Human Proteome Folding Project
Human Proteome Folding Project ( HPF ) är ett samarbete mellan New York University ( Bonneau Lab), Institutet för systembiologi (ISB) och University of Washington ( Baker Lab), med hjälp av Rosetta -mjukvaran utvecklad av Rosetta Commons.
HPF Fas 1 tillämpade Rosetta v4.2x programvara på det mänskliga genomet och 89 andra, med start i november 2004. Fas 1 avslutades i juli 2006. HPF Fas 2 (HPF2) tillämpar Rosetta v4.8x programvara i högre upplösning, "full atom refinement "-läge, som koncentrerar sig på cancerbiomarkörer (proteiner som finns i dramatiskt ökade nivåer i cancervävnader), mänskliga utsöndrade proteiner och malaria .
Fas 1 kördes på två frivilliga datornät: på United Devices grid.org och på World Community Grid , ett IBM- filantropiskt initiativ. Fas 2 av projektet körde uteslutande på World Community Grid; det avslutades 2013 efter mer än 9 års IBM-engagemang.
Institutet för systembiologi kommer att använda resultaten av beräkningarna inom sina större forskningsinsatser.
Publikationer
Malmström, Lars; Riffle, Michael; Strauss, Charlie EM; Chivian, Dylan; Davis, Trisha N.; Baker, David; Baker, D (2007), "Superfamily Assignments for the Yeast Proteome through Integration of Structure Prediction with the Gene Ontology", PLOS Biology , 5 (4): e76, doi : 10.1371/journal.pbio.0050076 , PMC 18281ID 51 , 781ID 51