Integrerad Genome Browser
 Startskärm för version 9.1.0
| |
| Operativ system | UNIX , Linux , Mac , MS-Windows |
|---|---|
| Typ | Bioinformatikverktyg |
| Licens | CPL 1.0 |
| Hemsida | |
Integrated Genome Browser ( IGB ) (uttalas Ig-Bee) är en genomwebbläsare med öppen källkod , ett visualiseringsverktyg som används för att observera biologiskt intressanta mönster i genomiska datauppsättningar, inklusive sekvensdata, genmodeller, anpassningar och data från DNA-mikroarrayer .
Historia
Integrated Genome Browser utvecklades först på Affymetrix för deras forskare och samarbetspartners inom den offentliga sektorn för att visualisera data från genomomfattande plattsättningsarrayer. De första iterationerna av IGB utvecklades med finansiering från NIH tilldelad företagsforskarna Gregg Helt och Tom Gingeras. 2004 släppte Affymetrix IGB som programvara med öppen källkod, tillsammans med Genoviz SDK, ett grafikbibliotek för att bygga genom webbläsarapplikationer. Den första versionen av kodbasen gjordes som ett komprimerat filarkiv. Strax efter importerades koden till ett nytt arkiv på SourceForge. Sedan dess har all utveckling fortskridit offentligt under en modell med öppen källkod. I början av 2008 började en grupp ledd av den tidigare Affymetrix-anställda Ann Loraine utveckla och underhålla IGB, med stöd av finansiering från National Science Foundation och nya utredarmedel från UNC Charlotte. Sedan dess har Loraine, hennes elever och samarbetspartners lagt till många nya funktioner och möjligheter, särskilt stöd för att visualisera sekvenseringsdata med hög genomströmning från Illumina och andra plattformar. 2014 migrerade de källkoden till ett git-förråd på Bitbucket .
År 2020 utsåg Oracles Java Magazine Integrated Genome Browser till en av de 25 bästa Java-apparna som någonsin skrivits .
Beskrivning
IGB är byggt ovanpå Genoviz SDK, ett Java- bibliotek som implementerar viktiga visualiseringsfunktioner som dynamisk, realtidszoomning och rullning genom en genomisk karta, en funktion i IGB-webbläsaren som skiljer den från många liknande verktyg.
IGB kännetecknas också av den lätthet med vilken individuella laboratorier kan ställa in datakällservrar för att dela data, särskilt via REST -liknande webbtjänster (Distributed Annotation System) och en enkel filsystembaserad metod som kallas QuickLoad.
Format som stöds
IGB läser data i dussintals format, inklusive BAM, BED, Affymetrix CHP, FASTA , GFF , GTF , PSL, SGR och WIG. Den mest uppdaterade listan finns på BioViz Wiki.
IGB kan mata ut visualiserad data i dussintals format via FreeHEP-biblioteket. Dessa inkluderar EPS , PostScript , PDF , EMF , SVG , SWF , CGM , GIF , PNG och PPM .