Richard Bonneau
Richard Bonneau är en amerikansk beräkningsbiolog och dataforskare vars primära forskning är inom följande områden: lära sig nätverk från funktionell genomikdata, förutsäga och designa protein- och peptiodomimetisk struktur och tillämpa datavetenskap på sociala nätverk. Han är professor vid New York University och har uppdrag vid Institutionen för biologi, Center for Data Science och Courant Institute of Mathematical Sciences .
Biografi
Bonneau är gruppledare för systembiologigruppen i centrum för beräkningsbiologi vid Flatiron Institute . Han är för närvarande chef för New York University Center for Data Science .
Vetenskapligt arbete
Inom området för förutsägelse av struktur var Bonneau en av de tidiga författarna till Rosetta-koden, en av de första koderna som demonstrerade förmågan att förutsäga proteinstruktur i frånvaro av sekvenshomologi. Genom att använda IBM:s World Community Grid för att utföra vikning av hela proteomer, har hans grupp också tillämpat strukturförutsägelser på problemet med genom- och proteomannotering.
Hans grupp har lämnat viktiga bidrag till områdena genomikdataanalys, med fokus på två primära områden: 1. metoder för nätverksslutledning som avslöjar dynamik och topologi från data och 2. metoder som lär sig tillståndsberoende samreglerade grupper från integrationer av olika genomik datatyper.
2013 startade han och hans kollegor vid NYU ett projekt för att undersöka hur sociala medier påverkar politiska attityder och deltagande genom att tillämpa metoder från en rad akademiska discipliner. Projektet – Sociala medier och politiskt deltagande (SMaPP) – förlitar sig på både enkätdata och offentligt tillgänglig data från sociala medier för att ta itu med en rad frågor om de orsaksprocesser som formar politiskt deltagande.
Nätverksslutning och systembiologi
Tillsammans med Vestienn Thorsson, David Reiss och Nitin Baliga utvecklade han Inferelator och cMonkey, två algoritmer som var avgörande för ett försök att lära sig en genomomfattande modell av Halobacteriums reglerande nätverk. Baliga och Bonneau använde sin modell för att förutsäga den genomomfattande transkriptionsdynamiken i cellens svar på nya miljöer (publicering i Cell i december 2007). Detta arbete representerar den första helt datadrivna rekonstruktionen av ett cellreglerande nätverk som inkluderar inlärning av kinetiska/dynamiska parametrar såväl som nätverkstopologi.
Strukturförutsägelse
- Bonneau, R & Baker, D. (2001). Ab Initio Protein Structure Prediction: Framsteg och framtidsutsikter. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struktur. 30, 173-89.
- Bonneau, R., Dylan Chivian, Charlie EM Strauss, Carol Rohl, David Baker. (2002) De Novo-förutsägelse av tredimensionella strukturer för stora proteinfamiljer. JMB, 322(1):65-78.
- Bonneau R, Baliga NS, Deutsch EW, Shannon P, Hood L. (2004) Omfattande de novo strukturförutsägelse i ett systembiologiskt sammanhang för arkean Halobacterium sp. NRC-1. Genombiologi. 5(8):R52-68
- Mike Boxem, Zoltan Maliga, Niels J. Klitgord, Na Li, Irma Lemmens, Miyeko Mana, Lorenzo De Lichtervelde, Joram Mul, Diederik van de Peut, Maxime Devos, Nicolas Simonis, Anne-Lore Schlaitz, Murat Cokol, Muhammed A. Yildirim , Tong Hao, Changyu Fan, Chenwei Lin, Mike Tipsword, Kevin Drew, Matilde Galli, Kahn Rhrissorrakrai, David Drech-sel, David E. Hill, Richard Bonneau, Kristin C. Gunsalus, Frederick P. Roth, Fabio Piano, Jan Tavernier , Sander van den Heuvel, Anthony A. Hyman, Marc Vidal. Ett proteindomänbaserat interaktomnätverk för C. elegans tidig embryogenes. (2008) Cell, 134(3) s. 534 – 545.
- Andersen-Nissen E, Smith KD, Bonneau R, Strong RK, Aderem A. En konserverad yta på Toll-like receptor 5 känner igen bakteriellt flagellin. (2007) J Exp Med. 19 februari;204(2):393-403.
Genomik och systembiologi
- Bonneau, Richard. Att lära sig biologiska nätverk: från moduler till dynamik. Nature Chemical Biology 4, 658 - 664 (2008)
- Bonneau R, Reiss DJ, Shannon P, Hood L, Baliga NS, Thorsson V (2006) The Inferelator: a procedur for learning sparsimonious regulatory networks from system-biology data-set de novo. Genome Biol. 7(5):R36.
- David J Reiss, Nitin S Baliga, Bonneau R. (2006) Integrerad biklustering av heterogena genomomfattande datamängder. BMC Bioinformatik. 7(1):280.
