ARB-projekt
ARB -projektet är ett gratis mjukvarupaket för fylogenetisk analys av rRNA och andra biologiska sekvenser såsom aminosyror. Det förenklar import och sammansättning av genetiska sekvenser från alla organismer med hjälp av en automatiserad aligner. Denna redigeringsprocess kan avbildas i två underkategorier: "Primär strukturredigerare" och "sekundär strukturredigerare." Övergripande tillåter detta den nödvändiga kompensationen för den "fylogenetiska trädbildningen". Programvaran tillåter också visualisering av dessa biologiska sekvenser vilket ger användaren en mer djupgående upplevelse och interaktion. Detta är särskilt nödvändigt när man jämför fylogenidata från olika organismer.
Introduktion
Från författarnas egen beskrivning,
ARB (från latin arbor , träd) ARB-programpaketet innehåller en mängd olika direkt interagerande mjukvaruverktyg för sekvensdatabasunderhåll och analys som styrs av ett gemensamt grafiskt användargränssnitt . Även om det ursprungligen designades för ribosomala RNA- data, kan det också användas för alla nuklein- och aminosyrasekvensdata . En central databas innehåller bearbetade (justerade) primärstrukturdata . Eventuella ytterligare beskrivande data kan lagras i databasfält som är tilldelade de enskilda sekvenserna eller länkas via lokala eller globala nätverk. Ett fylogenetiskt träd visualiserat i huvudfönstret kan användas för dataåtkomst och visualisering. Paketet innehåller ytterligare verktyg för dataimport och export, sekvensanpassning, redigering av primär och sekundär struktur , profil- och filterberäkning, fylogenetiska analyser, specifik hybridiseringsprobdesign och -utvärdering och andra komponenter för dataanalys. För närvarande används paketet av många arbetsgrupper över hela världen.