 beläget i den långa armen av human kromosom 7 (7q22.1), och är på den negativa (antisense) strängen. Gener belägna runt C7orf43 inkluderar GAL3ST4 , LAMTOR4, GPC2 . Hos människor C7orf43 9 detekterade vanliga enkelnukleotidpolymorfismer (SNP), vilka alla är belägna i icke-kodande regioner och därför inte påverkar aminosyrasekvensen.

Genkvarter av C7orf43 i human kromosom 7

mRNA

Skarvvarianter

Primärt transkript av C7orf43 isoform 1, som visar 11 exoner och 10 introner ( NCBI Aceview:C7orf43 )

MAP11 kodar för 2 isoformer , den längsta är C7orf43 isoform 1, som är 2585 baspar lång och har 11 exoner och 10 introner . C7orf43 isoform 1 kodar för ett protein som är 580 aminosyror långt och bara har ett polyadenyleringsställe. C7orf43 isoform 2 är 2085 baspar lång och kodar för ett protein med 311 aminosyror. Två ytterligare isoformer har rapporterats vid flera tillfällen, kodande för proteiner med 199 och 206 aminosyror.

Vävnadsuttryck

MAP11 har ett utbrett måttligt uttryck med vävnad till vävnadsvariabilitet hos människor och mellan däggdjursarter . Mus-C7orf43-ortologen har visat sig uttryckas allestädes närvarande i hjärnan , såväl som i musens embryonala centrala nervsystem .

förordningar

MAP11 har en promotorregion uppströms om dess transkriptionsställe, som förutspåtts av Genomatix . Denna promotor är 657 baspar lång och är belägen vid position 99756182 till 99756838 i den negativa strängen av kromosom 7. Det finns flera transkriptionsfaktorbindningsställen lokaliserade i denna promotor, inklusive bindningsställen för zinkfingrar och Kruppel-liknande transkriptionsfaktorer . De 20 bästa transkriptionsbindningsställena som förutspåtts av ElDorado från Genomatix listas i följande tabell.

Detaljerad familjeinformation	Detaljerad matrisinformation	Startposition	Slutposition	Ankare position	Strå	Matrislikhetspoäng	Sekvens
Brachyury-gen, mesoderm utvecklingsfaktor	T-box transkriptionsfaktor TBX20	617	645	631	+	1	`agcagccggAGGTgtcgggaccctctgga`
C2H2 zinkfinger transkriptionsfaktorer 2	KRAB-innehållande zinkfingerprotein 300	596	618	607	+	1	`ccggccgCCCCagccgggcgcag`
Gaffelhuvuddomänfaktorer	Alternativ splitsningsvariant av FOXP1, aktiverad i ESC:er	37	53	45	-	1	`aaaaaaaAACAaccctt`
Pleomorf adenomgen	Pleomorft adenom gen 1	411	433	422	-	1	`gaGGGGgcggggtcccgctgctc`
Pleomorf adenomgen	Pleomorft adenom gen 1	464	486	475	-	1	`gaGGGGgcgtggccgccgaggcc`
RNA-polymeras II transkriptionsfaktor II B	Transkriptionsfaktor II B (TFIIB) igenkänningselement	197	203	200	+	1	`ccgCGCC`
TGF-beta-inducerade apoptosproteiner	Cystein-serinrikt nukleärt protein 1 (AXUD1, AXIN1 uppreglerad 1)	73	79	76	-	1	`AGAGtga`
GC-Boxfaktorer SP1/GC	Stimulerande protein 1, allestädes närvarande zinkfingertranskriptionsfaktor	418	434	426	-	0,998	`ggaggGGGCggggtccc`
Mänskliga och murina ETS1-faktorer	Ets variant 3	486	506	496	-	0,996	`gagaaacaGGAAgcggaaggg`
Krueppel som transkriptionsfaktorer	Tarmberikad Krueppel-liknande faktor / KLF4	469	485	477	-	0,994	`agggggcGTGGccgccg`
Tvåhands zinkfinger homeodomän transkriptionsfaktorer	AREB6 (Atp1a1 regulatorisk element bindningsfaktor 6)	495	507	501	+	0,994	`ttcctGTTTctct`
Zinkfingertranskriptionsfaktor RU49, zinkfingerproliferation 1 - Zipro1	Zinkfingertranskriptionsfaktor RU49 (zinkfingerproliferation 1 - Zipro 1). RU49 uppvisar en stark preferens för bindning till tandemupprepningar av det minimala RU49-konsensusbindningsstället.	522	528	525	+	0,994	`cAGTAcc`
Krueppel som transkriptionsfaktorer	Kärnpromotorbindande protein (CPBP) med 3 zinkfingrar av Krueppel-typ (KLF6, ZF9)	418	434	426	-	0,992	`ggagGGGGcggggtccc`
C2H2 zinkfingertranskriptionsfaktorer 7	Zinkfingerprotein 263, ZKSCAN12 (zinkfingerprotein med KRAB- och SCAN-domän 12)	425	439	432	+	0,99	`cgccccCTCCtccac`
C2H2 zinkfingertranskriptionsfaktorer 6	Zinkfinger och BTB-domän innehållande 7, proto-onkogen FBI-1, Pokémon (sekundär DNA-bindningspreferens)	252	264	258	-	0,989	`caaGACCaccctg`
Krueppel som transkriptionsfaktorer	Kruppel-liknande faktor 7 (ubiquitous, UKLF)	416	432	424	-	0,989	`agggGGCGgggtcccgc`
GC-Boxfaktorer SP1/GC	Sp4 transkriptionsfaktor	471	487	479	-	0,986	`ggagggGGCGtggccgc`
Krueppel som transkriptionsfaktorer	Tarmberikad Krueppel-liknande faktor	137	153	145	+	0,986	`gggctcAAAGgatcctc`
Krueppel som transkriptionsfaktorer	Krueppel-liknande faktor 2 (lunga) (LKLF)	641	657	649	-	0,986	`cgctaGGGTgggtccag`
Mänskliga och murina ETS1-faktorer	Ets variant 1	6	26	16	-	0,984	`ttctcccaGGAAgattctcca`

Protein

Sammansättning och domäner

Det humana proteinet MAP11 har en isoelektrisk punkt på 8,94. MAP11 har också en glycinrik region som sträcker sig över aminosyrorna 54 till 134. Analys med hjälp av SAPS-verktyget från SDSC Biology Workbench visade att denna glycinrika region inte är konserverad när det gäller specifika glycinrestpositioner, men är väl konserverad i övergripande glycin innehåll i däggdjur och reptiler , dock inte i benfiskar . C7orf43 är mestadels oladdat, och denna neutrala laddningsfördelning är bevarad i däggdjur och reptiler, men benfiskar har minst ett negativt laddningskluster. C7orf43 förutspås inte ha någon signalpeptid i sina första 70 aminosyrarester. Det förutspås emellertid ha ett vakuolärt målinriktat motiv som börjar vid rest 258 i det humana proteinet. Detta vakuolära inriktningsmotiv har visat sig vara bevarat i hela däggdjur, reptiler, fåglar, amfibier och benfiskar.

Evolutionshistoria

MAP11-proteinet har inga paraloger hos människor. Emellertid kan C7orf43- ortologer befinnas vara mycket konserverade i däggdjur, reptiler och flera arter av benfiskar . C7orf43 är också bevarad hos fåglar, även om flera fågelarter saknar delar av N-terminalen . Inga C7orf43 ortologer kan hittas utanför djurriket . Följande tabell listar representativa C7orf43-ortologer över flera djurklasser.

Strikta ortologer

Nej.	Arter	Vanligt namn	Datum för avvikelse (MYA)	Tillträdesnr.	Längd (aa)	Identitet (%)	Likhet (%)
1	Homo sapiens	Mänsklig	-	NP_060745.3	580	100	100
2	Pan troglodyter	Vanlig schimpans	6.3	XP_009452032	580	99	100
3	Macaca mulatta	Makak	29,0	XP_001102238	580	99	99
4	Cavia porcellus	marsvin	92,3	XP_003470051	580	98	98
5	Sus scrofa	Vildsvin	94,2	XP_003124386	580	98	99
6	Odobenus rosmarus divergens	Valross	94,2	XP_004399075	580	98	98
7	Tursiops stympar	Vanlig flasknosdelfin	94,2	XP_004315199	582	92	93
8	Echinops telfairi	Mindre igelkott tenrec	98,7	XP_004705644	581	95	97
9	Dasypus novemcinctus	Niobandad bältdjur	104,2	XP_004457234	580	97	98
10	Monodelphis domestica	Grå kortstjärtad opossum	162,6	XP_001367097	568	89	92
11	Chrysemys picta bellii	Målad sköldpadda	296,0	XP_008175974	572	76	83
12	Alligator mississippiensis	Amerikansk alligator	296,0	XP_006266384	582	75	82
13	Pelodiscus sinensis	Kinesisk softshell sköldpadda	296,0	XP_006127325	569	73	81
14	Xenopus tropicalis	Västerländsk klös groda	371,2	NP_001121523	580	64	74
15	Oncorhynchus mykiss	regnbågsforell	400,1	CDQ84878	581	64	75
16	Danio rerio	Zebrafisk	400,1	XP_001339329	595	63	74
17	Oryzias latipes	Japansk risfisk	400,1	XP_004076807	609	62	70
18	Takifugu rubripes	Blåsfisk	400,1	XP_003970822	618	61	71

Fjärran ortologer

Nej.	Arter	Vanligt namn	Datum för avvikelse (MYA)	Tillträdesnr.	E-värde	Längd (aa)	Identitet (%)	Likhet (%)
1	Nipponia Nippon	Crested ibis	296,0	XP_009472339	0,0	503	80	88
2	Charadrius högljudd	Killdeer	296,0	XP_009892747	0,0	456	82	90
3	Pseudopodoces humilis	Jordmes	296,0	XP_005533426	0,0	600	66	76
4	Latimeria chalumnae	Coelacanth i västra Indiska oceanen	414,9	XP_006011612	3E-177	429	65	75
5	Branchiostoma floridae	Florida lansett	713,2	XP_002592972	9E-67	557	32	46
6	Strongylocentrotus purpuratus	Lila sjöborre	742,9	XP_003727419	3E-46	725	35	51
7	Aplysia californica	Kalifornien havssnigel	782,7	XP_005113015	4E-21	692	25	39
8	Nematostella vectensis	Starlet sjöanemon	855,3	XP_001632706	4E-19	494	24	39
9	Trichoplax adhaerens	-	-	XP_002108809	5E-15	645	24	41

Post-translationella modifieringar

C7orf43 har tre fosforylerade ställen, Ser 517, Thr 541 och Ser 546. Alla tre ställena är relativt välbevarade genom däggdjur, reptiler, fåglar, amfibier och benfiskar. Proteinet har ingen förutsagd N-myristoylering , eftersom det inte har något N-terminalt glycin. Emellertid förutsägs C7orf43 ha en N-acetylering på en serinrest vid N-terminalen.

Sekundär struktur

Den sekundära strukturen för C7orf43 är ännu inte fastställd. Emellertid förutsägs C7orf43 inte ha någon transmembrandomän och att så småningom utsöndras från cellen. En analys med PELE-verktyget från SDSC Biology Workbench förutspådde mestadels beta-ark och slumpmässiga spolar som är bevarade genom de strikta ortologerna. Liknande konserverade alfahelixmotiv har förutspåtts, en nära N-terminalen och en nära C-terminalen.

Klinisk signifikans

Även om inga studier har fokuserat på karakteriseringen av C7orf43, har flera storskaliga screeningar avslöjat information relaterad till C7orf43-funktionen. En studie med FLAG- affinitetsreningmasspektrometri (AP-MS) för att profilera proteininteraktioner i Hippo-signalvägen identifierade C7orf43 som ett av de interagerande proteinerna . C7orf43 visade sig interagera med angiomotinliknande protein 2 (AMOTL2) , även känd som Leman Coiled-Coil Protein (LCCP), en regulator av Hippo-signalering. AMOTL2 är också känt för att vara en hämmare av Wnt-signalering , en väg med kända associationer till cancerutveckling , och för att vara en faktor för angiogenes , en process som är väsentlig för tumörupprätthållande och metastasering.

Flera studier har kopplat C7orf43 till karcinomiska händelser. Andra studier har också kopplat C7orf43 till karcinomiska händelser. Ett storskaligt jäst-tvåhybridexperiment identifierade att C7orf43 interagerar med transmembranprotein 50A (TMEM50A), även känt som livmoderhalscancergen 9 eller småmembranprotein 1 (SMP1). Även om den exakta funktionen av TMEM50A är okänd, har den associerats med livmoderhalscancer.

C7orf43 har också identifierats som en målgen för transkriptionsfaktorn AP-2 gamma (TFAP2C) . TFAP2C har visat sig vara involverad i utveckling, differentiering och onkogenes av bröstvävnader. Specifikt har TFAP2C en roll i bröstkarcinom genom dess reglerande effekt på ESR1 och ERBB2 , som båda är receptorer vars avvikelser har associerats med bröstkarcinom. TFAP2C har också visat sig ha en onkogen roll genom att främja cellproliferation och tumörtillväxt i neuroblastom .

Genom sin placering i q-armen av kromosom 7 har C7orf43 kopplats till olika sjukdomar. Flera sjukdomar har beskrivits med deletioner i q-armen av kromosom 7, bland dem är myeloida störningar, inklusive akut myelogen leukemi och myelodysplasi .

externa länkar

Human C7orf43- genomplacering och C7orf43- gendetaljersida i UCSC Genome Browser .

Vidare läsning

Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA-kloning med användning av platsspecifik rekombination in vitro" . Genome Res . 10 (11): 1788–95. doi : 10.1101/gr.143000 . PMC 310948 . PMID 11076863 .
Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). "Mot en katalog av mänskliga gener och proteiner: sekvensering och analys av 500 nya kompletta proteinkodande humana cDNAs" . Genome Res . 11 (3): 422–35. doi : 10.1101/gr.GR1547R . PMC 311072 . PMID 11230166 .
Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, et al. (2001). "Systematisk subcellulär lokalisering av nya proteiner identifierade genom storskalig cDNA-sekvensering" . EMBO Rep . 1 (3): 287–92. doi : 10.1093/embo-reports/kvd058 . PMC 1083732 . PMID 11256614 .
Scherer SW, Cheung J, MacDonald JR, et al. (2003). "Human kromosom 7: DNA-sekvens och biologi" . Vetenskap . 300 (5620): 767–72. Bibcode : 2003Sci...300..767S . doi : 10.1126/science.1083423 . PMC 2882961 . PMID 12690205 .
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Fullständig sekvensering och karakterisering av 21 243 humana cDNAs i full längd" . Nat. Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 .
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "Status, kvalitet och expansion av NIHs fullängds cDNA-projekt: Mammalian Gene Collection (MGC)" . Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "Från ORFeome till biologi: en funktionell genomikpipeline" . Genome Res . 14 (10B): 2136–44. doi : 10.1101/gr.2576704 . PMC 528930 . PMID 15489336 .
Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "LIFEdb-databasen 2006" . Nucleic Acids Res . 34 (Databasproblem): D415–8. doi : 10.1093/nar/gkj139 . PMC 1347501 . PMID 16381901 .