Jalview
 | |
| Utvecklare |
Andrew Waterhouse, James Procter, David Martin och Geoffrey Barton vid University of Dundee . Originalversion av Michele Clamp, James Cuff, Stephen Searle, Geoffrey Barton. |
|---|---|
| Stabil frisättning | 2.11.2 / 10 mars 2022
|
| Skrivet i | Java |
| Operativ system | UNIX , Linux , Mac OS X , Microsoft Windows |
| Typ | Bioinformatikverktyg |
| Licens | GPL |
| Hemsida | http://www.jalview.org |
Jalview är ett stycke bioinformatikprogramvara som används för att titta på och redigera flera sekvensjusteringar . Programmet skrevs ursprungligen av Michele Clamp medan hon arbetade i Geoff Bartons grupp vid University of Oxford och European Bioinformatics Institute ( EBI). Jalview 2, en omarbetad version producerad av Andrew Waterhouse och Jim Procter medan de arbetade i Geoff Bartons grupp vid School of Life Sciences , University of Dundee , släpptes 2005, och dess utveckling stöds av Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) och Wellcome Trust .
Den används flitigt av en mängd olika webbservrar (t.ex. EBI ClustalW- servern och Pfam -proteindomändatabasen) men är också tillgänglig som en allmän anpassningsredigerare.
Jalview har ett brett utbud av funktioner förutom generering, visning och redigering av flera sekvenser, inklusive beräkning av fylogenetiska träd och visning av molekylära strukturer. Nya versioner av Jalview inkluderar funktioner för analys av genetisk variation från offentliga databaser eller lokala Variant Call Format- filer (VCF). Jalview ansluter till många externa webbtjänster för att importera data och utföra beräkningar.